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- PDB-3own: Potent macrocyclic renin inhibitors -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3own
タイトルPotent macrocyclic renin inhibitors
要素Renin
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / RENIN / PROTEASE / ASPARTYL PROTEASE / HYDROLASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP ...renin / mesonephros development / juxtaglomerular apparatus development / response to cGMP / renin-angiotensin regulation of aldosterone production / drinking behavior / response to immobilization stress / regulation of MAPK cascade / amyloid-beta metabolic process / response to cAMP / Metabolism of Angiotensinogen to Angiotensins / cell maturation / angiotensin maturation / hormone-mediated signaling pathway / insulin-like growth factor receptor binding / kidney development / regulation of blood pressure / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / apical part of cell / peptidase activity / response to lipopolysaccharide / aspartic-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Renin-like domain / Aspartic peptidase, N-terminal / A1 Propeptide / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3OW / Chem-3OX / ACETATE ION / Renin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Borkakoti, N. / Derbyshire, D.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2011
タイトル: Design and synthesis of potent macrocyclic renin inhibitors.
著者: Sund, C. / Belda, O. / Wiktelius, D. / Sahlberg, C. / Vrang, L. / Sedig, S. / Hamelink, E. / Henderson, I. / Agback, T. / Jansson, K. / Borkakoti, N. / Derbyshire, D. / Eneroth, A. / Samuelsson, B.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,4199
ポリマ－74,8102
非ポリマー1,6097
水6,179343
1
A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,3217
ポリマ－37,4051
非ポリマー9166
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,0982
ポリマ－37,4051
非ポリマー6931
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,96321
ポリマ－112,2153
非ポリマー2,74818
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area6410 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area38390 Å2
手法PISA
4
B: Renin
ヘテロ分子

B: Renin
ヘテロ分子

B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,2946
ポリマ－112,2153
非ポリマー2,0793
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area4200 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area38660 Å2
手法PISA
5
A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子

A: Renin
B: Renin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,25727
ポリマ－224,4316
非ポリマー4,82721
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area16810 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area70860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.827, 141.827, 141.827
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-802-

NA

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Renin / Angiotensinogenase


分子量: 37405.152 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 67-406 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00797, renin

-
非ポリマー , 5種, 350分子

#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-3OX / (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4R,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide


分子量: 692.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N4O7S
#5: 化合物 ChemComp-3OW / (2S,4S)-4-hydroxy-2-(1-methylethyl)-4-[(4S,13S)-18-[methyl(methylsulfonyl)amino]-2,15-dioxo-4-phenyl-11-oxa-3,14-diazatricyclo[14.3.1.1~5,9~]henicosa-1(20),5(21),6,8,16,18-hexaen-13-yl]-N-(2-methylpropyl)butanamide


分子量: 692.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C37H48N4O7S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.29 %
結晶化温度: 299 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: vapor diffusion, temperature 299K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-2 / 波長: 0.933 / 波長: 0.933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→70.913 Å / Num. all: 64051 / Num. obs: 64051 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.137 / Rsym value: 0.137 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2-2.115.50.5311.45101892810.531100
2.11-2.245.40.4161.74776887960.416100
2.24-2.395.40.2742.54516683150.274100
2.39-2.585.60.1813.94308377050.181100
2.58-2.835.60.1444.53989871310.144100
2.83-3.165.60.1155.43580564450.115100
3.16-3.655.50.1045.93150457460.104100
3.65-4.475.30.115.42589248430.1199.9
4.47-6.325.20.0975.71943737610.09799.1
6.32-70.9135.40.0826.71086420280.08293.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.2.25データスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→70.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 4.043 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2543 3227 5.1 %RANDOM
Rwork0.2168 ---
obs0.2187 63618 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.05 Å2 / Biso mean: 24.5479 Å2 / Biso min: 3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→70.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5148 0 112 343 5603
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0225392
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8331.9787320
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8965664
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.24424.091220
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.46615854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.131520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1290.2814
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.024088
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.22441
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.23605
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.150.2372
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2350.254
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1460.210
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.0850.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1221.53310
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.03225338
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.20932117
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.9134.51982
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 234 -
Rwork0.283 4484 -
all-4718 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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