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- PDB-3pbp: Structure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pbp
タイトルStructure of the yeast heterotrimeric Nup82-Nup159-Nup116 nucleoporin complex
要素
  • Nucleoporin NUP116/NSP116
  • Nucleoporin NUP159
  • Nucleoporin NUP82
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / beta-propeller / nucleoporin / mRNA export / mRNP remodelling / NUCLEOCYTOPLASMIC Transport / PROTEIN TRANSPORT / TRANSLOCATION / TRANSPORT / autoproteolysis / Fusion protein / PROTOONCOGENE / ONCOPROTEIN / Protein COMPLEX / Nucleus / Nuclear Envelope / Nuclear Pore Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore linkers / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response ...nuclear pore linkers / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / Transport of Mature mRNA derived from an Intron-Containing Transcript / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / tRNA export from nucleus / SUMOylation of SUMOylation proteins / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / SUMOylation of RNA binding proteins / nuclear localization sequence binding / RNA export from nucleus / SUMOylation of chromatin organization proteins / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / nuclear pore / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / protein export from nucleus / protein import into nucleus / transcription corepressor activity / nuclear envelope / ATPase binding / nuclear membrane / RNA binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like ...Peptidase S59, nucleoporin / c-terminal autoproteolytic domain of nucleoporin nup98 / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin Nup159/Nup146, N-terminal / NUP159/214 beta propeller / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Nucleoporin NUP82 / Nucleoporin NUP159 / Nucleoporin NUP116/NSP116
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Debler, E.W. / Hoelz, A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Structural and functional analysis of an essential nucleoporin heterotrimer on the cytoplasmic face of the nuclear pore complex.
著者: Yoshida, K. / Seo, H.S. / Debler, E.W. / Blobel, G. / Hoelz, A.
履歴
登録2010年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月2日Group: Database references
改定 1.22024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin NUP82
B: Nucleoporin NUP116/NSP116
C: Nucleoporin NUP159
D: Nucleoporin NUP82
E: Nucleoporin NUP116/NSP116
F: Nucleoporin NUP159
G: Nucleoporin NUP82
H: Nucleoporin NUP116/NSP116
I: Nucleoporin NUP159
J: Nucleoporin NUP82
K: Nucleoporin NUP116/NSP116
L: Nucleoporin NUP159
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)292,07913
ポリマ－291,92912
非ポリマー1501
水00
1
A: Nucleoporin NUP82
B: Nucleoporin NUP116/NSP116
C: Nucleoporin NUP159


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9823
ポリマ－72,9823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4240 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28630 Å2
手法PISA
2
D: Nucleoporin NUP82
E: Nucleoporin NUP116/NSP116
F: Nucleoporin NUP159
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,1324
ポリマ－72,9823
非ポリマー1501
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area28300 Å2
手法PISA
3
G: Nucleoporin NUP82
H: Nucleoporin NUP116/NSP116
I: Nucleoporin NUP159


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9823
ポリマ－72,9823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28930 Å2
手法PISA
4
J: Nucleoporin NUP82
K: Nucleoporin NUP116/NSP116
L: Nucleoporin NUP159


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9823
ポリマ－72,9823
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.503, 96.770, 144.282
Angle α, β, γ (deg.)105.98, 93.97, 108.24
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Nucleoporin NUP82 / Nuclear pore protein NUP82


分子量: 51982.461 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal domain (NTD), UNP residues 1-452 / 変異: C396S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP82, YJL061W, J1135, HRB187 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40368
#2: タンパク質
Nucleoporin NUP116/NSP116 / Nuclear pore protein NUP116/NSP116


分子量: 16832.180 Da / 分子数: 4 / 断片: C-terminal domain (CTD), UNP residues 967-1113 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP116, NSP116, YMR047C, YM9532.12C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02630
#3: タンパク質・ペプチド
Nucleoporin NUP159 / Nuclear pore protein NUP159


分子量: 4167.491 Da / 分子数: 4 / 断片: Tail, UNP residues 1425-1460 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: NUP159, NUP158, RAT7, YIL115C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40477
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PEG 400, sodium cacodylate, lithium sulfate, 2,5-hexanediol, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 184127 / Num. obs: 181917 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rsym value: 0.097 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 17910 / Rsym value: 0.473 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
SHARP位相決定
CNS1.2精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.6→50 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.272 14690 RANDOM
Rwork0.257 --
all-184127 -
obs-168608 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19643 0 10 0 19653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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