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万見
- PDB-3p4w: Structure of desflurane bound to a pentameric ligand-gated ion ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p4w
タイトルStructure of desflurane bound to a pentameric ligand-gated ion channel, GLIC
要素Glr4197 protein
キーワードMEMBRANE PROTEIN / TRANSPORT PROTEIN / transmembrane helices / ligand-gated ion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel activity / potassium channel activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain ...Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain / Acetylcholine Binding Protein; Chain: A, / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Gamma-aminobutyric acid A receptor/Glycine receptor alpha / Neurotransmitter-gated ion-channel transmembrane domain superfamily / Neuronal acetylcholine receptor / Neurotransmitter-gated ion-channel / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand-binding domain superfamily / Neurotransmitter-gated ion-channel ligand binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Distorted Sandwich / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-DSF / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / Proton-gated ion channel
類似検索 - 構成要素
生物種Gloeobacter violaceus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Nury, H. / Van Renterghem, C. / Weng, Y. / Tran, A. / Baaden, M. / Dufresne, V. / Changeux, J.P. / Sonner, J.M. / Delarue, M. / Corringer, P.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2011
タイトル: X-ray structures of general anaesthetics bound to a pentameric ligand-gated ion channel
著者: Nury, H. / Van Renterghem, C. / Weng, Y. / Tran, A. / Baaden, M. / Dufresne, V. / Changeux, J.P. / Sonner, J.M. / Delarue, M. / Corringer, P.J.
履歴
登録2010年10月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glr4197 protein
B: Glr4197 protein
C: Glr4197 protein
D: Glr4197 protein
E: Glr4197 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,87626
ポリマ－181,7445
非ポリマー10,13221
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21820 Å2
ΔGint-138 kcal/mol
Surface area63190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)181.120, 132.370, 159.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.13, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Glr4197 protein


分子量: 36348.805 Da / 分子数: 5 / 断片: residues in UNP 44-359 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Gloeobacter violaceus (バクテリア)
遺伝子: glr4197 / プラスミド: pET20b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: Q7NDN8
#2: 糖
ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-DSF / (2S)-2-(difluoromethoxy)-1,1,1,2-tetrafluoroethane / DESFLURANE / (+)-デスフルラン


分子量: 168.038 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2F6O
#4: 化合物
ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.148761 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.110756 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→25 Å / Num. obs: 59199 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 69.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / Rmerge(I) obs: 0.547 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CCP4モデル構築
BUSTER2.9.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3eam

3eam


解像度: 3.2→15 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.8762 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8629 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU R Cruickshank DPI: 0.84 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.645 / SU Rfree Blow DPI: 0.296 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.312
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 2969 5.05 %RANDOM
Rwork0.1868 ---
obs0.1877 53637 97.5 %-
原子変位パラメータBiso max: 158.16 Å2 / Biso mean: 63.12 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.1866 Å20 Å229.2789 Å2
2--2.2445 Å20 Å2
3---9.9421 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.525 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12625 0 344 50 13019
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d4571SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes260HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1880HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13243HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd16SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1760SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact15121SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d13288HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg18097HARMONIC21.17
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.96
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.28 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2668 220 5.06 %
Rwork0.2484 4132 -
all0.2492 4352 -
obs--97.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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