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- PDB-3ov5: Atomic structure of the Xanthomonas citri VirB7 globular domain. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ov5
タイトルAtomic structure of the Xanthomonas citri VirB7 globular domain.
要素Uncharacterized protein
キーワードPROTEIN TRANSPORT / Type IV secretion system component / VirB7 (XAC2622) / Bacterial outer membrane / XANTHOMONAS AXONOPODIS PV CITRI
機能・相同性Phage tail protein beta-alpha-beta fold - #70 / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q, C-terminal / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q / Phage tail protein beta-alpha-beta fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Alpha Beta / ISOPROPYL ALCOHOL / Toxin co-regulated pilus biosynthesis protein Q C-terminal domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.04 Å
データ登録者Souza, D.P. / Farah, C.S.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2011
タイトル: A Component of the Xanthomonadaceae Type IV Secretion System Combines a VirB7 Motif with a N0 Domain Found in Outer Membrane Transport Proteins.
著者: Souza, D.P. / Andrade, M.O. / Alvarez-Martinez, C.E. / Arantes, G.M. / Farah, C.S. / Salinas, R.K.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
Remark 999MET A 50 is INITIATING METHIONINE and CLONING ARTIFACT.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0812
ポリマ－9,0211
非ポリマー601
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.760, 55.810, 83.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-183-

HOH

21A-192-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / VirB7 (XAC2622)


分子量: 9021.133 Da / 分子数: 1 / 断片: Globular Domain, residues 51-134 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas axonopodis pv. citri (バクテリア)
株: 306 / 遺伝子: XAC2622 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RP / 参照: UniProt: Q8PJB3
#2: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.05 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 14 mg/mL protein in 5 mM Tris-Cl pH 7.5 and 25 mM sodium chloride was submitted to vapor diffusion sitting-drop crystallization trials at 291 K. Large plates appeared after one day over a ...詳細: 14 mg/mL protein in 5 mM Tris-Cl pH 7.5 and 25 mM sodium chloride was submitted to vapor diffusion sitting-drop crystallization trials at 291 K. Large plates appeared after one day over a reservoir solution comprising 1.4 M ammonium sulphate and 4 % (v/v) isopropyl alcohol. Reservoir solution supplemented with 25 % (v/v) glycerol was used as cryoprotectant. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月30日
放射モノクロメーター: Vertical collimator mirror + double Si(111) crystal monochromator + toroidal focus mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.04→30 Å / Num. all: 30386 / Num. obs: 30320 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 5.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 34.8
反射 シェル解像度: 1.04→1.08 Å / 冗長度: 8.9 % / Rmerge(I) obs: 0.293 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 2449 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Globular domain from NMR structure of the same protein.

解像度: 1.04→23.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 0.674 / SU ML: 0.016 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.027 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.15161 1524 5 %RANDOM
Rwork0.13014 ---
all0.1312 28796 --
obs0.1312 28796 96.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 10.366 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20 Å20 Å2
2---1.21 Å20 Å2
3---0.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.04→23.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数619 0 4 115 738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022711
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.691.971990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1955105
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.8826.66724
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.47615114
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.847151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2124
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.02539
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2240.2333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3110.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2710.282
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2130.223
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5461.5481
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.22777
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.6753263
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.2814.5204
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.3413744
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free7.8933117
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.8753691
LS精密化 シェル解像度: 1.04→1.067 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.209 84 -
Rwork0.191 1670 -
obs-1754 76.36 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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