PDB-3oxw: Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with th...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oxw

タイトル

Crystal Structure of HIV-1 I50V, A71V Protease in Complex with the Protease Inhibitor Darunavir

要素

HIV-1 Protease

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / HIV-1 protease / inhibitor resistance / AIDS / Aspartyl protease / drug resistance / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

HIV-1 retropepsin / symbiont-mediated activation of host apoptosis / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency ...
類似検索 - 分子機能

Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Mittal, S. / Bandaranayake, R.M. / Schiffer, C.A.

引用

ジャーナル: J.Virol. / 年: 2013
タイトル: Structural and thermodynamic basis of amprenavir/darunavir and atazanavir resistance in HIV-1 protease with mutations at residue 50.
著者: Mittal, S. / Bandaranayake, R.M. / King, N.M. / Prabu-Jeyabalan, M. / Nalam, M.N. / Nalivaika, E.A. / Yilmaz, N.K. / Schiffer, C.A.

履歴

登録	2010年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年9月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月1日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oxw.cif.gz	177.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oxw.ent.gz	144.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ox/3oxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3oxvC 3oxxC 1tsuS 3oy4 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3em3-d 6oxp-d 2qi1-d 3oxv-2 4dqc-d 3saa-d 6pjn-d 3ekt-1 6oxu-d 6pjo-d 4u7v-d 2nxl-d 3sa4-d 6oy2-d 6oou-d 6dh7-d 1t7i-d 6oxr-d 6oxt-d 1mer-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#6 - 2000年6月 HIV-1タンパク質分解酵素 (HIV-1 Protease) 類似性 (2) #163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (1)

登録構造単位

B: HIV-1 Protease

A: HIV-1 Protease

D: HIV-1 Protease

C: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

45.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: HIV-1 Protease

A: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: HIV-1 Protease

C: HIV-1 Protease

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.620, 63.344, 58.648
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.33, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BADC

#1: タンパク質	HIV-1 Protease / Retropepsin / PR 分子量: 10815.790 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス) 株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

#1: タンパク質

HIV-1 Protease / Retropepsin / PR

分子量: 10815.790 Da / 分子数: 4 / 変異: Q7K, I50V, A71V / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

HIV-1 M:B_ARV2/SF2 (ヒト免疫不全ウイルス)
株: SF2 / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: pXC35 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TAP106 / 参照: UniProt: P03369, HIV-1 retropepsin

-
非ポリマー , 6種, 159分子

#2: 化合物	ChemComp-017 / (3R,3AS,6AR)-HEXAHYDROFURO[2,3-B]FURAN-3-YL(1S,2R)-3-[[(4-AMINOPHENYL)SULFONYL](ISOBUTYL)AMINO]-1-BENZYL-2-HYDROXYPROPYLCARBAMATE / Darunavir / TMC114 / UIC-94017 / ダルナビル分子量: 547.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₇N₃O₇S / コメント: 薬剤, 抗レトロウイルス剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.94 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 126mM Phosphate buffer pH 6.2, 63mM Sodium Citrate, 18-33% Ammonium Sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD
詳細: Bent conical Si-mirror (Rh coated), Bent Ge(111) monochromator

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 26676 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.4 % / R_merge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 8.4

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Diffraction-ID	% possible all
1.95-2.02	4.5	0.37	1	99.5
2.02-2.1	4.5	0.3	1	99.6
2.1-2.2	4.5	0.249	1	99.7
2.2-2.31	4.5	0.204	1	99.6
2.31-2.46	4.5	0.178	1	99.9
2.46-2.65	4.5	0.148	1	99.9
2.65-2.91	4.5	0.116	1	100
2.91-3.33	4.4	0.087	1	99.8
3.33-4.2	4.3	0.063	1	99.8
4.2-50	4.3	0.052	1	98.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1TSU

