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- PDB-3pcm: STRUCTURE OF PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE COMPLEXED WITH 6-HYD... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pcm
タイトルSTRUCTURE OF PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE COMPLEXED WITH 6-HYDROXYNICOTINIC ACID N-OXIDE AND CYANIDE
要素(PROTOCATECHUATE 3,4- ...) x 2
キーワードDIOXYGENASE / IRON / NONHEME / METALLOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / TRANSITION-STATE ANALOG COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding
類似検索 - 分子機能
Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core ...Protocatechuate 3,4-dioxygenase, beta subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase, alpha subunit / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit, N-terminal / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta subunit N terminal / Protocatechuate 3,4-Dioxygenase, subunit A / Aromatic compound dioxygenase / Intradiol ring-cleavage dioxygenases signature. / : / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, C-terminal / Intradiol ring-cleavage dioxygenase, core / Dioxygenase / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / : / 6-HYDROXYISONICOTINIC ACID N-OXIDE / Protocatechuate 3,4-dioxygenase alpha chain / Protocatechuate 3,4-dioxygenase beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / NATIVE MODEL PHASES / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Crystal structures of substrate and substrate analog complexes of protocatechuate 3,4-dioxygenase: endogenous Fe3+ ligand displacement in response to substrate binding.
著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1997
タイトル: Structures of Competitive Inhibitor Complexes of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase: Multiple Exogenous Ligand Binding Orientations within the Active Site
著者: Orville, A.M. / Elango, N. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1994
タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase from Pseudomonas Aeruginosa at 2.15 A Resolution
著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 1988
タイトル: Structure and Assembly of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase
著者: Ohlendorf, D.H. / Lipscomb, J.D. / Weber, P.C.
履歴
登録1997年7月18日処理サイト: BNL
改定 1.01998年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 2.02023年9月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_sites ...atom_site / atom_sites / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / database_PDB_matrix / pdbx_database_remark / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn / struct_ncs_oper / struct_site
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_z / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[1][3] / _atom_sites.fract_transf_matrix[2][2] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][1] / _atom_sites.fract_transf_matrix[3][3] / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _database_PDB_matrix.origx[1][1] / _database_PDB_matrix.origx[1][3] / _database_PDB_matrix.origx[3][1] / _database_PDB_matrix.origx[3][3] / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
詳細: Coordinates and associated ncs operations (if present) transformed into standard crystal frame
Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,27230
ポリマ－293,85112
非ポリマー1,42218
水25,5091416
1
A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子

A: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
M: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
B: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
N: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
C: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
O: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
D: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
P: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
E: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
Q: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
F: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
R: PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)590,54560
ポリマ－587,70124
非ポリマー2,84436
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area143600 Å2
ΔGint-772 kcal/mol
Surface area162620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)196.100, 127.300, 134.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.70, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MI121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(0.22339525, 0.97227636, -0.05263917), (0.2295794, 0.97365619), (0.94806644, -0.22925405, -0.22339524)
2given(0.22321462, 0.22926966, 0.9466629), (0.97437771, -0.22959503), (-0.05263201, 0.97299685, -0.22321462)
3given(-0.89472882, 0.44645964), (-1), (0.44676007, 0.89472882)
4given(0.22339525, -0.97227636, -0.05263917), (-0.2295794, -0.97365619), (0.94806644, 0.22925405, -0.22339524)
5given(-0.22321462, 0.22926966, -0.9466629), (-0.97437771, 0.22959503), (0.05263201, 0.97299685, 0.22321462)
詳細THE ACTIVE FORM OF THE ENZYME IS THE WHOLE UNIT CELL CONTENT. IT CONSISTS OF 12 PROTOMERS. EACH PROTOMER IS MADE OF TWO POLYPEPTIDE CHAINS AND ONE FE(III). THE ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF 6 PROTOMERS. THEY ARE: CHAINS (A, M), CHAINS (B, N), CHAINS (C, O), CHAINS (D, P), CHAINS (E, Q), CHAINS (F, R). EACH PROTOMER CONTAINS AN ACTIVE SITE WITH FE(III) AS THE CENTER AND A VESTIGIAL SITE. THE ACTIVE SITES ARE NAMED: ACA, ACB, ACC, ACD, ACE, ACF. THE VESTIGIAL SITES ARE NAMED VEA, VEB, VEC, VED, VEE AND VEF. THE CHAIN IDENTIFIERS HAVE BEEN ASSIGNED AS FOLLOWS: ALPHA BETA WATERS A M G B N H C O I D P J E Q K F R L

