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- PDB-3p8u: Crystal structure of mEosFP in its green state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p8u
タイトルCrystal structure of mEosFP in its green state
要素Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / Beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能
Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SULFITE ION / Green to red photoconvertible GFP-like protein EosFP
類似検索 - 構成要素
生物種Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Adam, V. / Nienhaus, G.U. / Bourgeois, D.
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Rational design of photoconvertible and biphotochromic fluorescent proteins for advanced microscopy applications.
著者: Adam, V. / Moeyaert, B. / David, C.C. / Mizuno, H. / Lelimousin, M. / Dedecker, P. / Ando, R. / Miyawaki, A. / Michiels, J. / Engelborghs, Y. / Hofkens, J.
履歴
登録2010年10月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年11月16日Group: Database references
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
B: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
C: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
D: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)108,46223
ポリマ－106,7014
非ポリマー1,76119
水6,882382
1
A: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,2207
ポリマ－26,6751
非ポリマー5446
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1396
ポリマ－26,6751
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9634
ポリマ－26,6751
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,1396
ポリマ－26,6751
非ポリマー4645
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11870 Å2
ΔGint-214.8 kcal/mol
Surface area33470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.450, 96.820, 140.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Green to red photoconvertible GPF-like protein EosFP


分子量: 26675.150 Da / 分子数: 4 / 変異: V123T T158H / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lobophyllia hemprichii (オオハナガタサンゴ)
プラスミド: pQE32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5S6Z9
#2: 化合物
ChemComp-SO3 / SULFITE ION / 亜硫酸アニオン


分子量: 80.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO3
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細HIS 62, TYR 63 AND GLY 64 CIRCULARIZED INTO ONE CHROMOPHORE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 2.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月16日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→56.796 Å / Num. all: 80225 / Num. obs: 74471 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.25→2.5 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1ZUX

1zux


解像度: 2.25→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.937 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 9.796 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.247 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28352 2817 5 %RANDOM
Rwork0.23175 ---
obs0.23434 53525 100 %-
all-56351 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.273 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0.03 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7180 0 91 382 7653
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0217599
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.025208
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.96810291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87312660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0685923
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.05924.096376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.088151276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8251536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21026
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0218475
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4251.54457
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0421.51842
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.79427189
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.76833142
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.294.53076
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.461 204 -
Rwork0.428 3875 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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