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- PDB-3p70: Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: essent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p70
タイトルStructural basis of thrombin-mediated factor V activation: essential role of the hirudin-like sequence Glu666-Glu672 for processing at the heavy chain-B domain junction
要素
  • (HUMAN ALPHA-THROMBIN, ...) x 2
  • HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
キーワードHYDROLASE / TRYPSIN-LIKE SERINE PROTEINASE / BLOOD COAGULATION / N-GLYCOSYLATION / BLOOD PLASMA
機能・相同性
機能・相同性情報


response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema ...response to vitamin K / platelet alpha granule / Cargo concentration in the ER / COPII-coated ER to Golgi transport vesicle / COPII-mediated vesicle transport / blood circulation / cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / platelet alpha granule lumen / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / Post-translational protein phosphorylation / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Platelet degranulation / extracellular vesicle / regulation of cell shape / heparin binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / : / positive regulation of cell growth / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / copper ion binding / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain ...Coagulation factor 5/8-like / : / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 2. / Multicopper oxidases, conserved site / Multicopper oxidases signature 1. / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) signature 1. / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain, discoidin domain / Coagulation factors 5/8 type C domain (FA58C) profile. / F5/8 type C domain / Coagulation factor 5/8 C-terminal domain / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Multicopper oxidase, N-terminal / Multicopper oxidase / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Cupredoxin / Galactose-binding-like domain superfamily / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BENZAMIDINE / beta-D-glucopyranose / Prothrombin / Coagulation factor V
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Corral-Rodriguez, M.A. / Bock, P.E. / Hernandez-Carvajal, E. / Gutierrez-Gallego, R. / Fuentes-Prior, P.
引用ジャーナル: Blood / 年: 2011
タイトル: Structural basis of thrombin-mediated factor V activation: the Glu666-Glu672 sequence is critical for processing at the heavy chain-B domain junction.
著者: Corral-Rodriguez, M.A. / Bock, P.E. / Hernandez-Carvajal, E. / Gutierrez-Gallego, R. / Fuentes-Prior, P.
履歴
登録2010年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
B: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
C: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
D: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
E: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
F: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
G: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
H: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
M: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
N: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
O: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
P: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,54830
ポリマ－169,07512
非ポリマー2,47318
水43224
1
A: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
B: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
M: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8368
ポリマ－42,2693
非ポリマー5675
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3530 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13630 Å2
手法PISA
2
C: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
D: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
N: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6567
ポリマ－42,2693
非ポリマー3874
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
3
E: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
F: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
O: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0167
ポリマ－42,2693
非ポリマー7484
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4060 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13890 Å2
手法PISA
4
G: HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN
H: HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN
P: HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0398
ポリマ－42,2693
非ポリマー7715
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3990 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area13670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.243, 68.227, 98.972
Angle α, β, γ (deg.)72.57, 84.05, 80.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
HUMAN ALPHA-THROMBIN, ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質・ペプチド
HUMAN ALPHA-THROMBIN, LIGHT CHAIN / Coagulation factor II / Thrombin light chain


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 4 / 断片: THROMBIN LIGHT CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BLOOD PLASMA / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質
HUMAN ALPHA-THROMBIN, HEAVY CHAIN / Coagulation factor II / Thrombin heavy chain


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 4 / 断片: THROMBIN HEAVY CHAIN / 由来タイプ: 天然 / 詳細: PURIFIED FROM BLOOD PLASMA / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

-
タンパク質 , 1種, 4分子 MNOP

#3: タンパク質
HUMAN FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER / Activated protein C cofactor


分子量: 8391.935 Da / 分子数: 4 / 断片: FACTOR V, A2-B DOMAIN LINKER / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12259

-
糖 , 3種, 7分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 35分子

#6: 化合物
ChemComp-BEN / BENZAMIDINE / ベンズアミジン


分子量: 120.152 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H8N2
#7: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 ...詳細: 100 mM MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG 3350, 12.5% (v/v) 2-methylpentane-2,4-diol (MPD), 20 mM D-glucose, 20 mM D-mannose, 20 mM D-galactose, 20 mM L-fucose, 20 mM D-xylose, 20 mM N-acetyl-D-glucosamine , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.8726 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月19日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8726 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→64.42 Å / Num. all: 49833 / Num. obs: 47142 / % possible obs: 94.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10.8
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 6841 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxCuBEデータ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.5.0072精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PPB

1ppb


解像度: 2.55→61.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.905 / SU B: 27.032 / SU ML: 0.267 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.339 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27881 2384 5.1 %RANDOM
Rwork0.20685 ---
obs0.2105 44784 94.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 54.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20.03 Å2-0.01 Å2
2--0.1 Å20 Å2
3----0.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→61.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9282 0 163 24 9469
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0229694
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8411.9813085
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.40851126
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.01523.245453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.398151708
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5491582
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.21372
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6361.55693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18629169
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.99634001
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0914.53915
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.616 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 178 -
Rwork0.273 3279 -
obs--94.09 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.1303-1.64982.300210.1929-2.28153.9064-0.4006-0.55860.30790.83820.41020.2587-0.52970.024-0.00960.13280.00860.05170.1353-0.06640.09729.02141.395106.658
23.6326-2.3661-0.28025.49460.51073.5080.06420.0584-0.2757-0.38520.070.23160.21560.0545-0.13420.1062-0.0733-0.01670.1010.02060.095811.52327.62593.222
34.9821-4.10580.561311.4509-2.61793.5226-0.2663-0.65810.2490.74630.48340.261-0.0610.2894-0.21720.09460.00980.03740.191-0.05930.06379.17160.60159.149
45.1347-4.48160.03747.28230.61833.57830.25710.2891-0.9949-0.5543-0.23090.89250.22410.0461-0.02620.106-0.0488-0.0620.1425-0.0250.230512.66447.54745.259
57.2153-2.8177-5.57947.63293.80869.7429-0.4382-0.3749-0.79550.64920.48230.51520.6661-0.2194-0.04410.14390.04810.07110.15620.11880.375544.9112.45362.695
63.9595-2.8045-0.6425.29341.03493.9838-0.0392-0.30940.31560.06040.25020.0116-0.38170.1347-0.2110.0835-0.0430.02810.17110.00770.127842.04521.9362.981
77.2536-3.534-4.89725.1095-0.37426.6232-0.7405-0.7169-1.12260.43610.65130.57090.7053-0.03650.08920.2249-0.0178-0.03760.22250.20710.618544.856-16.458110.827
84.0246-2.6523-0.26585.33860.4164.5246-0.0315-0.35370.42390.15180.2803-0.1762-0.4711-0.023-0.24880.1074-0.04620.03690.1046-0.02020.129141.9632.939109.995
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-10 - 9999
2X-RAY DIFFRACTION2B-10 - 9999
3X-RAY DIFFRACTION3C-10 - 9999
4X-RAY DIFFRACTION4D-10 - 9999
5X-RAY DIFFRACTION5E-10 - 9999
6X-RAY DIFFRACTION6F-10 - 9999
7X-RAY DIFFRACTION7G-10 - 9999
8X-RAY DIFFRACTION8H-10 - 9999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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