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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pes | ||||||
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タイトル | Crystal structure of uncharacterized protein from Pseudomonas phage YuA | ||||||
![]() | Uncharacterized protein gp49 | ||||||
![]() | Structural genomics / Unknown function / PSI2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG | ||||||
機能・相同性 | GMP Synthetase; Chain A, domain 3 - #260 / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein gp49![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Nocek, B. / Stein, A. / Evdokimove, A. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of uncharacterized protein from Pseudomonas phage YuA 著者: Nocek, B. / Stein, A. / Evdokimove, A. / Egorova, O. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Joachimiak, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 86.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 425.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 9878.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.27 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M SPG, 25 % Peg3350, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月11日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9794 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.3→40 Å / Num. all: 40040 / Num. obs: 39941 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 29 |
反射 シェル | 解像度: 1.3→1.35 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 3893 / % possible all: 95.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.953 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.3→23.23 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.297→1.331 Å / Total num. of bins used: 20
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