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万見
- PDB-3p75: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p75
タイトルCrystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V104D at cryogenic temperature
要素Thermonuclease
キーワードHYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp
機能・相同性
機能・相同性情報


micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) ...OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #90 / Thermonuclease family signature 1. / Thermonuclease active site / Thermonuclease family signature 2. / Staphylococcal nuclease (SNase-like), OB-fold / Staphylococcal nuclease homologue / Thermonuclease domain profile. / Staphylococcal nuclease homologues / SNase-like, OB-fold superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / Thermonuclease
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Khangulov, V.S. / Schlessman, J.L. / Heroux, A. / Garcia-Moreno, E.B.
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V104D at cryogenic temperature
著者: Khangulov, V.S. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno, E.B.
履歴
登録2010年10月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thermonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,2064
ポリマ－14,7241
非ポリマー4823
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.000, 60.791, 36.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.450, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Thermonuclease / Micrococcal nuclease / Staphylococcal nuclease


分子量: 14723.965 Da / 分子数: 1 / 変異: G50F/V51N/V104D/P117G/H124L/S128A/Del44-49 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸


タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.73 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 35% MPD(w/v), 25 mM CHES, Calcium Chloride, pdTp, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月19日
詳細: Meridionally-bent fused silica mirror with palladium and uncoated stripes.
放射モノクロメーター: Double silicon(111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. all: 15431 / Num. obs: 15431 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 40.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Χ2: 5.694 / Net I/σ(I): 19.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.65-1.684.40.5345440.96768.6
1.68-1.7150.4596041.17474.3
1.71-1.745.20.4796441.49679.3
1.74-1.785.60.4317091.28488.1
1.78-1.825.90.3377811.54195
1.82-1.866.20.337741.56498
1.86-1.96.80.298112.78599
1.9-1.9670.2228092.388100
1.96-2.017.10.1988032.3299.9
2.01-2.087.20.1628184.13299.9
2.08-2.157.30.1458053.61799.9
2.15-2.247.30.1248114.47199.8
2.24-2.347.30.1138024.58499.8
2.34-2.467.30.1058015.256100
2.46-2.627.30.0858335.70899.4
2.62-2.827.30.098087.32399.8
2.82-3.1110.40.0848139.77599.8
3.11-3.5514.40.08181612.794100
3.55-4.4810.80.06482310.90999.8
4.48-506.90.0438225.2397.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 36.81 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å30.94 Å
Translation2.5 Å30.94 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.1.4位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
CBASSデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 3BDC with residue 104 truncated to Ala and all b-factors set to 20 A^2. Only conformation A was selected for residues with multiple conformations.

3bdc


解像度: 1.9→30.94 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / WRfactor Rfree: 0.2514 / WRfactor Rwork: 0.2024 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / FOM work R set: 0.8295 / SU B: 7.507 / SU ML: 0.112 / SU R Cruickshank DPI: 0.1619 / SU Rfree: 0.1543 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 535 5 %RANDOM
Rwork0.1866 ---
all0.1893 10782 --
obs0.1893 10782 99.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.72 Å2 / Biso mean: 38.78 Å2 / Biso min: 6.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å20.05 Å2
2---0.04 Å20 Å2
3---0.08 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→30.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1034 0 27 54 1115
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0221110
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0232.0011502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4955137
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.5072550
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.19315216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.88155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1020.2161
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021815
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4331.5654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0821052
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8713456
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6254.5445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.9-1.9490.245400.26678682683099.52
1.949-2.0020.258310.25173899.865
2.002-2.060.309380.22477699.742
2.06-2.1230.296450.21871899.861
2.123-2.1930.277270.19369999.857
2.193-2.2690.225300.19668999.129
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3386-1.68430.0946.17020.58032.8642-0.00190.0823-0.2485-0.12650.1958-0.04820.27890.1167-0.19390.0991-0.0107-0.00030.1065-0.02660.092713.1171-1.99723.0153
25.99732.2050.76929.8760.89464.68230.046-0.91450.04310.79070.11710.01960.01230.1103-0.16310.21520.06420.02150.33930.01320.088511.85476.051915.8312
35.1102-0.4996-0.47983.55730.52893.9708-0.04870.3498-0.4-0.1230.19780.1670.3342-0.262-0.14910.1152-0.0323-0.03050.09330.02720.09118.41850.42591.1723
44.8109-1.0941-0.65196.595-2.48256.1023-0.17670.03570.37790.03770.320.29170.015-0.1708-0.14330.0716-0.00620.00540.07110.01040.11326.262912.4514.0081
58.3352-5.0487-6.9068.01964.199510.29690.24030.5460.338-0.6440.11330.2594-0.2776-0.1804-0.35360.0834-0.0358-0.05830.16270.08130.12351.33429.727-2.6068
68.7421.11613.01427.17013.029511.3664-0.2924-0.66620.62010.29370.14990.4131-0.5815-0.20730.14240.09190.05730.0540.1189-0.00990.1635-0.722816.364212.5254
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 41
2X-RAY DIFFRACTION2A42 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 103
4X-RAY DIFFRACTION4A104 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5A117 - 126
6X-RAY DIFFRACTION6A127 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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