PDB-3pbv: Crystal structure of the mutant I96T of orotidine 5'-monophosphat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3pbv

タイトル

Crystal structure of the mutant I96T of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 6-azauridine 5'-monophosphate

要素

Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

キーワード

LYASE / tim barrel / orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / 6-azauridine 5'-monophosphate

機能・相同性

機能・相同性情報

orotidine-5'-phosphate decarboxylase / orotidine-5'-phosphate decarboxylase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.3 Å

データ登録者

Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Iiams, V. / Wood, B.M. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C.

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
著者: Iiams, V. / Desai, B.J. / Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.

履歴

登録	2010年10月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Database references
改定 1.2	2011年10月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3pbv.cif.gz	108.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3pbv.ent.gz	82.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3pbv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3pbv_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3pbv_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	3pbv_validation.xml.gz	22.5 KB	表示
CIF形式データ	3pbv_validation.cif.gz	33.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pb/3pbv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3nqcC 3nqdC 3nqeC 3nqfC 3nqgC 3nqmC 3pbuC 3pbwC 3pbyC 3pc0C 3g18S 3lhw 3ltp 3lts 3lty 3lv5 3lv6 3nq6 3nq7 3nqa 3p5y 3p5z 3p60 3p61 3siz 3sy5 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lv5-d 3v1p-d 4lc8-d 3ltp-d 3g1f-3 4nx5-d 3qmr-d 3nqc-d 3qms-d 3g1f-5 3nqa-d 3lld-d 3rlu-d 3m1z-d 3g22-d 3lhy-d 1so3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

B: Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase

ヘテロ分子

50.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.789, 63.948, 61.636
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.47, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Orotidine 5'-monophosphate decarboxylase / OMP decarboxylase / OMPDCase / OMPdecase 分子量: 24872.643 Da / 分子数: 2 / 変異: I96T, R101P / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanobacterium thermoautotrophicum (古細菌) 株: Delta H / 遺伝子: pyrF, MTH_129 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O26232, orotidine-5'-phosphate decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-UP6 / 6-AZA URIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / 6-AZA-UMP / 6-アザウリジン5′-りん酸分子量: 325.169 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₂N₃O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 30% PEG 4000, 0.1M Sodium Citrate, 0.2M ammonium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月7日
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.3→32.402 Å / Num. all: 97354 / Num. obs: 97354 / % possible obs: 94.57 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
BALBES		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3G18

3g18

解像度: 1.3→32.402 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1835	4866	5 %	RANDOM
R_work	0.1613	-	-	-
all	0.1624	97354	-	-
obs	0.1624	97354	94.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.459 Å² / k_sol: 0.391 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.9681 Å²	-0 Å²	-1.642 Å²
2-	-	2.0286 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.0605 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.3→32.402 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3313	0	48	463	3824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3512
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.109	4761
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.813	1362
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.071	539
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	631

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3-1.3147	0.2171	100	0.2032	1905	X-RAY DIFFRACTION	59
1.3147-1.3302	0.2299	110	0.2001	2100	X-RAY DIFFRACTION	64
1.3302-1.3464	0.2469	118	0.2061	2256	X-RAY DIFFRACTION	69
1.3464-1.3634	0.2064	124	0.1979	2442	X-RAY DIFFRACTION	75
1.3634-1.3814	0.2278	131	0.1863	2660	X-RAY DIFFRACTION	82
1.3814-1.4003	0.1981	173	0.1743	2853	X-RAY DIFFRACTION	88
1.4003-1.4203	0.1979	185	0.1707	3180	X-RAY DIFFRACTION	98
1.4203-1.4415	0.1729	157	0.1642	3258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4415-1.464	0.2061	140	0.1598	3296	X-RAY DIFFRACTION	100
1.464-1.488	0.1594	192	0.1593	3226	X-RAY DIFFRACTION	100
1.488-1.5137	0.182	177	0.157	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5137-1.5412	0.1802	179	0.1594	3270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5412-1.5709	0.1836	166	0.1517	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5709-1.6029	0.1784	174	0.1511	3223	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6029-1.6378	0.1756	155	0.1475	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6378-1.6759	0.1605	195	0.1463	3246	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6759-1.7178	0.1494	135	0.1505	3305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7178-1.7642	0.1728	177	0.1539	3238	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7642-1.8161	0.1937	176	0.1603	3257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8161-1.8747	0.2011	159	0.1568	3253	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8747-1.9417	0.1782	169	0.1533	3281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9417-2.0195	0.1722	182	0.1492	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0195-2.1114	0.1919	172	0.1511	3276	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1114-2.2227	0.175	157	0.1549	3278	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2227-2.3619	0.1738	177	0.1526	3245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3619-2.5442	0.1539	181	0.1546	3259	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5442-2.8001	0.1528	187	0.161	3273	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8001-3.2049	0.1823	170	0.1629	3284	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2049-4.0367	0.1854	161	0.1438	3322	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0367-32.4116	0.1781	187	0.1609	3318	X-RAY DIFFRACTION	99

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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