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- PDB-3ova: How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Positi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ova
タイトルHow the CCA-adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine in Position 76 of tRNA
要素
  • CCA-adding enzyme
  • RNA (34-MER)
キーワードTransferase/RNA / Protein-RNA / Rossmann Fold / CCA-adding / tRNA / nucleotidyltransfer / Transferase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CCA tRNA nucleotidyltransferase activity / tRNA surveillance / CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal ...CCA tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / Archaeal tRNA CCA-adding enzyme catalytic domain / tRNA nucleotidyltransferase, archaea / tRNA nucleotidyltransferase, substrate binding / tRNA nucleotidyltransferase, domain 2 / : / tRNA nucleotidyltransferase, second domain / CCA-adding enzyme, C-terminal domain / Poly(A) polymerase predicted RNA binding domain / Nucleotidyltransferase, class I-like, C-terminal / 2-5OAS/ClassI-CCAase, nucleotidyltransferase domain / Poly(a)-polymerase, middle domain / Polymerase, nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyltransferase domain / Beta Polymerase, domain 2 / Beta Polymerase; domain 2 / Nucleotidyltransferase superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / RNA / RNA (> 10) / CCA-adding enzyme / CCA-adding enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
Synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Pan, B.C. / Xiong, Y. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: How the CCA-Adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine at Position 76 of tRNA.
著者: Pan, B. / Xiong, Y. / Steitz, T.A.
履歴
登録2010年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_beg_seq_num / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_end_seq_num / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CCA-adding enzyme
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8588
ポリマ－62,0462
非ポリマー8126
水3,945219
1
A: CCA-adding enzyme
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子

A: CCA-adding enzyme
C: RNA (34-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,71616
ポリマ－124,0924
非ポリマー1,62412
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_645y+1,x-1,-z1
Buried area14200 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area47470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.942, 57.942, 427.945
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-628-

HOH

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 AC

#1: タンパク質 CCA-adding enzyme / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- ...CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA-NT


分子量: 51208.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌)
参照: UniProt: A0A101DCH0, UniProt: O28126*PLUS, CCA tRNA nucleotidyltransferase
#2: RNA鎖 RNA (34-MER)


分子量: 10837.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemistry synthesis / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 225分子

#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 219 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.5 %
結晶化温度: 300 K / pH: 7.5
詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M tri-lithium citrate, 80 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月20日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 46253 / % possible obs: 87.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / Rsym value: 0.118
反射 シェル解像度: 1.98→2.05 Å / % possible all: 77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.98→48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.94 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.275 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.158 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.244 2326 5.1 %RANDOM
Rwork0.214 ---
obs0.216 43725 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.451 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.98→48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3570 720 49 219 4558
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0224499
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2792.1846217
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4585428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.62722.76192
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.50615679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.7811540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2684
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023150
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1940.22030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23031
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1490.2245
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.288
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5351.52211
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89623452
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.33232797
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.1884.52765
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.329 122 -
Rwork0.293 2753 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9646-0.0843-0.31110.7825-0.07491.9761-0.02870.13120.01720.00170.10450.0581-0.1217-0.0715-0.0758-0.06870-0.0282-0.02170.0145-0.041111.2899-1.9639-42.8428
21.24520.16260.00930.9097-0.11641.97680.058-0.18610.02890.0267-0.00990.0505-0.1529-0.0429-0.0481-0.06440.00370.0138-0.0220.0046-0.03968.9486-3.4559-18.1892
31.2322-0.39340.22740.8886-0.08242.4173-0.03920.07470.09340.0471-0.0456-0.0104-0.1540.07430.0848-0.0798-0.0381-0.0143-0.03940.0285-0.024540.7583-5.1404-17.1304
40.70320.79350.05247.648-1.96530.61080.08050.20480.004-0.4416-0.0083-0.02360.1830.0606-0.07220.07870.0169-0.0204-0.0086-0.0209-0.085252.7514-32.0677-0.4975
55.5788-3.85693.33242.8119-1.98032.71080.73440.2108-0.9125-0.1814-0.19520.7550.53860.2566-0.53920.09210.0304-0.1548-0.01720.01790.085533.5982-28.0669-24.8047
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A16 - 143
2X-RAY DIFFRACTION2A3 - 15
3X-RAY DIFFRACTION2A144 - 256
4X-RAY DIFFRACTION3A262 - 339
5X-RAY DIFFRACTION3A384 - 437
6X-RAY DIFFRACTION4A340 - 383
7X-RAY DIFFRACTION5C1 - 34

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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