1tsu

解像度: 1.95→31.67 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 7.814 / SU ML: 0.109 / SU R Cruickshank DPI: 0.1755 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.181 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21841	1339	5 %	RANDOM
R_work	0.17303	-	-	-
obs	0.17536	25320	99.25 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.073 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.18 Å²	0 Å²	-0.23 Å²
2-	-	0.89 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.23 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.55 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95→31.67 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2978	0	151	141	3270

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3230
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2167
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.37	2.025	4395
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.742	3	5338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.48	5	406
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.734	24.953	107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.559	15	517
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.453	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	525
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	3478
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	575
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.331	1.5	2011
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.204	1.5	845
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.282	2	3260
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.106	3	1219
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.963	4.5	1134
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.95→2.003 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.23	95	-
R_work	0.2	1769	-
obs	-	-	94.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0613	0.9144	-0.7065	2.0341	-0.3496	0.5245	-0.138	0.1885	0.2178	-0.2401	0.1368	0.1056	0.1816	-0.1213	0.0012	0.2387	-0.0226	-0.0019	0.21	0.0227	0.1238	-18.983	-0.661	0.598
2	9.77	-0.475	-4.7054	0.5885	-0.6858	4.039	-0.2254	-0.0621	0.1047	-0.1775	0.2483	0.1079	0.4285	-0.0235	-0.0228	0.2041	-0.057	-0.0456	0.3787	0.1051	0.2668	-3.649	6.55	0.97
3	16.439	2.7318	1.167	1.5954	-2.0241	4.3993	-0.1203	1.0934	0.413	-0.0241	0.219	0.1598	0.001	0.0166	-0.0987	0.1761	-0.0201	-0.0656	0.2736	-0.0202	0.3006	-2.254	8.084	4.55
4	1.9273	-0.4696	-1.1874	0.1178	0.2867	0.7346	-0.001	0.0614	0.0484	0.0093	0.0183	-0.0174	0.016	-0.0607	-0.0173	0.2399	-0.0127	0.0017	0.1962	-0.0021	0.1802	-16.38	11.107	-3.579
