PDB-3ouy: How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine Over Cytosine at Positi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ouy

タイトル

How the CCA-adding Enzyme Selects Adenine Over Cytosine at Position 76 of tRNA

要素

(CCA-Adding Enzyme) x 2
RNA (35-MER)

キーワード

Transferase/RNA / Protein-RNA complex / Rossmann Fold / CCA-Adding / tRNA / Phospholation / Transferase-RNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

CCACCA tRNA nucleotidyltransferase activity / CCA tRNA nucleotidyltransferase / tRNA 3'-terminal CCA addition / tRNA surveillance / RNA repair / tRNA binding / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Archaeoglobus fulgidus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.69 Å

データ登録者

Pan, B.C. / Xiong, Y. / Steitz, T.A.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: How the CCA-Adding Enzyme Selects Adenine over Cytosine at Position 76 of tRNA.
著者: Pan, B. / Xiong, Y. / Steitz, T.A.

履歴

登録	2010年9月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb3ouy.ent.gz	371.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	3ouy_full_validation.pdf.gz	534.3 KB	表示
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CIF形式データ	3ouy_validation.cif.gz	51.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3ouy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/3ouy	HTTPS FTP

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硫酸転移酵素 (Sulfotransferases)
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登録構造単位

A: CCA-Adding Enzyme

B: CCA-Adding Enzyme

C: RNA (35-MER)

D: RNA (35-MER)

ヘテロ分子

126 kDa, 4 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	111.217, 228.075, 58.459
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質	CCA-Adding Enzyme / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA-NT 分子量: 51909.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25, EC: 2.7.7.21
#2: タンパク質	CCA-Adding Enzyme / tRNA nucleotidyltransferase / tRNA adenylyl-/cytidylyl- transferase / tRNA CCA-pyrophosphorylase / tRNA-NT 分子量: 51469.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 参照: UniProt: O28126, EC: 2.7.7.25, EC: 2.7.7.21

-
RNA鎖 , 1種, 2分子 CD

#3: RNA鎖	RNA (35-MER) 分子量: 11166.653 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis

-
非ポリマー , 4種, 143分子

#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#6: 化合物	ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2- 分子量: 175.959 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₇P₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.29 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 20% PEG 4000, 0.2 M tri-lithium citrate, 80 mM ammonium sulfate, 50 mM HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X25 / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月12日

放射

モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.69→50 Å / Num. obs: 47752 / % possible obs: 91.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.2 % / R_sym value: 0.163 / Net I/σ(I): 13.8

反射シェル

解像度 (Å)	R_sym value	% possible all
2.69-2.82	0.891	86.5
2.82-2.96	0.703	86.4
2.96-3.15	0.466	87.1
3.15-3.39	0.301	90.3
3.39-3.73	0.218	95
3.73-4.27	0.174	98.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.69→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.878 / SU B: 29.283 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.353 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26374	1968	5 %	RANDOM
R_work	0.20651	-	-	-
obs	0.20935	37297	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.43 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.69→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7284	1484	37	137	8942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	9129
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.431	2.18	12616
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.843	5	876
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.247	22.784	388
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.489	15	1396
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.516	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	1388
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	6400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	4170
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	6129
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	302
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.177	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.227	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.454	1.5	4474
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.82	2	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.156	3	5637
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.958	4.5	5548
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.69→2.76 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.359	143	-
R_work	0.321	2500	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1155	0.6607	1.178	2.2711	0.0924	1.5032	0.1373	-0.044	0.2153	-0.0959	-0.1038	-0.0642	-0.0777	-0.0787	-0.0335	0.0138	-0.0153	0.0352	-0.1386	-0.0033	-0.209	54.5497	62.1061	-8.4736
2	2.3231	0.1974	-1.0872	2.4406	0.106	3.34	0.0139	0.127	0.0265	-0.0994	0.0396	0.1801	0.0076	-0.2676	-0.0535	-0.0317	-0.0363	-0.0507	-0.1616	0.0254	-0.1442	34.4448	47.3129	-10.6038
3	3.0493	0.7156	0.1097	1.245	-0.8197	2.4478	0.115	-0.284	0.2394	0.0669	-0.0684	0.0802	-0.2829	0.0323	-0.0465	0.0235	-0.0333	0.0195	-0.1542	-0.0417	-0.1831	34.5678	45.2309	20.6864
4	2.141	-1.0412	-1.0633	10.0532	-1.9439	1.1624	-0.0108	-0.414	-0.6769	0.3223	-0.3051	-1.0338	-0.185	0.7954	0.3159	-0.0379	-0.0736	-0.1155	0.1213	0.23	0.2107	38.5442	13.8357	34.7832
5	6.2092	0.6156	1.4958	4.2593	-0.9086	3.6177	0.2554	0.1113	-1.0409	0.0986	-0.4128	-0.1887	0.5599	0.3164	0.1574	0.0454	0.111	-0.0353	-0.5401	0.0361	0.2887	13.8631	-24.9138	36.9408
6	5.2401	1.2752	1.0563	4.4086	-0.1769	2.1916	0.1231	-0.2103	-0.844	0.395	-0.299	-1.283	0.3399	0.6282	0.1758	-0.2043	0.178	-0.0054	-0.24	0.2216	0.3668	34.5493	-10.4847	38.2461
7	4.2028	2.0214	0.3024	4.2177	-0.7425	2.3629	0.1274	-0.2226	-0.1597	0.253	-0.2383	0.2846	0.0099	-0.1002	0.111	-0.0401	-0.0923	0.0324	-0.2851	-0.0038	-0.1224	15.4666	14.127	32.8671
8	2.0715	0.1148	-1.1955	2.388	-0.5767	7.8286	-0.2042	0.3635	-0.1556	-0.1388	0.2144	0.4309	0.5665	-0.5465	-0.0102	-0.0071	-0.0416	-0.0304	-0.236	0.0424	-0.0787	21.1154	34.0944	5.9205
9	1.7867	1.241	-1.3104	3.4427	-4.0867	6.247	-0.0123	-0.2286	-0.6543	-0.5941	-0.8389	-0.7385	0.7384	1.2051	0.8513	-0.0291	0.1288	0.0642	0.0526	0.1556	0.0559	54.6197	31.3287	13.6463
10	1.2062	-0.1024	0.7169	11.4525	-7.2847	4.9862	-0.1675	0.464	-0.2657	-2.1761	0.2315	-0.1053	1.5288	0.7023	-0.064	0.429	-0.1574	0.0534	0.0547	-0.0977	-0.1745	16.4904	2.7976	10.7442

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 143
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1 - 15
3	X-RAY DIFFRACTION	2	A	144 - 259
4	X-RAY DIFFRACTION	3	A	260 - 339
5	X-RAY DIFFRACTION	3	A	384 - 441
6	X-RAY DIFFRACTION	4	A	340 - 383
7	X-RAY DIFFRACTION	5	B	16 - 143
8	X-RAY DIFFRACTION	6	B	1 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	6	B	144 - 259
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	260 - 339
11	X-RAY DIFFRACTION	7	B	384 - 437
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	340 - 383
13	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 35
14	X-RAY DIFFRACTION	10	D	1 - 35

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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