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万見
- PDB-3oum: Crystal Structure of toxoflavin-degrading enzyme in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oum
タイトルCrystal Structure of toxoflavin-degrading enzyme in complex with toxoflavin
要素toxoflavin-degrading enzyme
キーワードTOXOFLAVIN BINDING PROTEIN / Toxoflavin (トキソフラビン) / phytotoxin-degrading enzyme / Paenibacillus polymyxa JH2 / Toxoflavin-degrading enzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxoflavin-degrading enzyme / Toxoflavin-degrading enzyme / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-TOF / Toxoflavin degrading enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus polymyxa (パエニバシラス・ポリミキサ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, M.I. / Rhee, S.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural and functional analysis of phytotoxin toxoflavin-degrading enzyme
著者: Jung, W.S. / Lee, J. / Kim, M.I. / Ma, J. / Nagamatsu, T. / Goo, E. / Kim, H. / Hwang, I. / Han, J. / Rhee, S.
履歴
登録2010年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月3日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: toxoflavin-degrading enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4123
ポリマ－26,1641
非ポリマー2482
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.008, 111.008, 57.438
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 toxoflavin-degrading enzyme


分子量: 26163.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus polymyxa (パエニバシラス・ポリミキサ)
株: JH2 / プラスミド: pET41b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE)pLysS / 参照: UniProt: E3SET7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TOF / 1,6-dimethylpyrimido[5,4-e][1,2,4]triazine-5,7(1H,6H)-dione / Toxoflavin / トキソフラビン / トキソフラビン


分子量: 193.163 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H7N5O2 / コメント: 抗生剤, 毒素*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細A SEQUENCE DATABASE REFERENCE FOR THIS PROTEIN DOES NOT CURRENTLY EXIST. THIS PROTEIN IS D175A MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 10.5
詳細: 0.1M CAPS, 0.2M LiSO4, 1.2M NaH2PO4/0.8M K2HPO4, pH 10.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 6C1 / 波長: 1.2398 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年5月20日
放射モノクロメーター: MIRROR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 17840 / Num. obs: 17131 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 5.9 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Mean I/σ(I) obs: 5 / Num. unique all: 887 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: structure from MAD data using a different mutant

解像度: 2→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 2 / σ(I): 2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 1552 8.7 %
Rwork0.2193 --
all-17840 -
obs-15929 89.3 %
溶媒の処理Bsol: 37.1219 Å2
原子変位パラメータBiso max: 54.5 Å2 / Biso mean: 26.2015 Å2 / Biso min: 11.34 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.301 Å21.617 Å20 Å2
2--7.301 Å20 Å2
3----14.601 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1737 0 15 102 1854
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.442
LS精密化 シェル解像度: 2→2.03 Å / % reflection obs: 99.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3ion.param
X-RAY DIFFRACTION4tox.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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