5	8.376	-6.3751	0.5471	7.2974	0.2327	0.2211	0.0192	0.3668	0.1019	0.225	-0.2245	0.3526	0.0139	0.0422	0.2052	0.3131	0.0139	-0.0554	0.1627	0.0119	0.2798	-7.098	17.307	1.405
6	2.2518	0.7257	3.9424	4.9102	-1.7596	9.1378	-0.0461	-0.3779	0.225	0.0356	0.0022	0.4861	-0.1081	-0.5314	0.0439	0.1931	-0.0111	0.016	0.2456	-0.039	0.3108	1.535	23.136	-2.435
7	6.6389	0.6689	-5.4	2.8865	2.061	6.8003	0.0463	-0.1593	-0.197	0.0607	-0.2075	-0.0373	0.0262	-0.0551	0.1612	0.2393	0.007	-0.0274	0.1695	0.0109	0.1856	-12.414	26.205	-2.86
8	4.662	-0.3375	-1.3778	1.0576	-0.7327	1.0808	-0.0608	-0.0763	0.2138	0.0241	0.1283	-0.019	-0.0188	-0.0937	-0.0675	0.2257	-0.012	-0.001	0.1708	-0.0075	0.1988	-16.676	25.079	1.993
9	4.0633	1.6233	-0.4673	1.1064	0.9255	2.7552	0.1571	-0.2489	0.2945	0.1636	-0.1773	0.1408	0.2259	-0.1612	0.0202	0.2338	-0.0202	0.0144	0.1818	0.0036	0.2934	-2.574	22.471	-4.677
10	4.0648	0.0487	-6.9183	2.9968	1.2752	16.9852	-0.16	0.1343	-0.0763	0.0101	-0.0982	0.3002	0.4684	-0.3528	0.2582	0.2193	-0.0102	-0.0176	0.1941	-0.0243	0.2398	-0.863	10.507	-6.736
11	1.1196	0.7797	0.7777	3.8184	3.0102	7.8825	0.012	0.1097	-0.0337	-0.075	0.151	0.0482	0.1167	0.0652	-0.163	0.1911	-0.0025	-0.0159	0.1814	-0.0169	0.2138	-3.641	8.502	-8.06
12	1.3792	0.0146	0.7355	0.0618	-0.0486	0.458	-0.1106	-0.1904	0.1991	-0.1386	0.0199	-0.019	0.0713	-0.089	0.0907	0.3205	0	0.0258	0.1652	-0.0189	0.2564	-9.348	19.946	3.343
13	1.3323	-1.8764	2.049	6.7491	-2.6678	3.1691	-0.0036	0.0082	-0.0275	0.0615	0.0318	0.2001	-0.0552	0.0265	-0.0282	0.2111	-0.0161	0.0416	0.1782	0.0041	0.1784	-12.489	12.465	-1.862
14	1.9516	-0.2928	-1.854	1.3063	0.4394	1.7823	-0.0806	0.0028	0.002	-0.0376	0.085	0.041	0.0591	0.0042	-0.0044	0.2278	-0.0128	0.0069	0.184	0.0083	0.2036	-9.773	8.761	-10.555
15	10.9988	2.0799	-6.1847	3.4787	-1.4437	3.5039	-0.059	-0.2624	-0.4017	0.1656	-0.1992	-0.2057	0.019	0.1506	0.2582	0.2355	-0.0128	0.0015	0.1678	0.0077	0.2026	-20.955	1.661	-10.538
16	3.314	-0.54	-4.2814	3.363	2.184	7.9972	-0.2346	-0.3134	-0.1721	-0.0429	0.0458	0.0241	0.1644	0.2871	0.1888	0.2286	0.0065	0.0016	0.1604	0.027	0.1891	-19.628	5.746	-14.807
17	27.449	-2.3993	-0.0871	0.2121	0.0074	0.001	-0.1399	-0.9835	-0.1201	0.0043	0.1069	-0.0151	-0.0105	0.0054	0.0329	0.2334	-0.0123	-0.0072	0.1839	0.0658	0.3423	-24.513	12.924	-11.226
18	14.4881	5.7701	-0.4942	3.9646	-2.3745	2.8639	0.0291	0.2668	-0.5482	-0.1438	-0.031	-0.1889	0.193	0.214	0.0019	0.231	0.0077	0.0398	0.2283	-0.021	0.2449	-39.319	11.123	-6.397
