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万見
- PDB-3p3d: Crystal structure of the Nup53 RRM domain from Pichia guilliermondii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p3d
タイトルCrystal structure of the Nup53 RRM domain from Pichia guilliermondii
要素Nucleoporin 53
キーワードNUCLEAR PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-2 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / Protein Transport / component of Nuclear Pore Complex / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore central transport channel / nuclear pore organization / nuclear pore nuclear basket / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / phospholipid binding / nucleic acid binding
類似検索 - 分子機能
RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain / Nup53/35/40-type RNA recognition motif / RNA-recognition motif (RRM) Nup35-type domain profile. / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RRM Nup35-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pichia guilliermondii (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Sampathkumar, P. / Shawn, C. / Bain, K. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. ...Sampathkumar, P. / Shawn, C. / Bain, K. / Gilmore, J. / Gheyi, T. / Atwell, S. / Thompson, D.A. / Emtage, J.S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Nup53 RRM domain from Pichia guilliermondii
著者: Sampathkumar, P.
履歴
登録2010年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.32021年2月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoporin 53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5171
ポリマ－14,5171
非ポリマー00
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Nucleoporin 53

A: Nucleoporin 53


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0352
ポリマ－29,0352
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.507, 62.507, 55.117
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

#1: タンパク質 Nucleoporin 53


分子量: 14517.317 Da / 分子数: 1 / 断片: RRM Domain residues 261-383 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pichia guilliermondii (菌類) / 遺伝子: NUP53 (gi146415668), PGUG_04532 / プラスミド: BC-pSGX3(BC); modified pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon+RIL / 参照: UniProt: A5DMN1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.55 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100mM sodium acetate, 20% PEG 1500, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97929 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2010年6月24日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→38.62 Å / Num. obs: 5437 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21 % / Biso Wilson estimate: 59 Å2 / Rsym value: 0.085 / Net I/σ(I): 21.1
反射 シェル解像度: 2.35→2.48 Å / 冗長度: 21.9 % / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique all: 782 / Rsym value: 0.406 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Poly-Ala of 1WWH

1wwh


解像度: 2.35→20.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 8.577 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.353 / ESU R Free: 0.273 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2876 742 13.7 %RANDOM
Rwork0.2379 ---
obs0.2447 5403 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.06 Å2 / Biso mean: 45.3917 Å2 / Biso min: 29.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0.09 Å20 Å2
2---0.18 Å20 Å2
3---0.27 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→20.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数668 0 0 20 688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022684
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02434
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.958935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87431061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.111585
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.90924.48329
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.8461597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.663152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2110
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02144
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7111.5432
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1261.5174
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3822695
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8493252
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1414.5240
LS精密化 シェル解像度: 2.353→2.413 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.479 45 -
Rwork0.367 339 -
all-384 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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