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- PDB-3p0s: Crystal structure of Bombyx mori densovirus 1 capsid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3p0s
タイトルCrystal structure of Bombyx mori densovirus 1 capsid
要素Capsid protein VP
キーワードVIRUS / icosahedral virus capsid / virus-like particle / capsid protein / beta-barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


T=1 icosahedral viral capsid / viral genome replication / structural molecule activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Parvovirus non-structural protein 1, helicase domain / Parvovirus non-structural protein NS1 / Phospholipase A2-like domain / Phospholipase A2-like domain / Capsid/spike protein, ssDNA virus
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bombyx mori densovirus 1 (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Kaufmann, B. / Rossmann, M.G.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2011
タイトル: Structure of Bombyx mori densovirus 1, a silkworm pathogen.
著者: Kaufmann, B. / El-Far, M. / Plevka, P. / Bowman, V.D. / Li, Y. / Tijssen, P. / Rossmann, M.G.
履歴
登録2010年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 2.02023年4月19日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / database_2 ...atom_site / database_2 / pdbx_database_remark / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_torsion / struct_ncs_oper
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.id / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[1][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[2][3] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][1] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][2] / _pdbx_struct_oper_list.matrix[3][3] / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type / _pdbx_validate_torsion.phi / _pdbx_validate_torsion.psi / _struct_ncs_oper.matrix[1][1] / _struct_ncs_oper.matrix[1][2] / _struct_ncs_oper.matrix[1][3] / _struct_ncs_oper.matrix[2][1] / _struct_ncs_oper.matrix[2][2] / _struct_ncs_oper.matrix[2][3] / _struct_ncs_oper.matrix[3][1] / _struct_ncs_oper.matrix[3][2] / _struct_ncs_oper.matrix[3][3]
詳細: Coordinates and associated matrices have been transformed from the icosahedral point symmetry frame to the crystallographic frame
Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Capsid protein VP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,9911
ポリマ－54,9911
非ポリマー00
水00
1
A: Capsid protein VP
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,299,43860
ポリマ－3,299,43860
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Capsid protein VP
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 275 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)274,9535
ポリマ－274,9535
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Capsid protein VP
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 330 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)329,9446
ポリマ－329,9446
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Capsid protein VP
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 3.3 MDa, 60 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,299,43860
ポリマ－3,299,43860
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
単位格子
Length a, b, c (Å)245.400, 245.600, 245.700
Angle α, β, γ (deg.)59.980, 67.930, 72.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.47978658, -0.03825931, -0.87655038), (-0.53069785, 0.78291778, -0.32465436), (0.69868789, 0.62094737, 0.35532962)
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4generate(-0.36193549, -0.89694508, 0.25395045), (-0.59260287, 0.43167097, 0.68006095), (-0.71960081, 0.09564691, -0.68776946)
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18generate(-0.9064386, 0.17615866, -0.38384552), (0.1761586, -0.66832621, -0.72270929), (-0.38384502, -0.72270858, 0.57476481)
19generate(-0.79657232, -0.0657504, 0.60095675), (-0.06575041, -0.97874862, -0.19423689), (0.60095742, -0.19423706, 0.77532095)
20generate(0.07259009, 0.35216166, 0.93311965), (0.35216266, -0.88437503, 0.30637045), (0.93311986, 0.30636965, -0.18821505)
21generate(-0.48014324, 0.53269484, -0.69692075), (-0.22484001, 0.6932133, 0.68476475), (0.84788557, 0.48548006, -0.21307006)
22generate(-0.99999638, 0.00267511, 0.00029145), (0.00267481, 0.97653411, 0.21534607), (0.00029142, 0.21534616, -0.97653774)
23generate(-0.48100088, 0.04053455, 0.87578228), (-0.36650152, 0.89816218, -0.24286183), (-0.79643902, -0.43779136, -0.4171613)
24generate(0.35960911, 0.59395269, 0.71965317), (-0.82217988, 0.56640483, -0.05663121), (-0.44125137, -0.57131864, 0.69202004)
25generate(0.36013917, 0.89812448, -0.25233076), (-0.73462824, 0.43973945, 0.51667354), (0.57499711, -0.00070553, 0.81815536)
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27generate(-0.49756926, 0.86676894, 0.03369548), (-0.85370685, -0.4824491, -0.19603208), (-0.1536579, -0.12630594, 0.98001836)
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29generate(-0.58880032, 0.69193457, 0.41777965), (0.6919358, 0.16433527, 0.70300807), (0.41777978, 0.70300703, -0.57553495)
30generate(-0.35780909, 0.82367416, 0.43992305), (0.73595237, 0.53871903, -0.41006916), (-0.57475849, 0.17703583, -0.79894393)
31generate(0.67459483, -0.71966444, -0.16432941), (-0.1395041, -0.34288819, 0.92896041), (-0.72488682, -0.60374614, -0.33170663)
32generate(0.59077095, -0.69128755, -0.41606526), (0.76409122, 0.31371959, 0.56368967), (-0.25914359, -0.65092228, 0.71354344)
33generate(0.35960903, -0.82217845, -0.44125129), (0.59395355, 0.56640466, -0.57131925), (0.7196536, -0.05663105, 0.69202029)
34generate(0.30056699, -0.93145036, -0.20508126), (-0.41479264, 0.06596483, -0.9075226), (0.85884032, 0.35783727, -0.36653182)
35generate(0.49523891, -0.86809322, -0.03393413), (-0.8680944, -0.49600905, 0.01970122), (-0.03393475, 0.01970156, -0.99922986)
36generate(0.10697361, -0.74475815, 0.65870419), (0.58365143, -0.48930941, -0.64801862), (0.80492765, 0.45377386, 0.38233581)
37generate(0.90679469, -0.1781565, 0.38207833), (0.08694082, -0.80780461, -0.58300366), (0.41251007, 0.56188206, -0.71702406)
38generate(0.7965687, 0.06307529, -0.6012482), (0.06307561, -0.99778549, -0.02110918), (-0.60124884, -0.0211091, -0.79878321)
39generate(-0.07137579, -0.3544369, -0.93235156), (0.54503672, -0.79670493, 0.26114574), (-0.83536873, -0.48952566, 0.25004673)
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41generate(-0.48014263, -0.2248398, 0.84788538), (0.53269547, 0.69321319, 0.48548083), (-0.6969209, 0.68476424, -0.21307056)
42generate(0.48136325, 0.36883105, 0.79514321), (0.22689296, 0.82380642, -0.51948339), (-0.84664603, 0.43047221, 0.3128643)
43generate(0.59077072, 0.76408985, -0.25914382), (-0.69128885, 0.31372008, -0.6509233), (-0.41606558, 0.56368873, 0.71354317)
44generate(-0.30311763, 0.41470238, -0.85798688), (-0.95295392, -0.13212384, 0.27280659), (-0.00022711, 0.90031307, 0.43524146)
45generate(-0.96497848, -0.19648976, -0.17380521), (-0.19649, 0.1024158, 0.97514296), (-0.17380523, 0.97514186, -0.13743732)
46generate(0.67459455, -0.13950422, -0.72488639), (-0.71966559, -0.34288781, -0.60374726), (-0.16433007, 0.92895929, -0.33170675)
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55generate(-0.67656519, 0.1388572, 0.723172), (-0.73636143, -0.13516705, -0.66295048), (0.00569389, -0.98104404, 0.19369826)
56generate(-0.30142532, -0.21930643, -0.92792629), (0.93172907, 0.13898398, -0.3355081), (0.20254653, -0.96570528, 0.16244134)
57generate(-0.67656524, -0.73635997, 0.00569358), (0.13885716, -0.13516716, -0.98104518), (0.72317262, -0.66294961, 0.19369842)
58generate(0.07015577, -0.54708899, 0.83412909), (-0.54708967, -0.72031479, -0.4264271), (0.83412919, -0.42642662, -0.34984097)
59generate(0.90679465, 0.08694046, 0.41251052), (-0.17815622, -0.80780477, 0.56188282), (0.38207803, -0.58300303, -0.71702386)
60generate(0.6771449, 0.28952122, -0.67649959), (0.73580401, -0.27672893, 0.61807385), (-0.00826153, -0.91629557, -0.40041598)

