PDB-3pct: Structure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pct

タイトル

Structure of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida

要素

Class C acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / outer membrane

機能・相同性

機能・相同性情報

cell outer membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Pasteurella multocida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Tanner, J.J.

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure and immunogenicity of the class C acid phosphatase from Pasteurella multocida.
著者: Singh, H. / Malinski, T.J. / Reilly, T.J. / Henzl, M.T. / Tanner, J.J.

履歴

登録	2010年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pct.cif.gz	304.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pct.ent.gz	248.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pct.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pct_validation.pdf.gz	438.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pct_full_validation.pdf.gz	441.1 KB	表示
XML形式データ	3pct_validation.xml.gz	32.8 KB	表示
CIF形式データ	3pct_validation.cif.gz	48.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pct ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pct	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3et4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5lfd-d 6yq4-1 6ddy-d 5opk-d 5eqg-d 1iol-1 1x0c-1 2oie-d 5opl-d 6k0p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Class C acid phosphatase

B: Class C acid phosphatase

C: Class C acid phosphatase

87.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Class C acid phosphatase

B: Class C acid phosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Class C acid phosphatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.980, 106.150, 89.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.110, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-502- HOH
2	1	C-515- HOH
3	1	C-573- HOH

詳細

The asymmetric unit contains a dimer formed by chains A and B. There is a third molecule in the asymmetric unit (chain C), and rotation of it around the crystallographic 2-fold axis (-x, y, -z) followed by translation of (1, 0, 0) generates the CC dimer.

#1: タンパク質	Class C acid phosphatase 分子量: 29100.637 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 21-272 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pasteurella multocida (バクテリア) 遺伝子: acpC / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: B9VWB2, acid phosphatase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 573 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.55 %
結晶化	温度: 293 K / pH: 7 詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M ammonium citrate, and 10% (v/v) n-propanol, pH 7, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 173 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.85→26.616 Å / Num. all: 62294 / Num. obs: 62294 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.094 / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 10.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.85-1.95	2.5	0.272	2.4	19889	8050	0.272	86.7
1.95-2.07	3.2	0.25	2.7	27791	8621	0.25	98.3
2.07-2.21	3.7	0.181	3.7	30196	8250	0.181	100
2.21-2.39	3.6	0.149	4.3	28026	7684	0.149	99.9
2.39-2.62	3.7	0.116	5.4	25939	7050	0.116	99.9
2.62-2.93	3.7	0.097	6.3	23624	6404	0.097	99.9
2.93-3.38	3.7	0.082	7.4	21004	5662	0.082	99.9
3.38-4.14	3.7	0.074	7.9	17809	4794	0.074	99.9
4.14-5.85	3.7	0.068	8.5	13887	3728	0.068	100
5.85-27.517	3.7	0.065	8	7519	2051	0.065	99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.2.25	data processing
PHENIX	1.6.2_432	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ET4

3et4

解像度: 1.85→26.616 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.02 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2672	3141	5.04 %	random
R_work	0.2117	-	-	-
obs	0.2145	62271	97.72 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 37.529 Å² / k_sol: 0.359 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso max: 106.97 Å² / B_iso mean: 23.5014 Å² / B_iso min: 3.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.5149 Å²	0 Å²	-6.4284 Å²
2-	-	0.4749 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.9897 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→26.616 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5764	0	0	573	6337

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5947
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.939	8054
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.072	851
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1071
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.603	2090

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 22

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.8789	0.3829	122	0.3045	2187	2309	81
1.8789-1.9097	0.323	126	0.2679	2384	2510	86
1.9097-1.9426	0.3171	110	0.2482	2492	2602	91
1.9426-1.9779	0.2989	146	0.2629	2588	2734	95
1.9779-2.016	0.3236	127	0.2501	2749	2876	98
2.016-2.0571	0.3016	147	0.2435	2708	2855	100
2.0571-2.1018	0.3272	145	0.2357	2748	2893	100
2.1018-2.1507	0.2934	143	0.231	2763	2906	100
2.1507-2.2045	0.2954	154	0.2217	2733	2887	100
2.2045-2.264	0.3218	152	0.223	2715	2867	100
2.264-2.3306	0.2957	130	0.2108	2746	2876	100
2.3306-2.4058	0.3121	141	0.2066	2751	2892	100
2.4058-2.4917	0.2904	151	0.2171	2749	2900	100
2.4917-2.5914	0.2926	147	0.2112	2725	2872	100
2.5914-2.7092	0.2608	136	0.2134	2758	2894	100
2.7092-2.8519	0.2794	143	0.2242	2763	2906	100
2.8519-3.0304	0.2548	149	0.2165	2772	2921	100
3.0304-3.264	0.2675	137	0.2179	2734	2871	100
3.264-3.5917	0.2537	158	0.2062	2742	2900	100
3.5917-4.1098	0.2186	164	0.1804	2756	2920	100
4.1098-5.1717	0.2081	150	0.1663	2768	2918	100
5.1717-26.6185	0.2315	163	0.1981	2799	2962	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.452	-0.1416	0.2933	0.2876	-0.052	0.4579	-0.0783	-0.0409	0.1029	0.0208	0.0163	-0.0226	-0.01	-0.0968	0.0577	0.0493	-0.0431	-0.0219	0.0814	0.0158	0.0728	20.9861	24.0991	31.7782
2	0.2822	-0.0505	0.3584	0.1736	-0.0909	0.4699	0.0343	0.0488	-0.021	-0.0265	-0.0138	-0.0045	0.1052	0.0807	-0.0169	0.0857	-0.0414	-0.0124	0.0821	0.0346	0.0386	31.2987	3.0924	25.6879
3	0.2024	-0.1187	0.2746	0.4689	-0.2995	0.6969	0.0624	0.0737	-0.0189	-0.0838	-0.0988	0.0214	0.1378	0.1305	0.0304	0.0476	0.0211	-0.0079	0.0379	0.0231	0.035	48.4148	63.4272	-8

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	3 - 253
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	6 - 259
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	3 - 259

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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