[日本語] English
万見
- PDB-3p7x: Crystal structure of an atypical two-cysteine peroxiredoxin (SAOU... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p7x
タイトルCrystal structure of an atypical two-cysteine peroxiredoxin (SAOUHSC_01822) from Staphylococcus aureus NCTC8325
要素Probable thiol peroxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / THIOREDOXIN FOLD / PEROXIDASE
機能・相同性
機能・相同性情報


thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity
類似検索 - 分子機能
Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Thiol peroxidase Tpx / Thiol peroxidase conserved site / Tpx family signature. / : / Redoxin / Redoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / Thiol peroxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.96 Å
データ登録者Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an atypical two-cysteine peroxiredoxin (SAOUHSC_01822) from Staphylococcus aureus NCTC8325
著者: Bhattacharyya, S. / Dutta, D. / Ghosh, A.K. / Das, A.K.
履歴
登録2010年10月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable thiol peroxidase
B: Probable thiol peroxidase
C: Probable thiol peroxidase
D: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,08423
ポリマ－72,6704
非ポリマー3,41419
水8,557475
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Probable thiol peroxidase
C: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,81816
ポリマ－36,3352
非ポリマー2,48314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1480 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13690 Å2
手法PISA
3
B: Probable thiol peroxidase
D: Probable thiol peroxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2667
ポリマ－36,3352
非ポリマー9315
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.500, 149.356, 73.736
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Probable thiol peroxidase


分子量: 18167.379 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_01822, tpx / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: Q2FXL3, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ

-
非ポリマー , 5種, 494分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-DTV / (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / D-DTT


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#5: 化合物 ChemComp-DTU / (2R,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL / ジチオエリトリト-ル


分子量: 154.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2S2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.47 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.0M AMMONIUM SULPHATE, 0.1M NA-HEPES PH 7, 2% (V/V) PEG 400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年7月14日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.956→74.678 Å / Num. all: 60849 / Num. obs: 60849 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.96-2.062.50.4650.3412.31695568200.2730.4650.3412.271.5
2.06-2.192.80.3430.25732206977770.190.3430.2573.386.8
2.19-2.342.90.3330.25332339779480.1850.3330.2534.594.3
2.34-2.523.20.1610.1196.52496578120.0870.1610.1197.198.6
2.52-2.773.50.120.098.52571272610.0630.120.0910.199.8
2.77-3.093.70.080.05912.82457366210.0410.080.05915.2100
3.09-3.573.80.050.03619.32184557930.0260.050.03626.3100
3.57-4.373.80.0390.028241880449470.020.0390.02838.4100
4.37-6.183.80.0290.0233.61456838260.0150.0290.0241.7100
6.18-19.8453.80.0230.01640.1770120440.0120.0230.01641.996.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
StructureStudioデータ収集
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1PSQ

1psq


解像度: 1.96→19.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.1897 / WRfactor Rwork: 0.1544 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8828 / SU B: 7.197 / SU ML: 0.091 / SU R Cruickshank DPI: 0.1398 / SU Rfree: 0.1325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 3072 5.1 %RANDOM
Rwork0.1683 ---
obs0.1702 60800 92.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 108.06 Å2 / Biso mean: 29.418 Å2 / Biso min: 7.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.71 Å20 Å20.55 Å2
2---1.07 Å20 Å2
3----0.37 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.96→19.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5050 0 221 475 5746
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0225348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9321.9887168
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0785653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.9125.738244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.5215874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7351520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1660.2807
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213900
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0951.53252
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.78525236
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.10632096
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.854.51932
LS精密化 シェル解像度: 1.956→2.007 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 161 -
Rwork0.234 2907 -
all-3068 -
obs--63.48 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.96190.4107-0.38111.5422-0.76251.5555-0.0844-0.05180.0714-0.02920.0324-0.0866-0.06260.04470.0520.03630.01120.00910.0120.00160.0318-2.31156.785112.3769
20.79430.2812-0.10262.09230.02371.28050.05530.08330.0647-0.1138-0.01130.0987-0.0747-0.089-0.0440.02320.0177-0.00120.02230.01510.0314-0.732974.1895-18.76
31.099-0.1566-0.28982.38530.57821.277-0.01530.0962-0.117-0.2453-0.06830.027-0.0202-0.14820.08360.02790.00210.00210.0224-0.01550.0149-16.261229.51615.1854
41.3110.150.05482.49131.16781.9167-0.0617-0.0772-0.07860.189-0.03070.12410.107-0.04270.09240.02620.00830.01160.011500.0139-9.319845.6314-26.8376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 164
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 164
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 164
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 164

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る