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要素

#1: タンパク質 Capsid protein VP


分子量: 54990.637 Da / 分子数: 1 / 断片: VP3 capsid protein residues 179-672 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bombyx mori densovirus 1 (ウイルス)
発現宿主: TRICHOPLUSIA NI (イラクサキンウワバ) / 株 (発現宿主): High-Five / 参照: UniProt: Q8V0M6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2% PEG8000, 10mM Tris-HCl, 30% glycerol, initial protein concentration in drop 5mg/ml, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-ID-B / 波長: 1.2 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
詳細: 162 mm diameter active area, 3 sec read-out, 2048 x 2048 of 0.079mm pixels
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. all: 789029 / Num. obs: 789029 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rsym value: 0.044 / Χ2: 1.102 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
3.1-3.211.30.122631081.639176.6
3.21-3.3420.081806721.157197.8
3.34-3.4920.071801861.231197.1
3.49-3.6820.059804011.22197.4
3.68-3.9120.052802731.232197.2
3.91-4.2120.041805601.089197.8
4.21-4.6320.033811980.967198.2
4.63-5.320.03808540.962198.2
5.3-6.6720.03811800.969198.4
6.67-5020.021805970.951197.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
CNS位相決定
AVE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.1→45 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rwork0.2089 ---
all0.2089 788393 --
obs0.2089 788393 95.4 %-
Rfree---None selected, because of icosahedral symmetry averaging
溶媒の処理Bsol: 3.4267 Å2
原子変位パラメータBiso max: 66.97 Å2 / Biso mean: 17.7607 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.525 Å2-2.735 Å2-1.29 Å2
2---0.648 Å24.272 Å2
3---2.174 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3290 0 0 0 3290
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0981.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8542
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.8922
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.8952.5
LS精密化 シェル解像度: 3.1→3.24 Å /
Rfactor反射数
Rwork0.3012 -
obs-81860
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION5CNS_TOPPAR:carbohydrate.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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