19	5.4337	-1.0914	1.2025	0.2802	-0.6156	2.5635	-0.0132	-0.5934	-0.0916	0.0083	0.067	0.0226	-0.0204	0.1527	-0.0539	0.1674	0.0011	0.006	0.197	0.0087	0.3067	-36.792	14.986	-8.336
20	7.6621	-1.3854	2.2461	0.2997	-0.4044	0.6622	0.087	-0.375	-0.1411	-0.0833	-0.0185	-0.0624	0.0394	-0.1349	-0.0685	0.2443	0.0193	0.0365	0.2207	0.0452	0.2317	-23.173	9.837	-3.003
21	4.767	0.2658	3.3204	2.0935	1.4519	3.0849	-0.086	-0.117	0.0713	0.0358	0.0685	-0.0583	-0.039	-0.0329	0.0175	0.2282	-0.0336	0.0082	0.1827	0.0394	0.1873	-29.539	13.653	2.251
22	3.9864	-3.5323	4.3921	3.2617	-4.0891	5.135	0.1618	0.5258	0.3298	0.0474	-0.5616	-0.3133	-0.1108	0.719	0.3997	0.3099	-0.0616	0.0041	0.2857	-0.0182	0.3231	-41.079	17.838	5.779
23	12.6007	0.7303	-0.9693	2.5873	1.2165	0.7816	0.1137	0.3364	0.0099	-0.1078	-0.1313	-0.0446	0.0085	0.0112	0.0176	0.2426	0.0604	0.0056	0.2324	0.0512	0.1762	-28.752	16.63	11.82
24	6.8372	2.3625	1.7917	0.9747	0.5878	0.4769	0.0202	-0.1333	0.2853	-0.1777	-0.1243	0.0982	0.0312	-0.0068	0.1041	0.2552	0.0257	0.0047	0.1893	0.0175	0.2295	-23.216	21.323	7.786
25	0.6573	0.0462	-1.201	8.6993	1.8557	2.6624	0.0702	0.0274	0.1273	-0.383	0.1404	-0.4258	-0.1989	0.0053	-0.2106	0.2059	-0.0289	0.003	0.2427	0.0606	0.3374	-37.61	11.917	8.639
26	6.3308	12.6273	-1.095	25.5788	-3.5173	5.3767	0.0916	-0.1181	-0.1667	0.074	-0.1991	-0.376	0.4366	0.3155	0.1075	0.2059	0.046	0.0287	0.2502	-0.0124	0.2404	-37.849	6.16	-3.724
27	4.0496	-1.3634	-3.5593	12.8548	-5.4933	6.7456	-0.0805	-0.0401	-0.1666	-0.6003	-0.2534	-0.2076	0.4292	0.2064	0.3339	0.2244	0.0039	-0.0032	0.2288	-0.017	0.1781	-36.433	2.854	-1.417
28	1.6459	0.922	-2.0144	1.3976	0.6986	6.2618	-0.0505	0.1222	-0.0955	0.0226	0.056	-0.114	0.1172	-0.1812	-0.0056	0.2354	0.0112	-0.0072	0.1848	0.0164	0.1937	-31.262	18.446	3.035
29	2.3229	1.3716	2.4024	1.0325	0.5019	6.2707	0.0798	-0.0032	-0.1507	0.0803	-0.0005	-0.0957	-0.044	-0.0054	-0.0792	0.2169	-0.0239	0.0079	0.1466	0.0037	0.1944	-27.271	11.627	-1.276
30	1.4679	2.3218	0.012	5.6307	-1.3486	0.9844	-0.0784	0.0329	-0.0772	-0.112	0.0413	-0.1861	0.0803	0.0105	0.0371	0.2272	-0.0067	0.0314	0.194	-0.008	0.1632	-29.59	1.959	-0.785
31	11.9362	2.7149	-1.2342	0.6949	0.3129	4.9371	0.1816	0.385	0.0685	0.0205	0.0454	-0.0286	0.0302	-0.3918	-0.227	0.266	-0.0153	0.0188	0.1545	0.0076	0.1736	-17.473	-0.483	-7.045
32	2.235	-0.2217	-0.278	2.8997	1.0437	3.5233	-0.0173	0.0371	0.1399	0.0742	-0.1765	-0.0094	-0.2674	-0.1168	0.1939	0.2053	0.0168	-0.0137	0.1707	-0.0103	0.1912	-8.768	21.798	14.616
33	10.7269	4.7408	1.0621	3.9476	0.933	0.8242	0.2951	-0.0877	0.5645	-0.1208	-0.2354	0.007	0.0595	-0.2759	-0.0597	0.2024	0.0055	0.0122	0.2118	-0.0001	0.2453	5.705	19.609	20.941
