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万見
- PDB-3p59: First Crystal Structure of a RNA Nanosquare -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p59
タイトルFirst Crystal Structure of a RNA Nanosquare
要素
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')
  • RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')
キーワードRNA / RNA square
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1793 Å
データ登録者Dibrov, S. / Hermann, T. / McLean, J. / Parsons, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Self-assembling RNA square.
著者: Dibrov, S.M. / McLean, J. / Parsons, J. / Hermann, T.
履歴
登録2010年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')
B: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')
C: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')
D: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')
E: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')
F: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')
G: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')
H: RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,90720
ポリマ－32,2478
非ポリマー1,66012
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.378, 62.378, 126.268
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-24-

HOH

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*AP*GP*GP*AP*AP*CP*UP*AP*CP*(5BU)P*G)-3')


分子量: 4909.849 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized
#2: RNA鎖
RNA (5'-R(*CP*CP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*CP*U)-3')


分子量: 3151.940 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemically Synthesized
#3: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 150 mM magnesium chloride, 50 mM sodium cacodylate, 10mM hexamminecobalt (III) chloride, 50 mM KCl, 17% PEG 400, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 173 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 0.9202752 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年4月23日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9202752 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.157→25.06 Å / Num. obs: 25640 / % possible obs: 86.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 30.2 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 49.5
反射 シェル解像度: 2.157→2.27 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.33 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 946 / % possible all: 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.6.1_357)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1793→25.059 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 20.61 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.192 1295 5.05 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
obs0.157 25640 86.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 34.4 Å2 / ksol: 0.361 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1793→25.059 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 2074 72 118 2264
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1143741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.6871141
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058478
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00998
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1793-2.26650.2808660.273946X-RAY DIFFRACTION30
2.2665-2.36950.30791160.26832158X-RAY DIFFRACTION67
2.3695-2.49440.25821510.24083019X-RAY DIFFRACTION94
2.4944-2.65050.31941510.24133002X-RAY DIFFRACTION95
2.6505-2.85490.28412030.22552993X-RAY DIFFRACTION94
2.8549-3.14160.17771410.17173040X-RAY DIFFRACTION95
3.1416-3.59510.15611490.13943043X-RAY DIFFRACTION95
3.5951-4.52490.16421450.11523039X-RAY DIFFRACTION95
4.5249-24.83480.16451460.11863042X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.6206 Å / Origin y: -26.3046 Å / Origin z: 10.6335 Å
111213212223313233
T0.1072 Å2-0.0039 Å2-0.0231 Å2-0.1453 Å2-0.04 Å2--0.0085 Å2
L0.3323 °20.2191 °20.0498 °2-0.4423 °20.1218 °2---0.443 °2
S0.0279 Å °0.0525 Å °0.0085 Å °-0.0279 Å °0.1192 Å °-0.0171 Å °0.0807 Å °-0.0062 Å °0.148 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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