PDB-3otr: 2.75 Angstrom Crystal Structure of Enolase 1 from Toxoplasma gondii

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3otr

タイトル

2.75 Angstrom Crystal Structure of Enolase 1 from Toxoplasma gondii

要素

Enolase

キーワード

LYASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / Alpha-Beta Barrel / TIM Barrel / Enolase 1 like N-terminal domain / 2-phospho-D-glycerate hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopyruvate hydratase / phosphopyruvate hydratase complex / phosphopyruvate hydratase activity / glycolytic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.75 Å

データ登録者

Minasov, G. / Ruan, J. / Shuvalova, L. / Halavaty, A. / Ngo, H. / Tomavo, S. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: The structure of bradyzoite-specific enolase from Toxoplasma gondii reveals insights into its dual cytoplasmic and nuclear functions.
著者: Ruan, J. / Mouveaux, T. / Light, S.H. / Minasov, G. / Anderson, W.F. / Tomavo, S. / Ngo, H.M.

履歴

登録	2010年9月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年9月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月8日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.4	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3otr.cif.gz	1001 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3otr.ent.gz	843.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3otr_validation.pdf.gz	484.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3otr_full_validation.pdf.gz	515 KB	表示
XML形式データ	3otr_validation.xml.gz	94.1 KB	表示
CIF形式データ	3otr_validation.cif.gz	130.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3otr	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2pa6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5enl-1 1ogp-2 5t8u-d 3qtp-d 4enl-1 1w6t-d 3pjr-d 2pa6-d 3mta-d 1xl1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: idp90293

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Enolase

B: Enolase

C: Enolase

D: Enolase

E: Enolase

F: Enolase

ヘテロ分子

297 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Enolase

B: Enolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Enolase

D: Enolase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Enolase

F: Enolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
99.1 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	323.632, 323.632, 66.773
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

#1: タンパク質	Enolase 分子量: 49477.461 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: ME49 / 遺伝子: TGME49_068860 / プラスミド: PQE-60 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 参照: UniProt: B6KCK6, UniProt: B9PH47*PLUS, phosphopyruvate hydratase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 578 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.23 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein: 7.0 mG/mL, 0.25 Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl pH 8.3; Screen: PACT (D3), 0.1M MMT buffer pH 6.0, 25% (w/v) PEG 1500, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.07809 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月19日 / 詳細: Si {1,1,1}
放射	モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07809 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.75→30 Å / Num. all: 90781 / Num. obs: 90781 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4 % / B_iso Wilson estimate: 58.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.75→2.8 Å / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 4489 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice	Max	データ収集
BALBES		位相決定
REFMAC	5.5.0102	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PA6

2pa6

解像度: 2.75→29.55 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 24.419 / SU ML: 0.216 / Isotropic thermal model: Individually Isotropically Refined / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21881	4548	5 %	RANDOM
R_work	0.17084	-	-	-
all	0.17325	86109	-	-
obs	0.17325	86109	99.98 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.595 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.27 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.27 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.55 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.75→29.55 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20313	0	6	578	20897

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.022	20703
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	14222
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.315	1.976	27910
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.845	3	34887
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	1.326	5	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	23.201	25.045	882
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	7.179	15	3754
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.374	15	101
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.08	0.2	3112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	23092
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.628	1.5	13131
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.12	1.5	5468
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.264	2	20990
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.198	3	7572
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.712	4.5	6920

