PDB-3ph5: Bovine beta lactoglobulin crystallized through ligandation of ytt...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ph5

タイトル

Bovine beta lactoglobulin crystallized through ligandation of yttrium cations

要素

Beta-lactoglobulin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

retinol binding / long-chain fatty acid binding / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Zocher, G. / Stehle, T.

引用

ジャーナル: J.Appl.Crystallogr. / 年: 2011
タイトル: Novel Approach to Protein Crystallization through Ligandation of Yttrium Cations
著者: Zhang, F. / Zocher, G. / Sauter, A. / Stehle, T. / Schreiber, F.

履歴

登録	2010年11月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ph5.cif.gz	74.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ph5.ent.gz	54.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ph5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ph/3ph5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ph6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ph6-1 3ph6-2 4y0r-d 4ib8-d 6nkq-3 5i3m-4 5num-d 6nkq-1 6nkq-6 4gny-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (1) #86 - 2007年2月エキソソーム (Exosomes) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Beta-lactoglobulin

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

36.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Beta-lactoglobulin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
18.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	40.800, 63.570, 134.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactoglobulin / Beta-LG 分子量: 18188.018 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 18-178 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P02754
#2: 化合物	ChemComp-YT3 / YTTRIUM (III) ION 分子量: 88.906 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Y
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.52 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: batch crystallization / pH: 7 詳細: Crystallized in presents of 3.0 mM yttrium(III) chlorid, pH 7, Batch Crystallization, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
回転陽極			RIGAKU MICROMAX-007 HF	1	1.5418
シンクロトロン	SLS	X06DA		2	1.8233

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MAR scanner 345 mm plate	1	IMAGE PLATE	2009年7月2日
MARMOSAIC 225 mm CCD	2	CCD	2009年7月13日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	copper	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	DCCM	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.5418	1
2	1.8233	1

反射

解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 14221 / Num. obs: 14221 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.5 % / B_iso Wilson estimate: 42.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 19.1

反射シェル

解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 1930 / R_sym value: 0.523 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
RAMDAQ		データ収集
SHARP		位相決定
REFMAC	5.5.0110	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→19.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.933 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 20.819 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.276 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26314	712	5 %	RANDOM
R_work	0.2223	-	-	-
obs	0.22432	13510	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.94 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.82 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2446	0	6	39	2491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.022	2492
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.989	1.993	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.102	5	313
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.729	26.538	104
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.234	15	453
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	5.95	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	1834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.535	4	1583
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.888	4	2552
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.85	5	909
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.19	5	834
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.4→2.461 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.344	50	-
R_work	0.31	949	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3605	-0.1435	1.4178	5.7033	0.8349	6.7248	0.0346	0.1489	-0.2325	-0.3374	-0.013	-0.2307	0.3531	0.0529	-0.0216	0.0489	0.0115	0.0211	0.0655	-0.0241	0.0476	-0.4725	-2.615	-24.0739
2	2.6503	1.6861	1.6666	5.2037	-0.1186	6.8449	0.1926	-0.1227	-0.0669	0.8738	-0.0549	-0.3256	0.0062	0.0669	-0.1377	0.1579	0.0127	-0.0695	0.0707	-0.0147	0.1636	7.8101	2.2892	5.2634
3	1.1952	0.0056	2.1813	0.9565	-1.4033	6.1459	0.1725	0.1728	-0.3285	0.111	0.2222	-0.0361	0.265	-0.0409	-0.3947	0.3176	0.0545	0.1429	0.1484	-0.1638	0.4036	2.5009	-1.6154	-20.365
4	0.2935	0.6949	0.5369	1.9745	0.298	4.1139	-0.045	0.0022	-0.0762	-0.1921	0.0414	-0.1762	-0.0371	-0.1818	0.0035	0.0403	0.0421	0.0177	0.0989	-0.0028	0.2365	1.9735	1.4686	-15.1423

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	20 - 178
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	23 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1 - 6
4	X-RAY DIFFRACTION	3	B	3 - 4
5	X-RAY DIFFRACTION	4	A	3 - 16
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	179 - 193
7	X-RAY DIFFRACTION	4	B	15
8	X-RAY DIFFRACTION	4	B	179 - 192

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