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- PDB-3p5r: Crystal Structure of Taxadiene Synthase from Pacific Yew (Taxus b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p5r
タイトルCrystal Structure of Taxadiene Synthase from Pacific Yew (Taxus brevifolia) in complex with Mg2+ and 2-fluorogeranylgeranyl diphosphate
要素Taxadiene synthase
キーワードLYASE / class I and II terpene cyclase fold / diterpene cyclase / DDXXD motif / NSE/DTE motif / 2-fluoro-geranylgeranyl diphosphate / Biosynthesis of paclitaxel
機能・相同性
機能・相同性情報


taxadiene synthase / taxadiene synthase activity / paclitaxel biosynthetic process / terpene synthase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycosyltransferase - #160 / Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : ...Glycosyltransferase - #160 / Terpene cyclase-like 1, C-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, metal-binding domain / Terpene cyclases, class 1, plant / Terpene synthase family, metal binding domain / Terpene synthase, N-terminal domain / Terpene synthase, N-terminal domain superfamily / Terpene synthase, N-terminal domain / : / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-FGG / Taxadiene synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Taxus brevifolia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.247 Å
データ登録者Koksal, M. / Christianson, D.W.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: Taxadiene synthase structure and evolution of modular architecture in terpene biosynthesis.
著者: Koksal, M. / Jin, Y. / Coates, R.M. / Croteau, R. / Christianson, D.W.
履歴
登録2010年10月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Taxadiene synthase
B: Taxadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,68610
ポリマ－175,6032
非ポリマー1,0838
水21,7261206
1
A: Taxadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3435
ポリマ－87,8021
非ポリマー5414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Taxadiene synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,3435
ポリマ－87,8021
非ポリマー5414
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.050, 201.980, 81.431
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.60, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Taxadiene synthase / Taxa-4(5) / 11(12)-diene synthase


分子量: 87801.625 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 108-862 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: source tissue: stem, vector: pET22bTV is a derivative of pET22b
由来: (組換発現) Taxus brevifolia (植物) / 組織: stem / 遺伝子: TDC1 / プラスミド: pET22bTV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) CodonPlus RIL / 参照: UniProt: Q41594, taxadiene synthase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-FGG / (2Z,6E,10E)-2-fluoro-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraen-1-yl trihydrogen diphosphate / 2-fluoro-geranylgeranyl diphosphate


分子量: 468.434 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H35FO7P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1206 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES (pH 7.0), 20% polyethylene glycol 3350, 200 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.008 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年3月2日
放射モノクロメーター: Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.008 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 70530 / % possible obs: 85.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 5.681
反射 シェル解像度: 2.25→2.29 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.454 / Mean I/σ(I) obs: 2.194 / Num. unique all: 3524 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 86.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDBID: 3P5P

3p5p


解像度: 2.247→43.409 Å / SU ML: 0.34 / σ(F): 0.08 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2498 1917 2.86 %Random
Rwork0.1873 ---
obs0.1891 66937 80.99 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 35.745 Å2 / ksol: 0.348 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.4668 Å20 Å21.4138 Å2
2--0.9518 Å20 Å2
3---0.515 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.247→43.409 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12024 0 66 1206 13296
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00512384
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.85316767
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.444560
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0611816
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032155
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2471-2.30330.30681250.22544185X-RAY DIFFRACTION74
2.3033-2.36550.30231260.23054356X-RAY DIFFRACTION76
2.3655-2.43510.34441320.21214371X-RAY DIFFRACTION77
2.4351-2.51370.26811260.21044409X-RAY DIFFRACTION77
2.5137-2.60350.28211350.19884479X-RAY DIFFRACTION78
2.6035-2.70780.26471250.19844479X-RAY DIFFRACTION78
2.7078-2.8310.27521380.19514502X-RAY DIFFRACTION79
2.831-2.98020.26591360.19584486X-RAY DIFFRACTION79
2.9802-3.16690.27411400.18964539X-RAY DIFFRACTION79
3.1669-3.41130.22361350.17764660X-RAY DIFFRACTION81
3.4113-3.75440.25871410.16534926X-RAY DIFFRACTION86
3.7544-4.29730.18821470.15265196X-RAY DIFFRACTION90
4.2973-5.41250.20191570.15495299X-RAY DIFFRACTION92
5.4125-43.41760.21821540.1845133X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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