PDB-3pg0: Crystal structure of designed 3-fold symmetric protein, ThreeFoil

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pg0

タイトル

Crystal structure of designed 3-fold symmetric protein, ThreeFoil

要素

ThreeFoil

キーワード

DE NOVO PROTEIN / symmetric design / Beta-trefoil / engineered module / sugar binding

機能・相同性

Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Artificial gene (人工物)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.62 Å

データ登録者

Lobsanov, Y.D. / Broom, A. / Howell, P.L. / Rose, D.R. / Meiering, E.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Modular evolution and the origins of symmetry: reconstruction of a three-fold symmetric globular protein.
著者: Broom, A. / Doxey, A.C. / Lobsanov, Y.D. / Berthin, L.G. / Rose, D.R. / Howell, P.L. / McConkey, B.J. / Meiering, E.M.

履歴

登録	2010年10月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年12月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年2月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pg0.cif.gz	76.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pg0.ent.gz	55.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pg0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pg0_validation.pdf.gz	455.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pg0_full_validation.pdf.gz	458.2 KB	表示
XML形式データ	3pg0_validation.xml.gz	9.6 KB	表示
CIF形式データ	3pg0_validation.cif.gz	12.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/3pg0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1knmS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1hkn-6 4qc4-1 3b9u-d 3ba7-1 3ol0-d 1k5u-1 3p6i-d 2q9x-d 1k5v-1 1jqz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ThreeFoil

ヘテロ分子

18.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	45.012, 45.012, 113.439
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-156- HOH
2	1	A-251- HOH

#1: タンパク質	ThreeFoil 分子量: 18061.398 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: formed inclusion bodies / 由来: (組換発現) Artificial gene (人工物) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-BTB / 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / BIS-TRIS BUFFER / ビストリス分子量: 209.240 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₉NO₅ / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 22.67 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 2.0 M ammonium sulfate, 0.1 M bis-tris, protein concentration = 7 mg/mL, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2010年3月22日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.62→35.26 Å / Num. all: 15533 / Num. obs: 15533 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.25 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 13.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.62-1.68	4.29	0.363	3.5	1	96
1.68-1.75	6.28	0.317	4.4	1	100
1.75-1.82	6.44	0.245	5.9	1	100
1.82-1.92	6.49	0.199	7.3	1	100
1.92-2.04	6.48	0.153	9.5	1	100
2.04-2.2	6.59	0.113	11.9	1	99.9
2.2-2.42	6.53	0.081	16.1	1	99.9
2.42-2.77	6.59	0.072	18	1	99.6
2.77-3.49	6.57	0.058	21.5	1	99.9
3.49-35.26	6.18	0.038	32.8	1	99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
d*TREK	9.9.8.6D	データスケーリング
PHENIX	1.6.4_486	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CrystalClear		データ収集
d*TREK		データ削減
BALBES		位相決定
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KNM

1knm

解像度: 1.62→35.258 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 15.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1843	1086	7 %
R_work	0.166	-	-
obs	0.1673	15504	99.52 %
all	-	15497	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.49 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 35.856 Å² / k_sol: 0.421 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4738 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.4738 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.9475 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.62→35.258 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1077	0	55	115	1247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1235
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.074	1677
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.086	496
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.074	166
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	219

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.62-1.6937	0.3405	128	0.3527	1700	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6937-1.783	0.2901	133	0.23	1771	X-RAY DIFFRACTION	100
1.783-1.8947	0.1954	134	0.1506	1776	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8947-2.041	0.1699	133	0.1451	1775	X-RAY DIFFRACTION	100
2.041-2.2464	0.1922	135	0.1626	1786	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2464-2.5714	0.1899	136	0.1594	1801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5714-3.2393	0.1711	138	0.1551	1846	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2393-35.2668	0.1527	149	0.1526	1963	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6408	0.1579	-0.6551	0.8867	-1.1046	4.943	-0.201	0.2149	0.1077	-0.0659	-0.0899	0.0608	0.415	0.2384	0.27	0.1116	0.0142	-0.0208	0.2591	-0.0251	0.0665	22.714	-8.3927	-2.5334
2	0.303	0.1052	-0.0178	0.0716	-0.008	0.1017	-0.0492	0.0075	0.0186	-0.0088	-0.0018	-0.0127	-0.0211	0.0329	0.0252	0.0733	-0.0038	-0.014	0.0794	0.0052	0.0816	15.1133	-4.3501	6.8016
3	0.0216	0.0349	0.0413	0.3306	0.0677	0.1253	-0.0361	0.0392	-0.0231	-0.0125	0.0204	0.064	0.0249	-0.0804	0.0124	0.0709	-0.0263	0.0136	0.1273	-0.0103	0.115	20.7118	-9.333	2.8813
4	0.1227	0.0175	0.0535	0.4165	0.2166	0.3869	0.0213	-0.0093	0.0146	-0.1182	-0.1053	0.0332	0.0001	-0.1405	0.0685	0.1261	0.0026	-0.0094	0.1371	-0.0149	0.1007	17.5892	-19.2264	-1.7556
5	0.5612	-0.4013	-0.0155	0.3143	-0.0505	0.2674	-0.0287	-0.0541	-0.1264	0.0502	0.0253	0.0778	0.0413	0.041	0.0021	0.0863	0.0061	0.0057	0.0759	0.0078	0.0877	10.7048	-18.5224	8.9354
6	0.3141	0.3125	0.0683	0.634	0.3269	0.2361	0.0437	0.0261	-0.0322	-0.0361	-0.0782	0.0188	-0.0534	0.0215	0.0311	0.1232	0.0036	-0.0194	0.1318	-0.0047	0.1277	8.4045	-13.392	-9.6128
7	1.0885	-0.1587	0.2676	0.0379	0.001	0.2119	0.0848	0.1595	-0.1828	-0.0408	0.0036	0.0012	-0.0143	-0.0138	-0.0523	0.0828	0.0122	0.0138	0.1074	-0.0168	0.1206	8.2272	-13.7974	-5.2484
8	0.7557	-0.128	0.1492	0.3664	-0.1062	0.1155	-0.038	0.0726	-0.0859	0.0185	0.0239	0.0477	-0.0146	0.0167	0.0054	0.0634	-0.0045	-0.0034	0.0761	0.0013	0.0585	3.0924	-8.1115	2.264
9	0.354	-0.6069	0.1217	1.7001	0.711	1.3259	-0.0458	-0.1777	0.0485	-0.1492	0.3628	-0.0996	-0.0886	0.2444	-0.3105	0.0665	-0.0454	0.0188	0.1888	-0.0065	0.1377	18.6743	-6.279	-6.15

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 2:6)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 7:39)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 40:43)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 44:57)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 58:89)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 90:96)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 97:104)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 105:136)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 137:141)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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