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- PDB-3pi1: Crystallographic Structure of HbII-oxy from Lucina pectinata at pH 9.0 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pi1
タイトルCrystallographic Structure of HbII-oxy from Lucina pectinata at pH 9.0
要素Hemoglobin II
キーワードOXYGEN TRANSPORT / pH behavior / Oxygen Carrier
機能・相同性
機能・相同性情報


oxygen carrier activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Myoglobin-like, M family globin domain / Globin/Protoglobin / Globins / Globin-like / Globin / Globin / Globin domain profile. / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Hemoglobin-2 / Hemoglobin II
類似検索 - 構成要素
生物種Lucina pectinata (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Gavira, J.A. / Nieves-Marrero, C.A. / Ruiz-Martinez, C.R. / Estremera-Andujar, R.A. / Lopez-Garriga, J. / Garcia-Ruiz, J.M.
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: pH-dependence crystallographic studies of the oxygen carrier hemoglobin II from Lucina pectinata
著者: Nieves-Marrero, C.A. / Ruiz-Martinez, C.R. / Estremera-Andujar, R.A. / Lopez-Garriga, J. / Garcia-Ruiz, J.M. / Gavira, J.A.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Two-step counterdiffusion protocol for the crystallization of heamoglobin II from Lucina pectinata in the pH range 4-9
著者: Nieves-Marrero, C.A. / Ruiz-Martinez, C.R. / Estremera-Andujar, R.A. / Gonzalez-Ramirez, L.A. / Lopez-Garriga, J. / Gavira, J.A.
履歴
登録2010年11月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3806
ポリマ－34,0832
非ポリマー1,2974
水4,035224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area13290 Å2
手法PISA
2
A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子

A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,76012
ポリマ－68,1664
非ポリマー2,5948
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area11470 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area25350 Å2
手法PISA
3
A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子

A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子

A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子

A: Hemoglobin II
B: Hemoglobin II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)141,52024
ポリマ－136,3328
非ポリマー5,18816
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area26880 Å2
ΔGint-245 kcal/mol
Surface area46770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.923, 75.923, 153.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin II


分子量: 17041.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Lucina pectinata (無脊椎動物) / 参照: UniProt: Q86G74, UniProt: P41261*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE


分子量: 31.999 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: capillary counterdiffusion / pH: 9
詳細: Sodium Formate, pH 9.0, Capillary Counterdiffusion, temperature 293.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→20 Å / Num. all: 29432 / Num. obs: 29432 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 7.78
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.943 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 98.1
Cell measurementReflection used: 126200

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å19.51 Å
Translation3 Å19.51 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.6.1_357精密化
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.002→19.509 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.22 / SU ML: 0.27 / σ(F): 0.09 / 位相誤差: 23.96 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1329 4.97 %
Rwork0.1901 --
obs0.1921 26732 86.34 %
all-29432 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.558 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.9939 Å20 Å2-0 Å2
2--6.9939 Å20 Å2
3----13.9879 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→19.509 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2354 0 90 224 2668
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152609
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1173568
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.108933
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073370
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0018-2.08190.4131170.28162470X-RAY DIFFRACTION78
2.0819-2.17650.25241340.2392675X-RAY DIFFRACTION83
2.1765-2.29110.27591270.22192640X-RAY DIFFRACTION82
2.2911-2.43440.25211530.21362732X-RAY DIFFRACTION85
2.4344-2.62190.2611490.21132851X-RAY DIFFRACTION88
2.6219-2.8850.2461610.20812898X-RAY DIFFRACTION90
2.885-3.30070.25541640.19652979X-RAY DIFFRACTION91
3.3007-4.1520.18751630.15233046X-RAY DIFFRACTION92
4.152-19.50990.19381610.16553112X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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