+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pkv | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal Structure of Toxoflavin Lyase (TflA) | ||||||
要素 | Toxoflavin lyase (TflA) | ||||||
キーワード | LYASE / Metalloenzyme / Vicinal oxygen chelate superfamily | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Paenibacillus Polymyxa (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.34 Å | ||||||
データ登録者 | Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011 タイトル: Toxoflavin lyase requires a novel 1-his-2-carboxylate facial triad . 著者: Fenwick, M.K. / Philmus, B. / Begley, T.P. / Ealick, S.E. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3pkv.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3pkv.ent.gz | 45.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3pkv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3pkv_validation.pdf.gz | 413.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3pkv_full_validation.pdf.gz | 415.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3pkv_validation.xml.gz | 13.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3pkv_validation.cif.gz | 19 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pkv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pk/3pkv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28327.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus Polymyxa (バクテリア) 株: JH2 / 遺伝子: tflA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: E3SET7*PLUS |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 1.2M NaH2PO4, 0.8M K2HPO4, 0.1M CAPS (pH 10.5), 0.2M Li2SO4, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月26日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Cryo-Cooled Si(111) double crystal プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | 冗長度: 4.7 % / Av σ(I) over netI: 29.22 / 数: 136728 / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.47 / D res high: 1.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 29332 / % possible obs: 99.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.34→50 Å / Num. obs: 59565 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.043 / Χ2: 1.042 / Net I/σ(I): 20.9 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
|
-位相決定
位相決定 | 手法: 単波長異常分散 |
---|
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.34→27.786 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.25 / SU ML: 0.11 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.809 Å2 / ksol: 0.409 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 57.9 Å2 / Biso mean: 17.688 Å2 / Biso min: 7.56 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.34→27.786 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
|