LS精密化シェル

解像度: 2.75→2.821 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.327	344	-
R_work	0.257	6280	-
obs	-	6280	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6563	-0.61	-0.7214	1.7512	0.549	2.6971	0.0161	-0.0197	0.1036	-0.0515	-0.0611	-0.0554	-0.3814	0.0475	0.0449	0.1895	-0.0965	0.0136	0.1002	0.0058	0.1181	86.7117	139.5643	22.8275
2	3.3712	0.4389	0.3788	1.2478	-0.7799	4.5467	-0.1949	0.1432	0.3597	-0.009	0.0505	0.0109	-0.5815	0.1486	0.1443	0.2907	-0.0574	0.0413	0.0899	-0.0321	0.0778	77.3456	145.2027	21.1674
3	1.2124	0.0866	-0.1628	1.7741	-1.0638	1.2492	0.0154	0.1876	-0.0127	-0.2461	-0.0798	0.0061	0.0817	-0.1141	0.0644	0.1821	-0.064	-0.0339	0.1904	-0.0192	0.0499	71.8654	130.526	-5.9692
4	0.7188	0.2436	-0.12	2.579	-0.1862	2.1265	-0.0044	0.0676	0.085	-0.0903	0.028	0.1347	-0.3317	-0.1622	-0.0235	0.1935	-0.0182	0.0099	0.1627	-0.0205	0.0715	69.0208	138.8374	8.8115
5	1.1646	-0.0548	0.4848	2.0158	0.0878	2.5939	0.0491	-0.217	-0.1566	0.105	0.0882	0.2161	0.1241	-0.2399	-0.1373	0.1437	-0.1353	0.0357	0.2094	0.0178	0.1516	65.8034	108.0759	25.62
6	1.2469	0.283	-0.3794	1.3571	-0.1876	1.0869	0.099	-0.0753	0.0115	0.0446	-0.0753	-0.186	-0.0305	0.1497	-0.0238	0.0913	-0.0591	-0.0222	0.0888	-0.0084	0.0832	89.1546	114.8095	21.7369
7	0.9423	-0.0407	-0.056	3.4198	-0.3987	0.6501	0.0134	0.2473	-0.3713	-0.7356	-0.0537	-0.1202	0.2577	0.1293	0.0402	0.3253	-0.0016	0.0487	0.2849	-0.0507	0.1879	93.8996	103.9246	3.1267
8	0.961	-0.5388	0.0615	1.9307	0.1057	0.9491	0.0613	-0.0159	-0.148	0.0423	-0.0306	-0.0793	0.1519	0.0157	-0.0307	0.1303	-0.1011	0.0114	0.1492	0.0164	0.083	90.518	103.5656	22.5028
9	2.6806	0.3466	-0.6785	2.1932	0.5615	1.0229	0.1065	-0.091	0.1301	0.0066	-0.0806	-0.1306	-0.1108	0.0766	-0.0259	0.0656	-0.0596	0.0262	0.0582	-0.0585	0.1668	125.6564	152.8895	0.2726
10	1.2795	0.5836	0.1229	1.2183	0.1799	1.92	-0.0001	-0.0281	0.1158	-0.0743	0.0349	0.0586	-0.0698	-0.0169	-0.0349	0.0561	0.0073	0.0212	0.015	0.0362	0.1151	112.653	145.6304	-10.5001
11	11.5584	-2.4652	-4.3314	17.4519	-8.933	7.9385	-0.0663	0.7177	1.2949	-0.3908	-0.5351	-0.5642	0.0385	0.8118	0.6014	0.2951	-0.1287	-0.1022	0.4213	0.3296	0.6323	110.4092	164.2531	-31.0929
12	1.6459	-0.0484	0.1228	1.2781	-0.6102	1.4781	0.0013	-0.0729	0.1898	-0.0812	0.025	0.2223	-0.1744	-0.1872	-0.0263	0.1225	-0.0066	0.0043	0.0756	-0.0291	0.1572	103.9968	149.3306	-12.9201
13	4.0673	-0.8467	1.5616	2.8081	-1.378	5.9725	-0.0296	0.135	-0.4003	0.084	0.14	-0.0595	0.1758	0.0881	-0.1104	0.0515	0.0005	0.0349	0.0066	-0.0105	0.2608	122.6331	122.6488	-4.9453
14	1.488	-0.0688	0.2215	2.0007	0.0211	1.636	-0.0391	-0.1426	-0.4952	0.0259	0.1069	-0.1005	0.2863	-0.0026	-0.0678	0.0898	-0.0091	0.0467	0.0771	0.0415	0.2657	126.2481	116.7683	-3.4728
15	1.9456	-0.5917	0.7482	3.0922	0.0002	1.1917	0.0486	0.1583	-0.0297	-0.3289	0.0935	-0.3235	-0.1389	0.0764	-0.1422	0.107	-0.0689	0.1589	0.1453	-0.0272	0.29	141.2112	141.3875	-19.0988
