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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p9y | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the Drosophila melanogaster Ssu72-pCTD complex | ||||||
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![]() | HYDROLASE / Phosphatase / cis proline / LMW PTP-like fold / RNA polymerase II CTD | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat phosphatase activity / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / myosin phosphatase activity / termination of RNA polymerase II transcription / protein-serine/threonine phosphatase / phosphatase activity / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Werner-Allen, J.W. / Zhou, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: cis-Proline-mediated Ser(P)5 Dephosphorylation by the RNA Polymerase II C-terminal Domain Phosphatase Ssu72. 著者: Werner-Allen, J.W. / Lee, C.J. / Liu, P. / Nicely, N.I. / Wang, S. / Greenleaf, A.L. / Zhou, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 320.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 276.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23057.209 Da / 分子数: 4 / 変異: C13D,D144N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: CG14216, Dmel_CG14216 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 858.787 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic phosphopeptide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 化合物 | ChemComp-IMD / #4: 化合物 | ChemComp-PG4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.48 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG monomethyl ether 550, 100 mM imidazole pH 6.5, 150 mM DL-malic acid, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月27日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 63987 / Num. obs: 63898 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.326 / Mean I/σ(I) obs: 4.1 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.352 Å2 / ksol: 0.399 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1015→2.1766 Å
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