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- PDB-3pj8: Structure of CDK2 in complex with a Pyrazolo[4,3-d]pyrimidine Bio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pj8
タイトルStructure of CDK2 in complex with a Pyrazolo[4,3-d]pyrimidine Bioisostere of Roscovitine.
要素Cell division protein kinase 2
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / PHOSPHORYLATION / CELL DIVISION / MITOSIS / Cyclin / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation ...cyclin A1-CDK2 complex / cyclin E2-CDK2 complex / cyclin E1-CDK2 complex / cyclin A2-CDK2 complex / positive regulation of DNA-templated DNA replication initiation / cyclin-dependent protein kinase activity / G2 Phase / Y chromosome / Phosphorylation of proteins involved in G1/S transition by active Cyclin E:Cdk2 complexes / positive regulation of heterochromatin formation / p53-Dependent G1 DNA Damage Response / X chromosome / PTK6 Regulates Cell Cycle / regulation of anaphase-promoting complex-dependent catabolic process / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / centriole replication / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / telomere maintenance in response to DNA damage / centrosome duplication / G0 and Early G1 / Telomere Extension By Telomerase / Activation of the pre-replicative complex / cyclin-dependent kinase / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G1 Cell Cycle Arrest / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Cajal body / Activation of ATR in response to replication stress / Cyclin E associated events during G1/S transition / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / condensed chromosome / regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / cellular response to nitric oxide / post-translational protein modification / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of DNA replication / meiotic cell cycle / male germ cell nucleus / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / G1/S transition of mitotic cell cycle / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / peptidyl-serine phosphorylation / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Orc1 removal from chromatin / potassium ion transport / Meiotic recombination / Cyclin D associated events in G1 / G2/M transition of mitotic cell cycle / Transcriptional regulation of granulopoiesis / Regulation of TP53 Degradation / cellular senescence / nuclear envelope / Processing of DNA double-strand break ends / regulation of gene expression / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / transcription regulator complex / Ras protein signal transduction / chromosome, telomeric region / DNA replication / protein phosphorylation / endosome / chromatin remodeling / protein domain specific binding / cell division / protein serine kinase activity / DNA repair / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / DNA-templated transcription / centrosome / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site ...: / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-404 / Cyclin-dependent kinase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者McNae, I.W. / Jorda, R. / Havlicek, L. / Strnad, M. / Voller, J. / Walkinshaw, M.D. / Krystof, V.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2011
タイトル: Pyrazolo[4,3-d]pyrimidine Bioisostere of Roscovitine: Evaluation of a Novel Selective Inhibitor of Cyclin-Dependent Kinases with Antiproliferative Activity.
著者: Jorda, R. / McNae, I.W. / Walkinshaw, M.D. / Voller, J. / Navratilova, J. / Kuzma, M. / Mistrik, M. / Bartek, J. / Strnad, M.
履歴
登録2010年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein kinase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3882
ポリマ－34,0341
非ポリマー3541
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.350, 71.890, 72.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein kinase 2 / p33 protein kinase


分子量: 34033.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24941, cyclin-dependent kinase
#2: 化合物 ChemComp-404 / (2R)-2-{[7-(benzylamino)-3-(propan-2-yl)-1H-pyrazolo[4,3-d]pyrimidin-5-yl]amino}butan-1-ol


分子量: 354.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H26N6O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.87 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: PEG 3350, Na-HEPES, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年5月27日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.96→21.1 Å / Num. obs: 18832 / % possible obs: 89.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 17.7
反射 シェル解像度: 1.96→2.07 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Mean I/σ(I) obs: 7 / Num. unique all: 3005 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.2_432)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.96→21.1 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2733 954 5.09 %RANDOM
Rwork0.2022 ---
obs0.2057 18755 89.47 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.67 Å2 / ksol: 0.339 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9945 Å2-0 Å20 Å2
2---2.7367 Å2-0 Å2
3---3.7312 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→21.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2303 0 26 146 2475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062397
