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- PDB-3pb2: Characterisation of the first monomeric dihydrodipicolinate synth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3pb2
タイトルCharacterisation of the first monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals evolutionary insights
要素Dihydrodipicolinate synthase
キーワードLYASE / TIM-Barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase activity / diaminopimelate biosynthetic process / L-lysine biosynthetic process via diaminopimelate / cytosol
類似検索 - 分子機能
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel ...4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase, DapA / Schiff base-forming aldolase, conserved site / Dihydrodipicolinate synthase signature 1. / Schiff base-forming aldolase, active site / Dihydrodipicolinate synthase signature 2. / DapA-like / Dihydrodipicolinate synthetase family / Dihydrodipicolinate synthetase family / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pearce, F.G. / Dobson, R.C.J. / Jameson, G.B.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2011
タイトル: Characterization of monomeric dihydrodipicolinate synthase variant reveals the importance of substrate binding in optimizing oligomerization.
著者: Pearce, F.G. / Dobson, R.C. / Jameson, G.B. / Perugini, M.A. / Gerrard, J.A.
履歴
登録2010年10月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年8月28日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
C: Dihydrodipicolinate synthase
D: Dihydrodipicolinate synthase
E: Dihydrodipicolinate synthase
F: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,69521
ポリマ－197,3146
非ポリマー1,38115
水19,3301073
1
A: Dihydrodipicolinate synthase
B: Dihydrodipicolinate synthase
C: Dihydrodipicolinate synthase
E: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,83218
ポリマ－131,5434
非ポリマー1,28914
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2740 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area21710 Å2
2
D: Dihydrodipicolinate synthase
F: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子

D: Dihydrodipicolinate synthase
F: Dihydrodipicolinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,7276
ポリマ－131,5434
非ポリマー1842
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area21220 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)192.200, 125.342, 78.428
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.54, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-741-

HOH

21D-854-

HOH

31F-843-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Dihydrodipicolinate synthase / DHDPS


