PDB-3pc0: Crystal structure of the mutant V155S of orotidine 5'-monophospha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pc0

タイトル

Crystal structure of the mutant V155S of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate

要素

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / 6-azauridine 5'-monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.298 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Iiams, V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
著者: Iiams, V. / Desai, B.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pc0.cif.gz	107 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pc0.ent.gz	81.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pc0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pc0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pc/3pc0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nqcC 3nqdC 3nqeC 3nqfC 3nqgC 3nqmC 3pbuC 3pbvC 3pbwC 3pbyC 3g18S 3lhw 3ltp 3lts 3lty 3lv5 3lv6 3nq6 3nq7 3nqa 3p5y 3p5z 3p60 3p61 3siz 3sy5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3sy5-d 3g22-d 3nqd-d 3g1h-4 3nqm-1 3nqg-d 3g1f-4 3g1h-2 1so5-d 4fx6-d 4nx5-d 3lht-d 3ltp-d 3lhw-d 3siz-d 3lv5-d 1xbv-d 3nqg-1 1q6o-d 3nqa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.707, 63.831, 61.696
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.22, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24872.645 Da / 分子数: 2 / 変異: R101P, V155S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-UP6 / 6-AZA URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / 6-AZA-UMP / 6-アザウリジン5′-りん酸分子量: 325.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₃O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 398 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 30% PEG 5000, 0.1M MES, 0.2M Ammonium sulfate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.298→32.506 Å / Num. all: 92336 / Num. obs: 92336 / % possible obs: 89.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.298→32.506 Å / SU ML: 0.15 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1938	4620	5 %	RANDOM
R_work	0.1756	-	-	-
all	0.1765	92336	-	-
obs	0.1765	92336	89.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 40.259 Å² / k_sol: 0.388 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.8507 Å²	-0 Å²	-2.2666 Å²
2-	-	4.502 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.6514 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.298→32.506 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	48	398	3759

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3511
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	4759
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.943	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	630

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2985-1.3133	0.3668	85	0.3315	1218	X-RAY DIFFRACTION	38
1.3133-1.3287	0.2902	78	0.306	1459	X-RAY DIFFRACTION	45
1.3287-1.3449	0.2994	78	0.2913	1700	X-RAY DIFFRACTION	52
1.3449-1.3619	0.3736	79	0.2801	1881	X-RAY DIFFRACTION	57
1.3619-1.3799	0.3115	120	0.2555	2113	X-RAY DIFFRACTION	65
1.3799-1.3988	0.2951	121	0.248	2337	X-RAY DIFFRACTION	72
1.3988-1.4187	0.2755	132	0.2373	2615	X-RAY DIFFRACTION	79
1.4187-1.4399	0.2315	151	0.2231	2739	X-RAY DIFFRACTION	85
1.4399-1.4624	0.2541	162	0.2092	2990	X-RAY DIFFRACTION	92
1.4624-1.4864	0.2569	156	0.199	3161	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4864-1.512	0.2018	174	0.1885	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.512-1.5395	0.1908	163	0.1891	3269	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5395-1.5691	0.2311	178	0.1788	3239	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5691-1.6012	0.1858	179	0.1805	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6012-1.636	0.1965	188	0.1717	3249	X-RAY DIFFRACTION	100
1.636-1.674	0.2065	158	0.174	3289	X-RAY DIFFRACTION	100
1.674-1.7159	0.1903	193	0.1734	3271	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7159-1.7623	0.186	177	0.1768	3233	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7623-1.8141	0.2016	173	0.1745	3286	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8141-1.8727	0.1956	184	0.1712	3227	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8727-1.9396	0.1934	188	0.1686	3279	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9396-2.0172	0.1943	162	0.1633	3251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0172-2.109	0.1794	169	0.1654	3298	X-RAY DIFFRACTION	100
2.109-2.2202	0.1943	170	0.1644	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2202-2.3593	0.1782	172	0.1626	3266	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3593-2.5414	0.1782	155	0.1629	3299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5414-2.797	0.1938	183	0.1741	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-3.2014	0.2112	176	0.1764	3297	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2014-4.0323	0.1524	175	0.1472	3320	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0323-32.5162	0.1633	141	0.1635	3375	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)