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0353248
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.84892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004407
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.96-2.06330.33951500.23632777X-RAY DIFFRACTION100
2.0633-2.19250.33851210.20992328X-RAY DIFFRACTION84
2.1925-2.36150.33721190.25332027X-RAY DIFFRACTION72
2.3615-2.59880.27291500.21712824X-RAY DIFFRACTION100
2.5988-2.97390.28481560.20712445X-RAY DIFFRACTION87
2.9739-3.74350.25041270.20852542X-RAY DIFFRACTION88
3.7435-21.10.241310.17462858X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.74142.2945-0.1591.74350.81431.1094-0.3815-0.30820.588-1.24030.22570.3319-0.60540.45090.08570.2614-0.1441-0.03060.24680.03280.447423.92423.6142-15.045
26.0098-1.31690.53914.18360.07840.10550.3861-1.20080.13471.1329-0.4337-0.48290.4613-0.1411-0.09090.4378-0.0963-0.06660.3950.08010.242515.726815.3809-6.0744
31.3198-0.3106-0.11413.2125-2.70652.42980.00890.13050.1662-0.3508-0.3573-0.70080.41030.16410.25920.2076-0.017-0.00790.21710.05630.250818.254717.5815-13.9079
42.5494-2.6725-0.31366.8152-1.05240.5547-0.1931-0.2122-0.01640.93360.20750.6269-0.2163-0.0847-0.03140.167-0.02140.04060.09780.00990.105821.570312.6789-11.435
52.84130.3771.71090.3978-0.3211.89050.2302-0.2442-1.5705-0.09370.5950.0450.57640.1071-0.68560.5010.1894-0.07530.30230.02470.497336.68825.6021-12.0881
63.1188-4.1709-1.3066.22410.493.03550.2378-0.3641.2008-0.17580.0276-1.22860.12450.4754-0.22640.1511-0.01370.02040.17830.00520.240924.56713.5851-23.9386
70.7017-0.0444-0.86023.17760.57731.0902-0.0784-0.27310.04990.04910.1179-0.2193-0.00710.1681-0.05920.1474-0.0439-0.01050.17170.03170.193220.322511.5935-17.5143
81.36180.1602-0.4820.5176-0.56281.13070.3057-0.17660.24330.37680.03410.2741-0.0917-0.1947-0.28250.19050.00730.08390.17780.06090.3021-2.42922.3321-8.7967
91.87230.7891-0.53290.601-0.32950.2814-0.31150.19770.0486-0.24810.25240.14690.2716-0.12410.01630.1639-0.0322-0.03320.20120.06750.13587.4602-3.9969-22.6585
100.4556-0.419-1.74011.83371.01698.93250.04160.44790.0004-0.0888-0.2311-0.58560.0571-0.49630.17050.136-0.0110.05120.1770.03170.182418.6585-5.6623-17.0706
111.6608-0.1710.39712.64340.29040.0727-0.0944-0.08740.1024-0.03580.1417-0.1634-0.064-0.0615-0.04260.137-0.040.01310.11060.05450.144713.29472.6926-15.055
120.7972-0.2522-0.46272.43080.87092.49380.1756-0.134-0.0334-0.12040.1116-0.2503-0.13840.2048-0.22910.1289-0.00780.0020.14510.01660.129215.4817-10.5455-4.8897
137.86251.9857-3.53753.3726-1.99842.24970.48820.35620.49930.72820.19550.2347-0.52080.5383-0.45350.3460.03680.03820.3207-0.06920.073624.3362-14.9443-13.1927
142.1706-1.9266-2.28731.88691.54043.56940.0275-0.41750.02440.08780.3814-0.14440.2850.2697-0.17250.045-0.01860.00960.10790.09950.05884.8354-8.6903-10.4719
151.2916-1.44331.29923.6684-0.48982.99680.1663-0.47530.31210.19050.16150.03370.1785-0.6135-0.33840.20310.0121-0.01130.1870.07020.183411.0796-14.71520.598
161.95891.5070.01511.41960.71824.24720.04820.0912-0.33980.8261-0.0697-0.34661.2568-0.36630.01940.483-0.0989-0.09760.09520.02370.238712.7934-26.2407-7.2293
173.30.6642-0.50762.00341.80072.0269-0.0550.2424-0.05510.6261-0.0379-0.1060.894-0.21720.09240.4268-0.1528-0.05450.16960.04930.177911.6881-24.6775-1.8983
181.43220.85640.67220.65390.57910.45250.3869-0.2639-0.22430.0456-0.28930.14970.204-0.1011-0.07340.1458-0.0471-0.00430.16310.03560.15282.3462-17.1938-14.5642
198.2844-0.8761-5.26352.33091.3794.15730.12960.96-0.4475-0.3464-0.18-0.17920.1181-0.35610.11320.14-0.0347-0.05410.16960.03790.13690.0532-11.8186-25.1289
200.2329-1.1828-0.22146.68711.58370.40730.2995-0.14540.3088-0.0587-0.76831.2664-0.1616-0.41150.22140.1401-0.03690.06180.28040.01860.4544-4.89056.3613-17.832
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 0:5)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 6:13)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 14:28)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 29:36)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 40:47)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 48:60)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 61:85)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 86:103)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 104:121)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 122:128)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 129:154)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 163:176)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 177:181)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 182:201)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 202:216)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 217:232)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 233:248)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and resid 249:277)
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 278:287)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 288:298)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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