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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pjr | ||||||
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タイトル | HELICASE SUBSTRATE COMPLEX | ||||||
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![]() | HYDROLASE/DNA / HELICASE / HYDROLASE-DNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() DNA helicase complex / DNA 3'-5' helicase / recombinational repair / DNA unwinding involved in DNA replication / 3'-5' DNA helicase activity / isomerase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of complexes of PcrA DNA helicase with a DNA substrate indicate an inchworm mechanism 著者: Velankar, S.S. / Soultanas, P. / Dillingham, M.S. / Subramanya, H.S. / Wigley, D.B. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 162.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 482.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 568.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 37 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 4581.967 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3029.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: タンパク質 | 分子量: 82595.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P56255, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; リン含有酸無水物に作用 |
#4: 化合物 | ChemComp-ATP / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.34 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 / 詳細: pH 8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: used to seeding | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 295 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.3→10 Å / Num. all: 17365 / Num. obs: 17365 / % possible obs: 92 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
反射 | *PLUS % possible obs: 92 % / Rmerge(I) obs: 0.06 |
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解析
ソフトウェア | 名称: REFMAC / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.3→10 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最高解像度: 3.3 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.236 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |