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- PDB-3p9m: Crystal Structure of H2-Kb in complex with a mutant of the chicke... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p9m
タイトルCrystal Structure of H2-Kb in complex with a mutant of the chicken ovalbumin epitope OVA-G4
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
  • Ovalbumin epitope, SIIGFEKL
キーワードIMMUNE SYSTEM / H2Kb / OVA / APL / altered peptide ligands / ovalbumin / TCR / T cell
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / ER-Phagosome pathway ...intracellular amino acid homeostasis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of keratinocytes / phagolysosome / monoatomic ion homeostasis / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / embryo development ending in birth or egg hatching / response to steroid hormone / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / response to corticosterone / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / inner ear development / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / beta-2-microglobulin binding / cellular defense response / phagocytic vesicle / monoatomic ion transport / Neutrophil degranulation / early endosome lumen / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / Neutrophil degranulation / response to progesterone / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide binding / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / response to estrogen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protease binding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / amyloid fibril formation / learning or memory / defense response to bacterium / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / signaling receptor binding / calcium ion binding / protein-containing complex binding / structural molecule activity / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Serpin, conserved site / Serpins signature. / Serpin superfamily, domain 2 / Serpin family / Serpin domain / Serpin superfamily / Serpin superfamily, domain 1 / Serpin (serine protease inhibitor) / SERine Proteinase INhibitors / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ovalbumin / Beta-2-microglobulin / H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wesselingh, R. / Gras, S. / Guillonneau, C. / Turner, S.J. / Rossjohn, J.
引用ジャーナル: J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Affinity thresholds for naive CD8+ CTL activation by peptides and engineered influenza A viruses
著者: Denton, A.E. / Wesselingh, R. / Gras, S. / Guillonneau, C. / Olson, M.R. / Mintern, J.D. / Zeng, W. / Jackson, D.C. / Rossjohn, J. / Hodgkin, P.D. / Doherty, P.C. / Turner, S.J.
履歴
登録2010年10月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月9日Group: Database references
改定 1.22013年6月19日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: Ovalbumin epitope, SIIGFEKL
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin
F: Ovalbumin epitope, SIIGFEKL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,1666
ポリマ－89,1666
非ポリマー00
水16,177898
1
A: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
F: Ovalbumin epitope, SIIGFEKL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5833
ポリマ－44,5833
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19650 Å2
手法PISA
2
C: Ovalbumin epitope, SIIGFEKL
D: H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain
E: Beta-2-microglobulin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5833
ポリマ－44,5833
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area19560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.979, 85.694, 89.290
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 111.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 H-2 class I histocompatibility antigen, K-B alpha chain / H-2K(B)


分子量: 31971.664 Da / 分子数: 2 / 断片: Extracellular domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-K1, H2-K / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01901
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11704.359 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: B2m / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P01887
#3: タンパク質・ペプチド Ovalbumin epitope, SIIGFEKL / Allergen Gal d II / Egg albumin / Plakalbumin


分子量: 907.086 Da / 分子数: 2 / Mutation: N4G / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 参照: UniProt: P01012
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 898 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.2M calcium acetate, 15% PEG 8K, 0.1M Na-malonate, pH 6, vapor diffusion, hanging drop, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 60157 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 24.539 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 20.75
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.10.1710.203728927862578130.23890.6
2.1-2.20.1320.168.325780711166360.18593.3
2.2-2.30.1450.1429.720496596255410.16792.9
2.3-2.40.0970.10911.618199496046880.12694.5
2.4-2.50.0840.09313.615479422039820.10894.4
2.5-30.0610.06218.85028313705130730.07295.4
3-40.030.03133.93975610919105360.03796.5
4-60.0160.0247.421235566955340.02397.6
6-100.0180.02145.66963188918480.02597.8
100.0130.01851.817285445060.02193

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
PHENIX1.6.1_357精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1vac

1vac


解像度: 2→41.54 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / FOM work R set: 0.8376 / SU ML: 0.28 / σ(F): 0.08 / 位相誤差: 24.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2436 3031 5.06 %
Rwork0.1797 --
obs0.1829 59862 94.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 28.991 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 95.02 Å2 / Biso mean: 22.7481 Å2 / Biso min: 4.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8953 Å20 Å21.6296 Å2
2--5.6281 Å20 Å2
3----3.7328 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→41.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6278 0 0 898 7176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076542
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0698890
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.075917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051162
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5932440
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.07150.2932850.22515368565390
2.0715-2.15440.29133140.215525583992
2.1544-2.25250.30762910.20995532582391
2.2525-2.37120.29943090.19625555586493
2.3712-2.51980.27573030.18175688599195
2.5198-2.71430.25082990.17265713601295
2.7143-2.98730.24043130.17245765607896
2.9873-3.41940.23182890.17065846613596
3.4194-4.30740.20123300.15155837616797
4.3074-41.54860.19172980.15526002630097

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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