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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3p6f | ||||||
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タイトル | Human adipocyte lipid-binding protein FABP4 in complex with (S)-3-phenyl butyric acid | ||||||
要素 | Fatty acid-binding protein, adipocyte | ||||||
キーワード | LIPID BINDING PROTEIN / lipocalin / beta barrel / fatty acid binding protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid transport / lipid droplet ...hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid transport / lipid droplet / cholesterol homeostasis / fatty acid binding / response to bacterium / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to tumor necrosis factor / negative regulation of DNA-templated transcription / extracellular exosome / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Gonzalez, J.M. / Pozharski, E. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2015 タイトル: Structural analysis of ibuprofen binding to human adipocyte fatty-acid binding protein (FABP4). 著者: Gonzalez, J.M. / Fisher, S.Z. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3p6f.cif.gz | 80.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3p6f.ent.gz | 60.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3p6f.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3p6f_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3p6f_full_validation.pdf.gz | 441.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3p6f_validation.xml.gz | 10.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3p6f_validation.cif.gz | 15 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p6f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p6/3p6f | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15485.729 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090 |
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#2: 化合物 | ChemComp-FBZ / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.16 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月27日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.09→50 Å / Num. obs: 52856 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 10.4 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.2→43.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 1.227 / SU ML: 0.026 / SU R Cruickshank DPI: 0.0442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: BABINET MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→43.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.23 Å
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