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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3pbm | ||||||
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タイトル | The crystal structure of adenosine deaminase in complex with chloropurine from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | Adenosine deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / SGX / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenine deaminase / adenine deaminase activity / adenine catabolic process / hypoxanthine salvage / nucleotide metabolic process / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of adenosine deaminase in complex with chloropurine from Pseudomonas aeruginosa 著者: Zhang, Z. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 138.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 108.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 452.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 464.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3ou8S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37656.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.21 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Magnesium chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v PEG 3350, , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年10月17日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.591→50 Å / Num. obs: 19042 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.473 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1797 / % possible all: 96.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ou8 解像度: 2.591→46.35 Å / SU ML: 0.33 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.04 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 18.152 Å2 / ksol: 0.345 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.591→46.35 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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