PDB-3ov2: Curcumin synthase 1 from Curcuma longa

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ov2

タイトル

Curcumin synthase 1 from Curcuma longa

要素

Curcumin synthase

キーワード

TRANSFERASE / type III polyketide synthase

機能・相同性

機能・相同性情報

curcumin synthase / curcumin synthase activity / flavonoid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能

生物種

Curcuma longa (ウコン)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.32 Å

データ登録者

Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: A hydrophobic cavity discovered in a curcumin synthase facilitates utilization of a beta-keto acid as an extender substrate for the atypical type III polyleteide synthase
著者: Katsuyama, Y. / Miyazono, K. / Tanokura, M. / Ohnishi, Y. / Horinouchi, S.

履歴

登録	2010年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ov2.cif.gz	616.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ov2.ent.gz	515.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ov2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ov2_validation.pdf.gz	514 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ov2_full_validation.pdf.gz	538 KB	表示
XML形式データ	3ov2_validation.xml.gz	64.4 KB	表示
CIF形式データ	3ov2_validation.cif.gz	88.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ov/3ov2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ov3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6dx9-d 3ov3-1 1bi5-1 1i8b-1 2d51-d 3ov3-2 5wx4-1 5wx5-3 5vxh-d 1i88-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Curcumin synthase

B: Curcumin synthase

C: Curcumin synthase

D: Curcumin synthase

ヘテロ分子

180 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Curcumin synthase

B: Curcumin synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
90.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Curcumin synthase

D: Curcumin synthase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
89.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.180, 115.810, 221.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Curcumin synthase 分子量: 43638.988 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Curcuma longa (ウコン) / 遺伝子: CURS1 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C0SVZ6
#2: 化合物	ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト分子量: 102.046 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₂O₄
#3: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 63 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.83 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.57 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.3M sodium malonate pH 7.0, 25% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 95 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Photon Factory

/ ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

最高解像度: 2.32 Å / Num. obs: 165495 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 35.405 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 8.35

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.32-2.38		0.605	0.421	2.6	35880	12236	12233	0.517	100
2.38-2.45		0.512	0.363	3	35202	11987	11986	0.446	100
2.45-2.52		0.483	0.344	3.1	34240	11626	11624	0.422	100
2.52-2.59		0.424	0.301	3.6	33305	11279	11278	0.369	100
2.59-2.68		0.351	0.26	4.1	32363	10958	10957	0.319	100
2.68-2.77		0.317	0.231	4.7	31381	10590	10590	0.283	100
2.77-2.88		0.265	0.197	5.3	30354	10249	10247	0.242	100
2.88-3		0.208	0.164	6.3	28983	9804	9802	0.202	100
3-3.13		0.179	0.141	7.1	27747	9420	9419	0.173	100
3.13-3.28		0.14	0.112	8.8	26335	8991	8991	0.137	100
3.28-3.46		0.108	0.09	10.6	24991	8590	8590	0.11	100
3.46-3.67		0.084	0.074	12.3	23498	8146	8145	0.091	100
3.67-3.92		0.066	0.062	14.5	21581	7579	7577	0.076	100
3.92-4.24		0.061	0.058	15.5	20076	7109	7103	0.072	99.9
4.24-4.64		0.052	0.051	17	18464	6531	6526	0.063	99.9
4.64-5.19		0.048	0.048	17.2	16618	5870	5860	0.059	99.8
5.19-5.99		0.056	0.054	15.8	14996	5205	5204	0.067	100
5.99-7.34		0.056	0.058	16.5	12649	4396	4391	0.071	99.9
7.34-10.38		0.042	0.049	20.1	9700	3375	3370	0.06	99.9
	10.38	0.033	0.039	21.5	4620	1866	1602	0.048	85.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.32→19.82 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.909 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 13.744 / SU ML: 0.154 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.221 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES: WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2348	4333	5 %	RANDOM
R_work	0.1835	-	-	-
obs	0.1861	86427	99.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 99.54 Å² / B_iso mean: 28.5862 Å² / B_iso min: 8.78 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.04 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.32→19.82 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12153	0	350	540	13043

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	12684
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.287	1.974	17017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.824	5	1555
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.47	23.345	562
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.08	15	2126
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.249	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1847
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	9544
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.532	1.5	7735
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.018	2	12383
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.722	3	4949
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.901	4.5	4634

LS精密化シェル

解像度: 2.32→2.379 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.265	322	-
R_work	0.201	5878	-
all	-	6200	-
obs	-	-	99.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4185	0.0046	0.1226	0.4647	-0.043	0.1711	-0.0463	0.0007	-0.0369	0.0112	0.0555	-0.0126	-0.0093	-0.0611	-0.0092	0.0109	-0.0096	-0.0091	0.0652	0.0019	0.0497	19.5293	-18.0942	-52.5361
2	0.42	-0.3304	0.2337	0.46	-0.1581	0.1472	-0.1177	-0.0787	0.035	0.096	0.1158	-0.0999	-0.0375	-0.0412	0.0019	0.0979	0.0292	-0.0282	0.0509	-0.0259	0.0337	38.637	-25.9385	-29.8916
3	0.3957	-0.07	0.0402	0.2201	-0.0843	0.2947	0.0195	0.0102	-0.0125	0.0006	-0.0158	0.0321	-0.0617	-0.0014	-0.0037	0.0198	0.0153	0.001	0.0518	0.0259	0.0628	11.575	23.0765	-23.0535
4	0.3552	0.1746	0.1006	0.5462	-0.0055	0.2925	0.0256	0.0578	0.0087	0.1222	-0.0086	0.0074	0.0636	0.0153	-0.017	0.0481	-0.0003	0.0014	0.0453	0.023	0.0211	16.8245	2.2629	-0.9389

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 391
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 391
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 393
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	3 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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