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要素

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PROTOCATECHUATE 3,4- ... , 2種, 12分子 ABCDEFMNOPQR

#1: タンパク質
PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE


分子量: 22278.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PREVIOUSLY CLASSIFIED AS PSEUDOMONAS AERUGINOSA / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00436, protocatechuate 3,4-dioxygenase
#2: タンパク質
PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE


分子量: 26696.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PREVIOUSLY CLASSIFIED AS PSEUDOMONAS AERUGINOSA / 由来: (天然) Pseudomonas putida (バクテリア) / 参照: UniProt: P00437, protocatechuate 3,4-dioxygenase

-
非ポリマー , 4種, 1434分子

#3: 化合物
ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#4: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物
ChemComp-NNO / 6-HYDROXYISONICOTINIC ACID N-OXIDE / 6-ヒドロキシニコチン酸1-オキシド


分子量: 155.108 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

非ポリマーの詳細THE SUBSTRATE ANALOGS ARE OBSERVED ONLY IN THE ACTIVE SITE OF EACH PROTOMER (RESIDUE 550).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.52 %
結晶化pH: 8.4 / 詳細: pH 8.4
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
180 mg/mlprotein1drop
220 mMNNO1drop
3200 mM1dropNaCN
41 M1reservoirNaCN
51reservoirH2SO4
61reservoirNaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 296 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH2R / 波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年5月10日 / 詳細: COLLIMATOR
放射モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→10 Å / Num. obs: 144344 / % possible obs: 88 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.4 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 8.41
反射 シェル解像度: 2.25→2.38 Å / 冗長度: 1.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 83
反射
*PLUS
Num. measured all: 341076 / Rmerge(I) obs: 0.092
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 %

-
解析

ソフトウェア
名称分類
PROLSQ精密化
XENGENデータ削減
XENGENデータスケーリング
精密化構造決定の手法: NATIVE MODEL PHASES / 解像度: 2.25→6 Å / σ(F): 1
詳細: THE NONSTANDARD UNIT CELL I 2 WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C 2 CELL BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO MAINTAIN CONSISTENCY WITH THE INITIAL ...詳細: THE NONSTANDARD UNIT CELL I 2 WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C 2 CELL BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO MAINTAIN CONSISTENCY WITH THE INITIAL CRYSTALLIZATION REPORT. TO CONVERT FROM FRACTIONAL I 2 TO FRACTIONAL C 2, USE THE FOLLOWING TRANSFORMATION: [ 1.0 ][ 0.0 ][ 0.0 ] (XFRAC_I2) (XFRAC_C2) [ 0.0 ][ 1.0 ][ 0.0 ] X (YFRAC_I2) = (YFRAC_C2) [ -1.0 ][ 0.0 ][ 1.0 ] (ZFRAC_I2) (ZFRAC_C2) THE ORTHOGONAL COORDINATE SYSTEM CHOSEN FOR THIS ENTRY IS THAT DEFINED BY THE LOCAL SYMMETRY OF THE COMPLEX (23).
Rfactor反射数%反射
Rwork0.18 --
obs-113157 91 %
原子変位パラメータBiso mean: 22.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20466 0 84 1416 21966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0140.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0270.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0270.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it0.4061
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it0.7292
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it0.6911.5
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it1.1463
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.0110.03
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.2090.3
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1820.5
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2070.5
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1570.5
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor1.93
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor1715
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor23.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.18
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.4 Å / Rfactor all: 0.234

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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