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- PDB-3p2d: Crystal structure of arrestin-3 reveals the basis of the differen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p2d
タイトルCrystal structure of arrestin-3 reveals the basis of the difference in receptor binding between two non-visual subtypes
要素Beta-arrestin-2
キーワードSIGNALING PROTEIN / arrestin / signal transduction / cytosol
機能・相同性
機能・相同性情報


angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / inositol hexakisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / receptor internalization ...angiotensin receptor binding / desensitization of G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor internalization / inositol hexakisphosphate binding / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / positive regulation of receptor internalization / endocytic vesicle / clathrin-coated pit / phosphatidylinositol binding / receptor internalization / protein transport / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #840 / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain ...Immunoglobulin-like - #840 / Immunoglobulin-like - #640 / Arrestin, conserved site / Arrestins signature. / Arrestin / Arrestin, N-terminal / Arrestin-like, N-terminal / Arrestin C-terminal-like domain / Arrestin (or S-antigen), N-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin (or S-antigen), C-terminal domain / Arrestin-like, C-terminal / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-arrestin-2 / Isoform Short of Beta-arrestin-2
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Spiller, B.W. / Gurevich, V.V. / Zhan, X. / Gimenez, L.E.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2011
タイトル: Crystal Structure of Arrestin-3 Reveals the Basis of the Difference in Receptor Binding Between Two Non-visual Subtypes.
著者: Zhan, X. / Gimenez, L.E. / Gurevich, V.V. / Spiller, B.W.
履歴
登録2010年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-arrestin-2
B: Beta-arrestin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,4712
ポリマ－88,4712
非ポリマー00
水00
1
A: Beta-arrestin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2351
ポリマ－44,2351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-arrestin-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2351
ポリマ－44,2351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.177, 73.323, 201.973
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-arrestin-2 / Arrestin beta-2 / Arrestin-3


分子量: 44235.480 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: ARRB2 / プラスミド: pTrcHis2B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32120-2, UniProt: P32120*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM HEPES, 675mM Na/K tartrate, pH 7.5. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97914 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
放射モノクロメーター: 0.97914 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. all: 22556 / Num. obs: 20910 / % possible obs: 92.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / % possible all: 92.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.6.4_486)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1g4r

1g4r


解像度: 3→35.364 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2864 1092 5.23 %random, throughout
Rwork0.2189 ---
all0.2225 ---
obs0.2225 20879 92.57 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 92.854 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.9867 Å20 Å20 Å2
2--8.7842 Å2-0 Å2
3---5.2025 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→35.364 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5611 0 0 0 5611
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115737
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5317771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.4522191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.096878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011010
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.1350.35621240.30422454X-RAY DIFFRACTION92
3.135-3.30010.33891310.27012466X-RAY DIFFRACTION94
3.3001-3.50670.34511310.25742490X-RAY DIFFRACTION94
3.5067-3.77720.30891520.24182454X-RAY DIFFRACTION94
3.7772-4.15680.30041620.22582455X-RAY DIFFRACTION94
4.1568-4.75710.25191090.17122487X-RAY DIFFRACTION93
4.7571-5.98870.26061620.2122460X-RAY DIFFRACTION92
5.9887-35.36670.27341210.21342521X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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