34	9.8275	-0.5085	-2.1227	0.5825	-1.9906	8.3968	0.3384	-0.7605	0.5322	0.0726	0.1427	0.0809	-0.3883	-0.1635	-0.4811	0.1544	-0.017	0.0735	0.2194	-0.1226	0.2924	8.012	16.09	21.124
35	1.3166	-0.6209	-0.9939	0.3121	0.539	1.0994	-0.0305	-0.0893	0.0307	0.0594	0.0582	0.0006	0.0881	0.1982	-0.0277	0.2495	-0.0119	0.0328	0.1996	-0.015	0.1973	-5.903	22.159	27.122
36	6.7108	2.6695	-8.4788	2.1762	-3.0917	10.8018	-0.2272	0.0301	0.3041	0.0857	0.5518	0.1999	0.4621	0.0652	-0.3246	0.3658	-0.014	0.016	0.2598	0.006	0.1698	3.79	15.578	30.849
37	0.2762	-1.2135	-0.2566	6.9881	3.2444	9.212	0.1457	-0.0207	-0.0985	0.0335	-0.0306	0.477	0.3975	-0.6044	-0.1151	0.2473	-0.0278	-0.0034	0.2205	0.0305	0.2833	12.543	17.215	37.43
38	8.0297	4.8704	1.9656	4.8505	-0.3619	1.834	-0.0242	0.0956	0.0887	-0.3123	-0.119	-0.0178	0.1699	0.073	0.1432	0.234	0.0472	-0.0134	0.2019	-0.0118	0.1848	-1.12	16.262	41.359
39	4.5769	4.1239	0.0209	5.6258	1.2455	0.7884	0.0639	-0.3692	-0.4261	0.138	-0.231	-0.137	0.0636	0.049	0.1671	0.2146	0.0055	-0.0263	0.2239	0.0478	0.146	-6.187	11.944	37.92
40	3.6365	-3.1209	1.4654	2.7522	-1.7931	4.6994	0.1385	0.151	-0.4152	-0.0783	-0.1437	0.3465	0.02	0.1168	0.0051	0.2659	-0.0472	0.001	0.2235	-0.0522	0.2496	8.286	19.66	37.678
41	3.5927	6.2775	0.5571	11.005	0.9504	3.2443	-0.0825	0.1219	0.12	-0.04	0.2397	0.1746	0.0176	-0.2278	-0.1571	0.215	0.0203	-0.023	0.2406	-0.0034	0.2398	9.522	25.969	27.125
42	1.3819	-1.5198	1.2878	5.1007	-0.3841	2.0095	0.0506	0.0057	0.1074	-0.0935	-0.103	-0.0196	-0.1185	-0.003	0.0525	0.1964	-0.0157	0.0174	0.2366	0.0075	0.1804	7.074	27.849	25.425
43	0.2583	-0.2336	0.8939	0.4842	-0.9309	3.179	0.0018	0.0717	-0.0333	0.2467	0.0191	-0.0033	-0.1105	0.1878	-0.0209	0.2612	-0.0234	-0.0163	0.2017	0.0003	0.2211	1.629	12.77	32.739
44	2.0287	1.1364	-1.6592	0.8369	-0.0774	4.9964	0.0409	-0.0248	0.0717	0.1019	-0.0293	0.0472	0.2551	0.028	-0.0117	0.2164	-0.0141	0.0001	0.1915	0.0073	0.1561	-1.884	20.222	27.665
45	3.1702	2.496	1.4883	4.4527	-0.914	2.4534	-0.094	0.0749	0.1761	-0.0262	-0.0764	0.0778	-0.0774	0.14	0.1703	0.2006	-0.0104	0.0152	0.243	-0.0227	0.2051	0.54	29.577	26.99
46	8.2411	4.041	6.536	4.5184	1.2911	6.6277	-0.1101	0.3869	-0.0884	-0.2532	0.1713	-0.0697	0.0694	0.3096	-0.0612	0.2326	-0.0039	-0.0037	0.2053	-0.0016	0.1532	-10.908	31.544	20.447
47	2.596	2.6819	1.6393	5.464	-0.0237	2.1321	-0.1473	0.2038	-0.1348	-0.3321	0.2017	-0.1653	-0.0103	0.1466	-0.0544	0.2292	-0.0029	0.0201	0.2274	0.0082	0.1514	-9.559	34.453	25.764
48	13.2942	-4.1667	-4.4493	1.306	1.3944	1.4897	-0.0823	0.1329	-0.2892	0.0327	-0.0298	0.0894	0.0347	-0.03	0.1121	0.1969	0.0116	0.004	0.3835	-0.0189	0.1492	-14.066	28.446	31.712
