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- PDB-3p9y: Crystal structure of the Drosophila melanogaster Ssu72-pCTD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9y
タイトルCrystal structure of the Drosophila melanogaster Ssu72-pCTD complex
要素
  • CG14216
  • pSer5 CTD peptide
キーワードHYDROLASE / Phosphatase / cis proline / LMW PTP-like fold / RNA polymerase II CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / myosin phosphatase activity / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #550 / RNA polymerase II subunit A / Ssu72-like protein / Helix Hairpins / Response regulator / Helix non-globular / Special / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IMIDAZOLE / RNA polymerase II subunit A C-terminal domain phosphatase SSU72
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Werner-Allen, J.W. / Zhou, P.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: cis-Proline-mediated Ser(P)5 Dephosphorylation by the RNA Polymerase II C-terminal Domain Phosphatase Ssu72.
著者: Werner-Allen, J.W. / Lee, C.J. / Liu, P. / Nicely, N.I. / Wang, S. / Greenleaf, A.L. / Zhou, P.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22016年8月17日Group: Non-polymer description

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CG14216
B: CG14216
C: CG14216
D: CG14216
E: pSer5 CTD peptide
F: pSer5 CTD peptide
G: pSer5 CTD peptide
H: pSer5 CTD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,13513
ポリマ－95,6648
非ポリマー4715
水11,854658
1
A: CG14216
E: pSer5 CTD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2485
ポリマ－23,9162
非ポリマー3323
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1550 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11260 Å2
手法PISA
2
B: CG14216
F: pSer5 CTD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9853
ポリマ－23,9162
非ポリマー691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area10950 Å2
手法PISA
3
C: CG14216
G: pSer5 CTD peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9853
ポリマ－23,9162
非ポリマー691
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10380 Å2
手法PISA
4
D: CG14216
H: pSer5 CTD peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9162
ポリマ－23,9162
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area10310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)157.459, 157.459, 118.802
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
CG14216 / LD40846p


分子量: 23057.209 Da / 分子数: 4 / 変異: C13D,D144N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: Q9VWE4
#2: タンパク質・ペプチド
pSer5 CTD peptide


分子量: 858.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic phosphopeptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物
ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#4: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 658 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 22% PEG monomethyl ether 550, 100 mM imidazole pH 6.5, 150 mM DL-malic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 63987 / Num. obs: 63898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→36 Å / SU ML: 0.29 / σ(F): 0.11 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2411 3052 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.2107 59898 93.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.352 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8591 Å2-0 Å20 Å2
2---0.8591 Å20 Å2
3---1.7181 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6596 0 31 658 7285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0036739
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7489070
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2892603
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.107984
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031191
LS精密化 シェル解像度: 2.1015→2.1766 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2974 277 -
Rwork0.2556 5369 -
obs--88 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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