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- PDB-3ox8: Crystal Structure of HLA A*02:03 Bound to HBV Core 18-27 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ox8
タイトルCrystal Structure of HLA A*02:03 Bound to HBV Core 18-27
要素
  • 10mer peptide from Pre-core-protein
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードIMMUNE SYSTEM / Protein-Peptide Complex / Host-virus interaction / Immunogenicity / Therapeutic Design / TCR Recognition / Helix / Beta-sheet / Antigen Presentation / Peptide Binding / Cell Surface
機能・相同性
機能・相同性情報


microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane ...microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / T=4 icosahedral viral capsid / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / viral penetration into host nucleus / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / host cell / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / host cell cytoplasm / learning or memory / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / symbiont entry into host cell / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / host cell nucleus / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / DNA binding / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains ...Hepatitis B virus, capsid N-terminal / Hepatitis core protein, putative zinc finger / Hepatitis core antigen / Viral capsid core domain supefamily, Hepatitis B virus / Hepatitis core antigen / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
External core antigen / Beta-2-microglobulin / HLA class I histocompatibility antigen A alpha chain / External core antigen
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Liu, J. / Chen, Y. / Lai, L. / Ren, E.
引用ジャーナル: Eur.J.Immunol. / 年: 2011
タイトル: Structural insights into the binding of hepatitis B virus core peptide to HLA-A2 alleles: Towards designing better vaccines.
著者: Liu, J. / Chen, K.Y. / Ren, E.C.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 10mer peptide from Pre-core-protein
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 10mer peptide from Pre-core-protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,0446
ポリマ－90,0446
非ポリマー00
水8,107450
1
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: 10mer peptide from Pre-core-protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0223
ポリマ－45,0223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4500 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18890 Å2
手法PISA
2
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: 10mer peptide from Pre-core-protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0223
ポリマ－45,0223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area18740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.279, 68.269, 68.318
Angle α, β, γ (deg.)70.20, 84.40, 84.45
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen / CLASS I HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN


分子量: 31987.262 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-299 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, MHC HLA-A*02:03 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q2LC95
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin form pI 5.3


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, BETA 2-MICROGLOBULIN, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド 10mer peptide from Pre-core-protein


分子量: 1155.298 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Hepatitis B Virus Core 18-27 is synthesized.
由来: (合成) Hepatitis B virus (B 型肝炎ウイルス)
参照: UniProt: Q9YJW5, UniProt: P0C6H2*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPSE pH7.5, 1.4M sodium citrate tribasic dihydrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2010年2月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→64.12 Å / Num. obs: 68748 / % possible obs: 95.76 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 11.062 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Net I/σ(I): 4.68
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allDiffraction-ID% possible all
2.16-2.221.710.34492.13517180.7
2.22-2.282.220.342.433534189.8
2.28-2.342.90.31192.973457197.7
2.34-2.413.610.28263.73681199.9
2.41-2.483.930.27014.232921100
2.48-2.564.390.24734.9333331100
2.56-2.654.710.23115.7332841100
2.65-2.764.740.2166.3734341100
2.76-2.894.720.18527.7734661100
2.89-3.054.710.16449.2633871100
3.05-3.244.70.137111.4132441100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PROTEUM PLUSPLUSデータ収集
AMoRE位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
PROTEUM PLUSPLUSデータ削減
PROTEUM PLUSPLUSデータスケーリング
精密化解像度: 2.16→64.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.941 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 4.614 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.19 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23409 2733 5.1 %RANDOM
Rwork0.18221 ---
obs0.1848 50693 95.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.144 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20.06 Å20.03 Å2
2--0 Å2-0.02 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→64.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6354 0 0 450 6804
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0216566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.928916
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8245768
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.76423.073358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.434151060
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5041558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2896
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.0215202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.621.53846
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.76226208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.46232720
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.6694.52706
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.16→2.216 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.308 179 -
Rwork0.23 3171 -
obs--82.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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