+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pcf | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF PROTOCATECHUATE 3,4-DIOXYGENASE COMPLEXED WITH 3-FLURO-4-HYDROXYBENZOATE | |||||||||
![]() | (PROTOCATECHUATE 3,4- ...) x 2 | |||||||||
![]() | DIOXYGENASE / IRON / NONHEME / METALLOPROTEIN / OXIDOREDUCTASE / INHIBITOR COMPLEX | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protocatechuate 3,4-dioxygenase / protocatechuate 3,4-dioxygenase activity / 3,4-dihydroxybenzoate catabolic process / beta-ketoadipate pathway / ferric iron binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() | |||||||||
![]() | Orville, A.M. / Elango, N. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structures of competitive inhibitor complexes of protocatechuate 3,4-dioxygenase: multiple exogenous ligand binding orientations within the active site. 著者: Orville, A.M. / Elango, N. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. #1: ![]() タイトル: Crystal Structures of Substrate and Substrate Analog Complexes of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase: Endogenous Fe3+ Ligand Displacement in Response to Substrate Binding 著者: Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. / Ohlendorf, D.H. #2: ![]() タイトル: Structure of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase from Pseudomonas Aeruginosa at 2.15 A Resolution 著者: Ohlendorf, D.H. / Orville, A.M. / Lipscomb, J.D. #3: ![]() タイトル: Structure and Assembly of Protocatechuate 3,4-Dioxygenase 著者: Ohlendorf, D.H. / Lipscomb, J.D. / Weber, P.C. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 545.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 442.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||||||||
非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
| ||||||||||||||||||
詳細 | THE ACTIVE FORM OF THE ENZYME IS THE WHOLE UNIT CELL CONTENT. IT CONSISTS OF 12 PROTOMERS. EACH PROTOMER IS MADE OF TWO POLYPEPTIDE CHAINS AND ONE FE(III). THE ASYMMETRIC UNIT CONSISTS OF 6 PROTOMERS. THEY ARE: CHAINS (A, M), CHAINS (B, N), CHAINS (C, O), CHAINS (D, P), CHAINS (E, Q), CHAINS (F, R). EACH PROTOMER CONTAINS AN ACTIVE SITE WITH FE(III) AS THE CENTER AND A VESTIGIAL SITE. THE ACTIVE SITES ARE NAMED: ACA, ACB, ACC, ACD, ACE, ACF. THE VESTIGIAL SITES ARE NAMED VEA, VEB, VEC, VED, VEE AND VEF. THE CHAIN IDENTIFIERS HAVE BEEN ASSIGNED AS FOLLOWS: ALPHA BETA WATERS A M G B N H C O I D P J E Q K F R L |
-
要素
-PROTOCATECHUATE 3,4- ... , 2種, 12分子 ABCDEFMNOPQR
#1: タンパク質 | 分子量: 22278.812 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENTRY CONTAINS ALPHA/BETA 6-MER / 由来: (天然) ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 26696.287 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: ENTRY CONTAINS ALPHA/BETA 6-MER / 由来: (天然) ![]() |
---|
-非ポリマー , 4種, 1476分子 ![](data/chem/img/FE.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/FHB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/BME.gif)
![](data/chem/img/FHB.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: 化合物 | ChemComp-FE / #4: 化合物 | ChemComp-BME / #5: 化合物 | ChemComp-FHB / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-詳細
非ポリマーの詳細 | THE INHIBITOR IS OBSERVED IN TWO BINDING SITES. THE FIRST IS IN THE ACTIVE SITE OF EACH PROTOMER ...THE INHIBITOR IS OBSERVED IN TWO BINDING SITES. THE FIRST IS IN THE ACTIVE SITE OF EACH PROTOMER (RESIDUE 550). THE SECOND IS AT EACH LOCAL THREE-FOLD SYMMETRY AXES (RESIDUE 551). THE SECONDARY BINDING SITES ARE DEFINED BY: S2M AND S2P. |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.22 % | |||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | pH: 8.4 / 詳細: pH 8.4 | |||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: interface diffusion / 詳細: or hanging drop vapor diffusion | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 296 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1994年5月5日 / 詳細: COLLIMATOR |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE(002) / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.14→10 Å / Num. obs: 167068 / % possible obs: 93 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.14→2.27 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 83 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 469264 / Rmerge(I) obs: 0.102 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 83 % |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: NATIVE MODEL PHASES / 解像度: 2.15→6 Å / σ(F): 1 詳細: THE NONSTANDARD UNIT CELL I 2 WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C 2 CELL BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO MAINTAIN CONSISTENCY WITH THE INITIAL ...詳細: THE NONSTANDARD UNIT CELL I 2 WAS CHOSEN OVER THE EQUIVALENT C 2 CELL BECAUSE OF THE CONVENIENCE OF HAVING A BETA ANGLE NEAR 90 DEGREES AND TO MAINTAIN CONSISTENCY WITH THE INITIAL CRYSTALLIZATION REPORT. TO CONVERT FROM FRACTIONAL I 2 TO FRACTIONAL C 2, USE THE FOLLOWING TRANSFORMATION: [ 1.0 ][ 0.0 ][ 0.0 ] (XFRAC_I2) (XFRAC_C2) [ 0.0 ][ 1.0 ][ 0.0 ] X (YFRAC_I2) = (YFRAC_C2) [ -1.0 ][ 0.0 ][ 1.0 ] (ZFRAC_I2) (ZFRAC_C2) THE ORTHOGONAL COORDINATE SYSTEM CHOSEN FOR THIS ENTRY IS THAT DEFINED BY THE LOCAL SYMMETRY OF THE COMPLEX (23).
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.29 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→6 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: PROLSQ / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.179 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | *PLUS 最高解像度: 2.2 Å / 最低解像度: 2.3 Å / Rfactor obs: 0.236 |