16	2.0588	-0.6685	-0.3584	2.1924	0.2473	1.7329	0.0413	0.1219	-0.1108	-0.2014	0.0921	-0.4846	0.1224	0.193	-0.1334	0.0552	-0.0261	0.0753	0.0884	-0.0495	0.3437	145.0145	129.3901	-13.2743
17	2.986	-0.1477	0.0815	3.0705	0.4825	1.4041	0.0789	-0.1163	-0.0606	-0.0006	0.0295	-0.3236	0.1661	0.2993	-0.1084	0.1707	-0.0402	-0.0052	0.2392	0.0389	0.2171	135.8918	79.6725	43.7455
18	2.6456	0.3405	0.4276	1.7523	-0.0567	0.9169	0.0826	-0.0087	-0.2669	0.1137	0.0071	-0.5146	0.2887	0.2575	-0.0897	0.2417	-0.006	-0.0309	0.2936	-0.0158	0.1751	143.1466	81.8232	45.1535
19	2.5536	0.2861	-0.4935	1.8168	0.3214	2.1518	-0.0997	0.3366	0.0612	-0.1533	0.1818	0.0938	0.1371	0.2189	-0.0821	0.1624	-0.1376	-0.002	0.2694	0.0669	0.0787	127.7237	91.2903	17.3739
20	2.5539	-0.1935	-0.6001	0.9366	0.1527	2.7452	-0.0315	0.2163	0.0958	-0.1066	0.131	-0.1127	0.0954	0.2925	-0.0995	0.1253	-0.0957	0.0013	0.2041	0.0197	0.1218	140.3145	93.7832	23.8556
21	2.052	-0.1347	0.3514	1.2176	-0.421	1.8986	0.0041	-0.1188	0.1594	0.187	-0.0293	0.153	-0.1279	-0.1755	0.0252	0.1274	-0.0927	0.0218	0.1096	-0.0007	0.1355	107.407	94.5395	45.0171
22	2.8093	0.3576	0.0961	1.5354	-0.4115	1.4558	-0.0569	0.3216	-0.0462	-0.1931	0.0727	0.0679	0.2749	0.0358	-0.0158	0.2546	-0.133	-0.0138	0.115	-0.0034	0.2067	113.6875	67.5555	29.2179
23	15.3765	4.5734	0.2433	7.3117	-0.465	8.4105	-0.111	2.0883	-0.0147	-0.8504	0.2257	0.2975	0.5408	-0.6449	-0.1147	0.4975	-0.2265	-0.1696	0.6436	0.1201	0.4198	93.332	69.1575	17.3151
24	1.7903	0.682	0.0838	1.7478	0.2369	1.2409	0.0086	-0.0293	-0.0573	0.0245	0.0236	0.1286	0.1564	-0.1698	-0.0322	0.1988	-0.1323	-0.0032	0.126	0.0518	0.1404	103.9027	71.8796	40.3539

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 95
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	96 - 144
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	145 - 320
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	321 - 444
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	1 - 114
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	115 - 205
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	206 - 281
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	282 - 447
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	1 - 67
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	68 - 252
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	253 - 284
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	285 - 448
13	X-RAY DIFFRACTION	13	D	1 - 50
14	X-RAY DIFFRACTION	14	D	51 - 144
15	X-RAY DIFFRACTION	15	D	145 - 265
16	X-RAY DIFFRACTION	16	D	266 - 446
17	X-RAY DIFFRACTION	17	E	1 - 52
18	X-RAY DIFFRACTION	18	E	53 - 144
19	X-RAY DIFFRACTION	19	E	145 - 265
20	X-RAY DIFFRACTION	20	E	266 - 449
21	X-RAY DIFFRACTION	21	F	1 - 144
22	X-RAY DIFFRACTION	22	F	145 - 263
23	X-RAY DIFFRACTION	23	F	264 - 284
24	X-RAY DIFFRACTION	24	F	285 - 446

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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