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万見
- PDB-3ox5: Crystal Structure of the calcium sensor calcium-binding protein 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ox5
タイトルCrystal Structure of the calcium sensor calcium-binding protein 1 (CaBP1)
要素Calcium-binding protein 1
キーワードCalcium binding protein / EF-hand / calcium sensor / calcium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear localization sequence binding / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / negative regulation of protein import into nucleus / enzyme inhibitor activity / visual perception / calcium channel regulator activity / calcium-dependent protein binding / cell cortex / cytoskeleton / postsynaptic density ...nuclear localization sequence binding / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / negative regulation of protein import into nucleus / enzyme inhibitor activity / visual perception / calcium channel regulator activity / calcium-dependent protein binding / cell cortex / cytoskeleton / postsynaptic density / Golgi membrane / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / extracellular space / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium binding protein 1/2/4/5 / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Calcium binding protein 1/2/4/5 / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Findeisen, F. / Minor, D.L.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Structural Basis for the Differential Effects of CaBP1 and Calmodulin on Ca(V)1.2 Calcium-Dependent Inactivation.
著者: Findeisen, F. / Minor, D.L.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium-binding protein 1
B: Calcium-binding protein 1
C: Calcium-binding protein 1
D: Calcium-binding protein 1
E: Calcium-binding protein 1
F: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,41918
ポリマ－106,9386
非ポリマー48112
水00
1
A: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Calcium-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9033
ポリマ－17,8231
非ポリマー802
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)206.044, 206.044, 206.044
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23

-
要素

#1: タンパク質
Calcium-binding protein 1 / CaBP1 / Caldendrin / Calbrain


分子量: 17823.076 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 219-370 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CABP1 / プラスミド: pEGST / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: Q9NZU7
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.9M (NH4)2SO4, 2-4% 1,2-propanediol, 0.1M citrate/sodium citrate pH5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月2日
放射モノクロメーター: Double flat crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. all: 32321 / Num. obs: 31525 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 99.7 Å2 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 4029 / Rsym value: 0.451 / % possible all: 96.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHENIXモデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→46.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 38.177 / SU ML: 0.324 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.394 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25029 1432 5 %RANDOM
Rwork0.2129 ---
obs0.21482 27061 88.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 106.125 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→46.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7093 0 12 0 7105
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0217182
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6971.9749660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.75912
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01125.422391
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg21.441151270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.5951551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025585
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.89634530
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.22647187
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.44732652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9342473
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.974 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 83 -
Rwork0.373 1920 -
obs--85.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.5410.5009-0.62391.60181.02732.951-0.03140.40410.2036-0.26170.3083-0.2274-0.3810.1287-0.27680.227-0.11940.16520.134-0.06480.157856.2655-39.187723.3976
23.35910.7590.37013.48422.68034.819-0.06770.1895-0.18240.0923-0.0061-0.10580.4401-0.22970.07380.1718-0.08660.10940.069-0.06550.086647.0245-56.617624.6413
35.39240.0622.54134.3286-0.14495.81170.1992-0.0783-0.7696-0.089-0.2441-0.71840.74010.25770.0450.5653-0.02260.24780.14150.0480.40960.6931-74.437114.8142
46.0318-1.01873.67735.0912-0.46295.50930.22990.5471-0.1855-1.2035-0.281-0.91490.55480.67750.05111.14060.10880.67520.46460.07160.491864.0299-71.081-3.8908
56.64-1.64432.08234.889-0.56297.60670.33510.40571.1469-0.3288-0.10490.1678-1.14380.0063-0.23030.6157-0.11290.32580.49850.04820.465963.2933-34.75240.1306
66.3624-1.27160.45063.571-1.86556.9818-0.5183-0.203-0.6016-0.19290.32590.00220.09890.51070.19240.68280.01210.45790.59870.16170.469474.8156-48.8783-6.7578
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A15 - 167
2X-RAY DIFFRACTION2B15 - 167
3X-RAY DIFFRACTION3C15 - 167
4X-RAY DIFFRACTION4D15 - 167
5X-RAY DIFFRACTION5E15 - 167
6X-RAY DIFFRACTION6F15 - 167

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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