49	11.4932	-5.6544	1.1831	3.8104	1.5392	4.4974	0.1728	1.053	-0.025	-0.0589	-0.1161	-0.0564	-0.0142	0.7621	-0.0567	0.0223	-0.0512	0.0472	0.416	-0.1068	0.1247	-28.933	24.2	28.561
50	8.3281	-3.2254	1.4487	6.9582	-4.2116	2.5879	-0.1726	-0.1044	-0.0815	-0.1942	-0.065	-0.3439	0.1356	0.0264	0.2376	0.1033	0.0482	-0.0162	0.3543	-0.1136	0.1975	-26.15	24.688	32.967
51	1.7264	-0.9428	-3.5032	0.5186	1.9278	7.2152	-0.0517	0.0539	0.0126	0.0656	0.038	-0.0069	0.1682	0.0783	0.0137	0.206	0.0089	-0.0175	0.3449	-0.0289	0.1496	-12.703	21.708	25.993
52	6.7275	-2.136	3.5439	2.2476	-2.0913	2.4618	0.1251	0.5634	-0.1387	0.1534	-0.0813	-0.0172	-0.0516	0.2251	-0.0438	0.1856	0.0337	-0.0219	0.2338	-0.0527	0.163	-18.677	15.25	27.924
53	5.6056	0.7617	-2.1298	2.6489	3.1832	5.5477	-0.1731	-0.414	-0.2886	-0.0373	0.2602	-0.1646	0.0428	0.6131	-0.0871	0.2138	-0.0284	0.0273	0.2036	0.0216	0.3275	-30.181	10.512	30.451
54	11.1167	3.5193	2.9626	1.5289	-0.2166	4.2683	0.4653	-0.3745	0.454	0.2361	-0.2202	0.2055	0.1001	0.0745	-0.2451	0.2456	-0.0211	-0.0195	0.1511	-0.0277	0.2709	-17.521	5.275	27.385
55	10.1756	2.3934	4.8004	0.9786	0.2231	4.2555	0.0757	-0.1037	-0.2219	0.1147	0.0892	-0.0388	-0.2073	-0.2477	-0.1649	0.1987	0.0235	-0.0127	0.2107	0.0164	0.2328	-12.063	7.588	32.928
56	5.0556	4.9471	-4.925	8.5979	-3.9542	5.0034	0.2032	-0.2944	-0.0803	0.1705	-0.2516	-0.0526	-0.2596	0.2865	0.0484	0.2189	-0.0051	-0.0302	0.2463	0.0002	0.2195	-26.862	9.708	24.191
57	3.9898	-0.7332	5.0669	2.4507	0.3507	14.106	-0.0271	0.1742	-0.1834	-0.0493	0.0857	0.028	-0.2359	0.0633	-0.0586	0.1475	-0.0186	0.0209	0.2627	-0.0059	0.2133	-27.181	23.322	23.117
58	2.8581	3.2836	-1.4533	4.2702	-4.1901	13.5868	-0.2407	-0.0412	-0.0614	-0.1818	-0.1254	-0.1261	-0.1823	0.3031	0.3662	0.1844	0.0236	0.0038	0.2048	-0.0027	0.192	-25.716	22.417	19.345
59	2.4222	-0.1787	2.2942	7.2145	1.5486	2.5838	0.0789	0.0341	-0.0608	-0.3537	-0.0815	0.2682	-0.0141	0.0272	0.0026	0.209	-0.0071	-0.0174	0.2003	-0.0278	0.2011	-20.298	12.826	32.116
60	0.758	0.837	1.1394	1.7495	2.4344	3.3947	0.0457	0.2261	-0.0315	0.2049	0.1464	-0.1396	0.2585	0.1688	-0.1921	0.2131	0.044	-0.012	0.2179	-0.013	0.1674	-16.612	19.314	27.147
61	2.9301	0.5259	-1.5409	1.2655	0.9978	2.1971	-0.0584	0.119	0.0938	-0.0582	0.1017	0.0319	-0.03	0.0372	-0.0432	0.1802	-0.0337	-0.0348	0.2241	0.0291	0.196	-19.239	22.031	17.899
62	16.2677	6.1459	4.9476	2.3224	1.8682	6.3166	0.0584	-0.3168	0.4902	0.0327	-0.1537	0.1849	-0.0004	-0.0087	0.0953	0.2158	-0.008	-0.0212	0.1835	-0.0062	0.1826	-7.412	29.077	17.233

