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- PDB-3pl7: Crystal structure of Bcl-xL in complex with the BaxBH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pl7
タイトルCrystal structure of Bcl-xL in complex with the BaxBH3 domain
要素
  • Apoptosis regulator BAX
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS/APOPTOSIS REGULATOR / Bcl-2 family fold / Regulation of apoptosis / Bax / mitochondria / APOPTOSIS-APOPTOSIS REGULATOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / apoptotic process in bone marrow cell / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / The NLRP1 inflammasome / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of mononuclear cell proliferation / SARS-CoV-1-mediated effects on programmed cell death / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / apoptotic process involved in mammary gland involution / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / regulation of nitrogen utilization / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / B cell apoptotic process / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / negative regulation of execution phase of apoptosis / regulation of mitochondrial membrane permeability / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / regulation of growth / calcium ion transport into cytosol / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / execution phase of apoptosis / response to cycloheximide / STAT5 activation downstream of FLT3 ITD mutants / thymocyte apoptotic process / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / pore complex / cellular response to alkaloid / hypothalamus development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / apoptotic mitochondrial changes / germ cell development / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / vagina development / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / negative regulation of mitochondrial membrane potential / B cell homeostasis / BH3 domain binding / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of anoikis / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / negative regulation of protein localization to plasma membrane / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / ovarian follicle development / negative regulation of protein binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.613 Å
データ登録者Czabotar, P.E. / Colman, P.M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Mutation to Bax beyond the BH3 domain disrupts interactions with pro-survival proteins and promotes apoptosis
著者: Czabotar, P.E. / Lee, E.F. / Thompson, G.V. / Wardak, A.Z. / Fairlie, W.D. / Colman, P.M.
履歴
登録2010年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
C: Apoptosis regulator BAX
B: Bcl-2-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4473
ポリマ－45,4473
非ポリマー00
水68538
1
A: Bcl-2-like protein 1
C: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6422
ポリマ－24,6422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8720 Å2
手法PISA
2
B: Bcl-2-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,8051
ポリマ－20,8051
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.246, 99.050, 113.143
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 20804.918 Da / 分子数: 2 / 断片: Bcl-xL, UNP residues 1-209 / 変異: deletion of residues 45-84 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL2L1, BCL2L, BCLX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07817
#2: タンパク質・ペプチド Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 3837.381 Da / 分子数: 1 / 断片: BH3 domain, UNP residues 48-81 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthesized peptide / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q07812
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 13% Peg 6000, 0.2M CaCl2, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.95661 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95661 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 12250 / Num. obs: 12238 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 14.5 % / Biso Wilson estimate: 38.92 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.6-2.6914.60.5916.111981100
2.69-2.814.70.5056.9611981100
2.8-2.9314.60.3629.1511981100
2.93-3.0814.70.28111.411991100
3.08-3.2814.70.19215.512131100
3.28-3.5314.70.1221.912361100
3.53-3.8814.60.08528.712151100
3.88-4.4514.50.06236.812271100
4.45-5.614.30.547.512411100
5.6-5013.40.042501313199.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2YXJ

2yxj


解像度: 2.613→33.544 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / SU ML: 0.33 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2495 587 4.81 %Random
Rwork0.1857 ---
obs0.1888 12214 99.33 %-
all-12296 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 47.391 Å2 / ksol: 0.354 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 243.03 Å2 / Biso min: 6.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.1489 Å20 Å2-0 Å2
2--4.2409 Å2-0 Å2
3----9.3898 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.613→33.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2502 0 0 38 2540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082557
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0213451
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.496913
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.068361
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004446
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6131-2.8760.33111430.23142794X-RAY DIFFRACTION97
2.876-3.29180.2961490.19032881X-RAY DIFFRACTION100
3.2918-4.14610.22181450.16742928X-RAY DIFFRACTION100
4.1461-33.54670.22661500.18463024X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9104-0.77760.74840.6732-0.45911.1627-0.1326-0.1407-0.10520.03070.14080.1564-0.0328-0.2933-0.00630.0499-0.0385-0.02760.1029-0.02320.068512.389119.556110.8671
21.2337-0.5833-0.16130.3908-0.18022.1693-0.0710.0558-0.0807-0.07360.0127-0.06810.43630.2870.0610.11370.04040.03370.0474-0.03350.103942.89510.258115.2796
31.636-0.8353-0.21534.96070.40.4723-0.26260.05260.2554-0.02290.3903-0.47470.06620.0715-0.13560.1924-0.02550.01960.214-0.0190.200926.711217.101212.4711
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN B
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN C

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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