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- PDB-3pgy: Serine hydroxymethyltransferase from Staphylococcus aureus, S95P ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pgy
タイトルSerine hydroxymethyltransferase from Staphylococcus aureus, S95P mutant.
要素Serine hydroxymethyltransferase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / IDP00749 / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / serine hydroxymethyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


glycine hydroxymethyltransferase / glycine hydroxymethyltransferase activity / glycine biosynthetic process from serine / tetrahydrofolate interconversion / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) ...Serine hydroxymethyltransferase, pyridoxal phosphate binding site / Serine hydroxymethyltransferase pyridoxal-phosphate attachment site. / : / Serine hydroxymethyltransferase / Serine hydroxymethyltransferase-like domain / Serine hydroxymethyltransferase / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / GLYCINE / Serine hydroxymethyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Serine hydroxymethyltransferase from Staphylococcus aureus, S95P mutant
著者: Osipiuk, J. / Makowska-Grzyska, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.
履歴
登録2010年11月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
C: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,93617
ポリマ－182,0504
非ポリマー1,88613
水19,0421057
1
A: Serine hydroxymethyltransferase
B: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,0199
ポリマ－91,0252
非ポリマー9947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area29090 Å2
手法PISA
2
C: Serine hydroxymethyltransferase
D: Serine hydroxymethyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9188
ポリマ－91,0252
非ポリマー8936
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area28880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.081, 86.531, 301.806
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Serine hydroxymethyltransferase / SHMT / Serine methylase


分子量: 45512.461 Da / 分子数: 4 / 変異: S95P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: glyA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5HE87, glycine hydroxymethyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1057 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2 M tri-ammonium citrate, 20% PEG-3350, 10 mM glycine, 10 mM pyridoxal 5'-phosphate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月10日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→50 Å / Num. all: 136110 / Num. obs: 136110 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 38.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Χ2: 1.266 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.92-1.956.10.8072.0264461.03795.4
1.95-1.996.30.65966711.03596.9
1.99-2.036.40.57867151.02297.4
2.03-2.076.40.47367251.0398.6
2.07-2.116.40.40367891.01798.3
2.11-2.166.40.32768221.03598.9
2.16-2.226.30.27168091.08199.3
2.22-2.286.30.23367851.10699
2.28-2.346.30.21368001.09498.7
2.34-2.426.20.18267801.13598.5
2.42-2.516.10.15967951.15198.3
2.51-2.616.10.1467671.1798.2
2.61-2.7260.11667831.23997.8
2.72-2.875.90.168021.31197.8
2.87-3.055.90.08367511.497.5
3.05-3.285.80.07268131.60397.3
3.28-3.615.70.06568122.03997.2
3.61-4.145.60.05768492.36697.4
4.14-5.215.70.04269671.60798.1
5.21-506.30.03274291.1499.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2W7E

2w7e


解像度: 1.92→47.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 7.244 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 6799 5 %RANDOM
Rwork0.1655 ---
all0.1677 135637 --
obs0.1677 135637 97.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 60.86 Å2 / Biso mean: 30.106 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.36 Å20 Å20 Å2
2---0.65 Å20 Å2
3----1.71 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.92→47.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12410 0 127 1057 13594
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.02213142
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028930
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5981.97217809
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.964321993
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.74351708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59625.337609
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.377152377
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.811558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.21983
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214765
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.58138
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.251.53341
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.517213132
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.55535004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2924.54619
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.971 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 491 -
Rwork0.262 9128 -
all-9619 -
obs-9619 95.12 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.20710.01390.13770.26420.12441.1203-0.0064-0.0192-0.0389-0.02450.0541-0.0396-0.040.0628-0.04760.00570.00190.00340.0403-0.00140.0436-15.27253.580763.1278
20.19460.15460.190.58370.11470.6798-0.03860.0043-0.0161-0.05950.0463-0.0063-0.06980.0311-0.00770.0707-0.0330.03690.0244-0.0130.023-22.24822.924830.8629
30.30620.0860.09740.33260.18150.64850.0094-0.0128-0.01610.008-0.01310.02360.0521-0.06290.00380.0398-0.028-0.01230.0210.00690.03212.911846.341845.3245
40.2743-0.03280.15550.47220.31990.9207-0.01820.0074-0.015-0.05590.00590.054-0.0425-0.06830.01240.0561-0.0147-0.01780.0165-0.00160.02789.369542.369812.8042
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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