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 9
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	10 - 16
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	17 - 22
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	23 - 29
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	30 - 36
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	37 - 43
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	44 - 49
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	50 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	57 - 60
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	61 - 66
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	67 - 75
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	76 - 81
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	82 - 87
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	88 - 93
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	94 - 99
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	1 - 6
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	7 - 11
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	12 - 17
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	18 - 22
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	23 - 28
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	29 - 34
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	35 - 42
23	X-RAY DIFFRACTION	23	B	43 - 49
24	X-RAY DIFFRACTION	24	B	50 - 56
25	X-RAY DIFFRACTION	25	B	57 - 61
26	X-RAY DIFFRACTION	26	B	62 - 67
27	X-RAY DIFFRACTION	27	B	68 - 74
28	X-RAY DIFFRACTION	28	B	75 - 81
29	X-RAY DIFFRACTION	29	B	82 - 87
30	X-RAY DIFFRACTION	30	B	88 - 94
31	X-RAY DIFFRACTION	31	B	95 - 99
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	1 - 9
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	10 - 16
34	X-RAY DIFFRACTION	34	C	17 - 22
35	X-RAY DIFFRACTION	35	C	23 - 29
36	X-RAY DIFFRACTION	36	C	30 - 36
37	X-RAY DIFFRACTION	37	C	37 - 43
38	X-RAY DIFFRACTION	38	C	44 - 49
39	X-RAY DIFFRACTION	39	C	50 - 56
40	X-RAY DIFFRACTION	40	C	57 - 60
41	X-RAY DIFFRACTION	41	C	61 - 66
42	X-RAY DIFFRACTION	42	C	67 - 75
43	X-RAY DIFFRACTION	43	C	76 - 81
44	X-RAY DIFFRACTION	44	C	82 - 87
45	X-RAY DIFFRACTION	45	C	88 - 93
46	X-RAY DIFFRACTION	46	C	94 - 99
47	X-RAY DIFFRACTION	47	D	1 - 6
48	X-RAY DIFFRACTION	48	D	7 - 11
49	X-RAY DIFFRACTION	49	D	12 - 17
50	X-RAY DIFFRACTION	50	D	18 - 22
51	X-RAY DIFFRACTION	51	D	23 - 28
52	X-RAY DIFFRACTION	52	D	29 - 34
53	X-RAY DIFFRACTION	53	D	35 - 42
54	X-RAY DIFFRACTION	54	D	43 - 49
55	X-RAY DIFFRACTION	55	D	50 - 56
56	X-RAY DIFFRACTION	56	D	57 - 61
57	X-RAY DIFFRACTION	57	D	62 - 67
58	X-RAY DIFFRACTION	58	D	68 - 74
59	X-RAY DIFFRACTION	59	D	75 - 81
60	X-RAY DIFFRACTION	60	D	82 - 87
61	X-RAY DIFFRACTION	61	D	88 - 94
62	X-RAY DIFFRACTION	62	D	95 - 99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BADC

-
非ポリマー , 6種, 159分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 BADC

-非ポリマー , 6種, 159分子

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 BADC

-
非ポリマー , 6種, 159分子

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)