分子量: 32885.672 Da / 分子数: 6 / 変異: R233A, R237A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) thermotoga maritima (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1K9, dihydrodipicolinate synthase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1073 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 40% v/v PEG 300, 100mM phosphate-citrate buffer, pH 4.2, 0.02% (w/v) sodium azide, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.95661 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月1日
放射モノクロメーター: YALE MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95661 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→33.259 Å / Num. obs: 143667 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
AMoRE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→33.19 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2104 7115 5.02 %
Rwork0.1686 --
obs0.1707 141790 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.761 Å2 / ksol: 0.381 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.2365 Å2-0 Å20.358 Å2
2---0.1659 Å2-0 Å2
3---0.4024 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→33.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13722 0 90 1073 14885
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00714088
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01219126
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9035317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682274
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052467
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.9-1.96790.26927420.235313381
1.9679-2.04670.26066910.212613455
2.0467-2.13980.24336940.188313420
2.1398-2.25260.226780.172713493
2.2526-2.39370.22016990.160813426
2.3937-2.57850.20897410.154813412
2.5785-2.83780.21177470.161213439
2.8378-3.24820.21967350.168813461
3.2482-4.09120.18066800.147713560
4.0912-33.26370.17987080.156513628
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86450.1380.24610.88630.00020.36270.03680.26750.0917-0.2784-0.02570.0894-0.11010.0974-0.02220.1774-0.02660.01770.15250.01630.059130.1562-1.5741-1.4888
20.85660.1567-0.36380.4889-0.02470.5802-0.01580.0343-0.0249-0.09430.01910.01030.06930.1053-0.00760.151-0.004-0.00890.1215-0.03220.049927.0671-19.29354.083
30.1286-0.038-0.08171.6420.44960.9253-0.0727-0.22090.1324-0.07620.289-0.4428-0.02430.5287-0.20060.0619-0.01590.01850.369-0.10610.115850.4574-12.65046.4415
40.35740.0859-0.30150.22250.07230.50040.099-0.17880.170.05880.03540.0589-0.11010.18-0.09280.1376-0.0680.03060.1555-0.06740.11337.02342.690715.7031
50.45150.14730.03140.77460.06780.5916-0.0180.04510.2197-0.08130.04080.1911-0.0985-0.1623-0.00140.11090.0036-0.04470.1372-0.00120.179-2.8812-15.219619.3656
60.7383-0.1911-0.04410.8237-0.16280.66690.09090.07440.1463-0.09330.02780.2065-0.1707-0.0338-0.07990.1360.0121-0.00480.0908-0.01180.16646.9934-2.610520.0007
70.66210.3765-0.14960.647-0.06550.7370.0473-0.1020.02220.043-0.00420.0632-0.0010.0229-0.03820.09920.0087-0.0130.1038-0.02040.09138.3685-16.881830.7989
82.98410.9561-1.93270.4582-1.05322.5043-0.35440.0277-0.8814-0.3650.0184-0.07750.8499-0.00650.24810.2755-0.0448-0.01790.08080.00690.20913.1328-37.388923.4276
90.6064-0.1313-0.36140.7743-0.01330.6831-0.1273-0.40160.01920.38870.0607-0.10540.30010.58720.07150.25820.0621-0.04780.39870.0140.041336.8685-26.606261.1675
100.8823-0.2668-0.58340.9190.04151.5734-0.1407-0.1124-0.15940.1666-0.0190.02990.36610.24430.14460.22950.07090.02620.15740.01530.048727.9023-35.273649.3033
110.32130.00910.07010.1328-0.13250.1447-0.06480.0690.1021-0.01260.0460.0475-0.292-0.1420.0260.30430.0410.01130.1676-0.01410.057917.9954-15.04954.6102
120.2398-0.0474-0.41810.5854-0.22240.88240.0052-0.14910.20380.26930.11-0.1236-0.2940.6772-0.07850.2608-0.096-0.03040.3664-0.05650.130939.5015-12.110853.3975
131.0380.46840.38770.5736-0.0330.26160.0158-0.35310.44120.0654-0.21530.28110.1517-0.19850.17640.1503-0.03370.02050.2594-0.19220.4597-7.717221.283319.6572
140.88950.45220.09550.6974-0.52170.73370.1335-0.2699-0.10150.0174-0.23890.28220.2758-0.18640.12230.1987-0.07060.01110.2271-0.11340.392-11.505714.626216.9399
150.1526-0.02730.1320.0217-0.02920.11470.1395-0.013-0.01350.086-0.0841-0.28570.12360.1386-0.0670.1663-0.0137-0.02230.0729-0.03760.4322-10.547615.65070.3822
162.06980.10020.68220.624-0.07010.8453-0.1855-0.4251.1960.0518-0.15690.1345-0.1682-0.17150.34260.08710.0224-0.06040.1143-0.29870.7965-10.77933.341112.3799
170.2881-0.0756-0.0560.55540.08640.9661-0.2515-0.3307-0.37520.13650.0268-0.36420.83871.08330.11370.49520.53230.11380.770.05620.332754.4994-46.215130.5238
180.3624-0.1728-0.52460.81130.30051.1773-0.0999-0.3544-0.0160.15740.1925-0.41530.26651.1691-0.08460.11320.192-0.05150.7716-0.03710.18454.768-30.212537.7659
190.2608-0.1872-0.61621.0929-0.02371.65650.1749-0.24960.1266-0.1141-0.0494-0.3597-0.06191.0485-0.06960.04040.01870.02730.5728-0.03430.146752.7381-23.16523.7408
200.945-0.139-0.50311.33510.34821.2104-0.24560.2236-0.2712-0.28270.0057-0.09330.79960.38720.17120.44030.2240.09460.3275-0.06950.121243.8726-43.346518.377
210.5709-0.2565-0.22680.12690.21980.8543-0.15870.08610.7243-0.1982-0.26590.2957-0.5501-0.23910.46170.42280.1741-0.55670.1506-0.39642.444475.912414.15014.2346
220.0725-0.01390.06090.00930.05360.626-0.07520.0434-0.14930.3319-0.2725-0.2096-0.4758-0.04990.33820.68280.009-0.65390.031-0.18822.189691.608518.37310.8169
230.1703-0.12430.24380.3151-0.3850.8246-0.4819-0.15010.82530.152-0.33180.165-0.281-0.14050.73390.36280.0596-0.36880.1102-0.39681.981988.97070.914315.3887
240.2474-0.2765-0.08570.768-0.48472.797-0.41490.06330.7747-0.1546-0.27470.8532-0.0704-0.79950.7640.24970.0207-0.42090.2888-0.39252.316872.106-1.54-1.964
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID -5:72)
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 73:214)
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 215:241)
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN A AND RESID 242:294)
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID -4:58)
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 59:125)
7X-RAY DIFFRACTION7(CHAIN B AND RESID 126:277)
8X-RAY DIFFRACTION8(CHAIN B AND RESID 278:294)
9X-RAY DIFFRACTION9(CHAIN C AND RESID -2:57)
10X-RAY DIFFRACTION10(CHAIN C AND RESID 58:214)
11X-RAY DIFFRACTION11(CHAIN C AND RESID 215:245)
12X-RAY DIFFRACTION12(CHAIN C AND RESID 246:294)
13X-RAY DIFFRACTION13(CHAIN D AND RESID -1:52)
14X-RAY DIFFRACTION14(CHAIN D AND RESID 53:76)
15X-RAY DIFFRACTION15(CHAIN D AND RESID 77:93)
16X-RAY DIFFRACTION16(CHAIN D AND RESID 94:294)
17X-RAY DIFFRACTION17(CHAIN E AND RESID -1:61)
18X-RAY DIFFRACTION18(CHAIN E AND RESID 62:146)
19X-RAY DIFFRACTION19(CHAIN E AND RESID 147:204)
20X-RAY DIFFRACTION20(CHAIN E AND RESID 205:294)
21X-RAY DIFFRACTION21(CHAIN F AND RESID 1:77)
22X-RAY DIFFRACTION22(CHAIN F AND RESID 78:96)
23X-RAY DIFFRACTION23(CHAIN F AND RESID 97:208)
24X-RAY DIFFRACTION24(CHAIN F AND RESID 209:294)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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