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万見
- PDB-3p2f: Crystal structure of TofI in an apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2f
タイトルCrystal structure of TofI in an apo form
要素AHL synthase
キーワードSIGNALING PROTEIN / synthase / acyl-ACP binding / SAM binding
機能・相同性
機能・相同性情報


acyl-homoserine-lactone synthase / N-acyl homoserine lactone synthase activity / quorum sensing
類似検索 - 分子機能
Autoinducer synthesis, conserved site / Autoinducer synthase family signature. / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase / Autoinducer synthase family profile. / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-homoserine-lactone synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia glumae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Yu, S. / Rhee, S.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2011
タイトル: Small-molecule inhibitor binding to an N-acyl-homoserine lactone synthase
著者: Chung, J. / Goo, E. / Yu, S. / Choi, O. / Lee, J. / Kim, J. / Kim, H. / Igarashi, J. / Suga, H. / Moon, J.S. / Hwang, I. / Rhee, S.
履歴
登録2010年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AHL synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,2191
ポリマ－22,2191
非ポリマー00
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.971, 65.971, 104.768
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 AHL synthase / Acyl homoserine lactone synthase


分子量: 22219.258 Da / 分子数: 1 / 変異: F42M, I149M, L152M, deletion H91, deletion P92 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia glumae (バクテリア)
遺伝子: tofI / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q4VSJ8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.47 % / Mosaicity: 0.407 °
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 20mM MgCl2, 24% polyacrylic acid 5100, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 12209 / Num. obs: 12241 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 10.7 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Χ2: 1.048 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.3-2.3410.90.2586131.061100
2.34-2.3810.70.2415921.0181100
2.38-2.4310.90.2336001.0171100
2.43-2.4810.90.2175971.0431100
2.48-2.5310.90.2045951.0231100
2.53-2.5910.80.1725991.0751100
2.59-2.6610.90.1615951.0871100
2.66-2.7310.90.1536091.0411100
2.73-2.8110.90.1315911.0931100
2.81-2.910.80.1226031.1141100
2.9-310.80.1126211.0921100
3-3.1210.90.0945961.1031100
3.12-3.2610.80.0816161.1211100
3.26-3.4410.80.0696161.0841100
3.44-3.6510.80.0646071.1341100
3.65-3.9310.70.0576041.0371100
3.93-4.3310.70.0516300.9561100
4.33-4.9510.60.0486310.961100
4.95-6.2410.30.0526320.9451100
6.24-509.50.0456940.9651100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→38.61 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2701 1187 9.7 %RANDOM
Rwork0.2285 ---
all-12624 --
obs-11437 93.7 %-
溶媒の処理Bsol: 33.1393 Å2
原子変位パラメータBiso max: 53.63 Å2 / Biso mean: 24.0044 Å2 / Biso min: 6.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.38 Å2-3.249 Å20 Å2
2---3.38 Å20 Å2
3---6.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1371 0 0 73 1444
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.2582
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2761.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.3412
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.0462
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3092.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.34 Å
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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