PDB-3ov8: Crystal structure of AF1382 from Archaeoglobus fulgidus, High res...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ov8

タイトル

Crystal structure of AF1382 from Archaeoglobus fulgidus, High resolution

要素

Protein AF_1382

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / AF1382 / PSI / STRUCTURAL GENOMICS / SOUTHEAST COLLABORATORY FOR STRUCTURAL GENOMICS / SECSG / putative DNS binding

機能・相同性

Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / ACETATE ION / Uncharacterized protein AF_1382

機能・相同性情報

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.8501 Å

データ登録者

Zhu, J.-Y. / Zhao, M. / Fu, Z.-Q. / Yang, H. / Chang, J. / Hao, X. / Chen, L. / Rose, J.P. / Wang, B.C. / Southeast Collaboratory for Structural Genomics (SECSG)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of the Archaeoglobus fulgidus orphan ORF AF1382 determined by sulfur SAD from a moderately diffracting crystal.
著者: Zhu, J.Y. / Fu, Z.Q. / Chen, L. / Xu, H. / Chrzas, J. / Rose, J. / Wang, B.C.

履歴

登録	2010年9月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2012年1月18日	Group: Atomic model / Data collection
改定 1.2	2012年7月4日	Group: Database references
改定 1.3	2012年9月19日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.5	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ov8.cif.gz	54.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ov8.ent.gz	38.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ov8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ov8_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ov8_full_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示
XML形式データ	3ov8_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	3ov8_validation.cif.gz	8.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3o3kSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3s7r-d 2ndg-d 6h1q-2 4fz4-d 6vyj-d 3pqj-2 6v7m-d 6ls6-1 5zhu-3 6o8k-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein AF_1382

ヘテロ分子

11.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein AF_1382

ヘテロ分子

A: Protein AF_1382

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.033, 53.033, 40.968
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-105- HOH

#1: タンパク質	Protein AF_1382 分子量: 11159.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 遺伝子: AF1382, AF_1382 / プラスミド: pDEST-527 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-RPX / 参照: UniProt: O28889
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 76 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: STARTING MODEL FROM SULFUR SAD
結晶化	温度: 291 K / 手法: modified macrobatch / pH: 4.6 詳細: Microbatch using 1.0 microliter drops containing equal volumes of protein concentrate (2.8 mg/ml) and solution containg 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 30% w/v polyethylene ...詳細: Microbatch using 1.0 microliter drops containing equal volumes of protein concentrate (2.8 mg/ml) and solution containg 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 30% w/v polyethylene glycol monomethyl ether, temperature 291k, pH 4.6, modified macrobatch

結晶

マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.4 % / 解説: STARTING MODEL FROM SULFUR SAD

結晶化

温度: 291 K / 手法: modified macrobatch / pH: 4.6
詳細: Microbatch using 1.0 microliter drops containing equal volumes of protein concentrate (2.8 mg/ml) and solution containg 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate, 30% w/v polyethylene ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-ID / 波長: 0.9724 / 波長: 0.974 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月1日 / 詳細: ROSENBAUM

放射

モノクロメーター: SI CHANNEL 220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9724	1
2	0.974	1

反射

解像度: 1.85→50 Å / Num. all: 9876 / Num. obs: 9859 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 13.3 % / R_sym value: 0.051 / Net I/σ(I): 60.66

反射シェル

解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 12.5 % / Mean I/σ(I) obs: 12.96 / R_sym value: 0.233 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.6.4_486	精密化
CNS	1.3	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
CNS	1.3	位相決定
SERGUI		データ収集

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 3O3K

3o3k

解像度: 1.8501→37.5 Å / SU ML: 0.21 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / σ(F): 0 / 位相誤差: 20.06 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2145	493	5.05 %
R_work	0.1786	-	-
obs	0.1804	9761	98.97 %
all	-	9876	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 52.004 Å² / k_sol: 0.344 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.5977 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.5977 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.1953 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.25 Å	0.22 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.17 Å	0.14 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8501→37.5 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	748	0	6	76	830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	774
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.998	1038
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.608	307
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	118
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	128

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8501-2.0363	0.2501	117	0.2071	2270	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0363-2.3309	0.2417	127	0.1754	2290	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3309-2.9365	0.2395	123	0.176	2339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9365-37.5077	0.1881	126	0.1755	2369	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6152	-1.4809	-1.2543	1.693	1.5028	1.4278	-0.5176	-0.0556	-0.6056	-0.2629	-0.068	0.8	0.2059	-0.0616	0.5504	0.4853	0.03	-0.0057	0.1146	-0.0411	0.2874	-6.1465	26.0755	12.7178
2	0.4511	0.1039	0.0194	0.0483	-0.0859	1.0278	0.0389	0.0309	-0.1337	0.0285	-0.0271	0.0348	0.0416	-0.2159	-0.0122	0.1566	-0.0132	0.015	0.044	-0.0179	0.117	-0.8375	9.3216	17.3476
3	1.6079	0.7326	-0.372	3.6659	1.2396	1.5714	-0.0117	0.209	-0.0951	-0.304	-0.0987	-0.4644	-0.4514	0.0759	0.1008	0.2076	-0.0206	0.0058	0.1505	0.0184	0.168	8.0718	13.4608	9.9226
4	1.231	-0.3873	-0.3224	2.598	-0.502	0.8437	-0.2124	-0.0086	-0.0884	0.6934	0.1444	0.0743	0.1479	0.0614	0.0878	0.2264	-0.0413	-0.0174	0.0563	-0.013	0.1062	2.9294	15.0841	21.3403

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 4:12)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 13:41)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 42:58)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 59:94)

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param	protein.top
X-RAY DIFFRACTION	2	dna-rna_rep.param	dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION	3	water_rep.param	water.top
X-RAY DIFFRACTION	4	ion.param	ion.top
X-RAY DIFFRACTION	5	carbohydrate.param	carbohydrate.top
X-RAY DIFFRACTION	6	act.par	act.top

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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