PDB-3p1h: Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3p1h

タイトル

Crystal structure of Staphylococcal nuclease variant Delta+PHS V23K/I92A at cryogenic temperature

要素

thermonuclease

キーワード

HYDROLASE / Staphylococcal nuclease / hyperstable variant / pdtp / pressure sensitivity / cavity

機能・相同性

機能・相同性情報

micrococcal nuclease / : / nucleic acid binding / extracellular region / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.79 Å

データ登録者

Clark, I.A. / Caro, J.A. / Sue, G. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E, B. / Heroux, A.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Pressure unfolding effects of artificial cavities in proteins.
著者: Caro, J.A. / Clark, I.A. / Sue, G. / Schlessman, J.L. / Garcia-Moreno E, B.

履歴

登録	2010年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年10月12日	Group: Atomic model
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3p1h.cif.gz	72.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3p1h.ent.gz	51.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3p1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3p1h_validation.pdf.gz	794.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3p1h_full_validation.pdf.gz	795.2 KB	表示
XML形式データ	3p1h_validation.xml.gz	8.1 KB	表示
CIF形式データ	3p1h_validation.cif.gz	10.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/p1/3p1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bdcS 3meh S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4df7-d 5cv8-d 4pny-d 4zuj-d 5iod-d 3tp8-d 4hmj-d 4nmz-d 3d4d-1 4iz8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: thermonuclease

ヘテロ分子

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.131, 60.448, 37.972
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.560, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	thermonuclease 分子量: 16131.434 Da / 分子数: 1 / 断片: Deletion UNP residues 126-131 / 変異: V23K,G50F,V51N,I92A,P117G,H124L,S128A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌) プラスミド: pET24a+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00644, micrococcal nuclease
#2: 化合物	ChemComp-THP / THYMIDINE-3',5'-DIPHOSPHATE / チミジン3′,5′-ビスりん酸タイプ: DNA linking / 分子量: 402.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₂O₁₁P₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.36 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 27% MPD, 25 mM Potassium Phosphate, Calcium Chloride, pdTp, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 0.9795 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月1日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: Double sillicon (111) crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9795 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→50 Å / Num. all: 13067 / Num. obs: 13067 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 31.26 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 2.025 / Net I/σ(I): 14.7

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
1.79-1.82	12.4	0.28	649	1.051	1	97
1.82-1.85	12.5	0.28	617	1.08	1	97.9
1.85-1.89	12.5	0.246	664	1.196	1	97.2
1.89-1.93	12.5	0.211	654	1.273	1	98.3
1.93-1.97	12.3	0.179	646	1.293	1	97.9
1.97-2.02	12.3	0.174	642	1.305	1	97.6
2.02-2.07	12.4	0.14	660	1.573	1	98.5
2.07-2.12	12.2	0.127	647	1.604	1	98.6
2.12-2.18	12.3	0.112	646	1.692	1	98.2
2.18-2.26	12.1	0.103	658	1.786	1	98.1
2.26-2.34	12	0.097	652	1.866	1	98.6
2.34-2.43	12	0.091	655	1.98	1	98.9
2.43-2.54	11.8	0.084	677	2.185	1	99
2.54-2.67	11.8	0.076	643	2.379	1	98.9
2.67-2.84	11.6	0.074	676	2.507	1	99.4
2.84-3.06	11.3	0.068	650	2.912	1	98.9
3.06-3.37	10.9	0.063	675	3.193	1	99.4
3.37-3.86	10.2	0.057	674	3.513	1	99.6
3.86-4.86	10.5	0.055	656	3.648	1	97.5
4.86-50	9.9	0.055	626	3.527	1	89.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 36.14 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	21.76 Å
Translation	2.5 Å	21.76 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
CBASS		データ収集
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ID: 3BDC Residues 7-141, deleted waters and cofactors, all B factors set to 20.00 A2, truncated: H8A, T13A, V23A, Q30A, K64A, T82A, I92A, Y113A, V114A, Y115A

3bdc

解像度: 1.79→22.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / WR_factor R_free: 0.2316 / WR_factor R_work: 0.183 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8548 / SU B: 5.096 / SU ML: 0.08 / SU R Cruickshank DPI: 0.1331 / SU R_free: 0.1341 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2307	1298	10 %	RANDOM
R_work	0.1791	-	-	-
all	0.1841	13040	-	-
obs	0.1841	13040	98.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 60.41 Å² / B_iso mean: 24.8326 Å² / B_iso min: 11.54 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.76 Å²	0 Å²	0.37 Å²
2-	-	-1.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.79→22.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1032	0	26	61	1119

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1101
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.499	1.999	1485
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.37	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.724	24.898	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.062	15	214
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.262	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.122	0.2	157
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.021	807
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.252	1.5	651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.946	2	1042
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.27	3	450
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.715	4.5	441

LS精密化シェル

解像度: 1.79→1.836 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.292	93	-
R_work	0.233	864	-
all	-	957	-
obs	-	-	96.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5736	-0.8691	-0.1046	3.037	0.3829	0.1979	-0.0517	-0.0075	-0.1085	0.0297	0.0926	-0.0579	0.0833	0.0424	-0.0409	0.0802	0.0085	0.0094	0.0718	0.0094	0.0814	13.4366	-1.4421	2.8126
2	2.5916	2.979	1.4788	11.5828	3.6518	4.4043	-0.1796	-0.5207	-0.2242	0.1722	0.1312	-0.6113	-0.0982	0.4518	0.0485	0.0858	0.0308	-0.0461	0.2742	0.0173	0.0135	14.2726	11.0639	17.3611
3	1.8617	-0.0079	0.5191	2.3573	0.7814	0.6375	-0.048	-0.0111	-0.3011	0.2036	0.0193	0.0467	0.167	-0.1011	0.0287	0.1031	0.0073	0.0155	0.0634	0.0383	0.1113	8.0108	-2.5106	5.5564
4	2.087	-0.9005	0.0438	2.2412	0.4473	0.3438	-0.0259	0.077	0.0548	-0.0698	0.0629	0.0361	0.0248	0.0317	-0.0369	0.0588	-0.0106	0.0085	0.0751	0.0158	0.0627	7.6176	6.8054	1.7876
5	10.4388	-0.3718	6.1251	2.4456	-1.1104	7.8102	-0.0509	-0.1989	0.2483	0.3306	0.103	0.3334	0.0504	0.1477	-0.0521	0.0691	0.0517	0.0413	0.0473	-0.0334	0.0786	-0.5383	14.9094	11.1618

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	7 - 42
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	43 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 80
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	81 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	124 - 141

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)