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- PDB-3ot1: Crystal structure of VC2308 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ot1
タイトルCrystal structure of VC2308 protein
要素(4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme) x 2
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS (構造ゲノミクス) / CSGID / Vibrio cholerae (コレラ菌) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / DJ-1 superfamily / UNKNOWN FUNCTION
機能・相同性
機能・相同性情報


protein deglycation, glyoxal removal / guanine deglycation, glyoxal removal / protein deglycase activity / thiamine biosynthetic process / catalytic activity / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein/nucleic acid deglycase DJ-1 / DJ-1/PfpI / DJ-1/PfpI family / Class I glutamine amidotransferase (GATase) domain / Class I glutamine amidotransferase-like / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.16 Å
データ登録者Niedzialkowska, E. / Wawrzak, Z. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Skarina, T. / Huang, X. / Grimshaw, S. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. ...Niedzialkowska, E. / Wawrzak, Z. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Skarina, T. / Huang, X. / Grimshaw, S. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of VC2308 protein
著者: Niedzialkowska, E. / Wawrzak, Z. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Skarina, T. / Huang, X. / Grimshaw, S. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural ...著者: Niedzialkowska, E. / Wawrzak, Z. / Chruszcz, M. / Porebski, P. / Skarina, T. / Huang, X. / Grimshaw, S. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2010年9月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme
B: 4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8215
ポリマ－44,7272
非ポリマー943
水10,431579
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3190 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area14560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.387, 64.683, 81.592
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme


分子量: 22355.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CYS at residue 108
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC2308, VC_2308 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q9KPQ8
#2: タンパク質 4-methyl-5(B-hydroxyethyl)-thiazole monophosphate biosynthesis enzyme


分子量: 22371.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: CSX at residue 108
由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (コレラ菌)
株: N16961 / 遺伝子: VC2308, VC_2308 / プラスミド: MCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 gold magic / 参照: UniProt: Q9KPQ8
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tacsimate 35%, Phenol 10mM, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日 / 詳細: beryllium lenses
放射モノクロメーター: diamond laue monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.16→50 Å / Num. all: 115862 / Num. obs: 115862 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.12 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.094 / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 1.16→1.18 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.61 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 4962 / Rsym value: 0.61 / % possible all: 84.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MD2データ収集
HKL-3000MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.16→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.963 / SU B: 0.981 / SU ML: 0.021 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.037
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16775 5797 5 %RANDOM
Rwork0.14357 ---
all0.1448 109812 --
obs0.1448 109812 97.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 8.231 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2---0.25 Å20 Å2
3---0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.16→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2927 0 3 579 3509
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0223236
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9644447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.33435245
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0535460
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.69724.427131
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.9815536
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7881517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2526
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213736
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.02643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2971.52100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5431.5850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.93223390
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92631136
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2364.51032
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.37333236
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.16→1.19 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 359 -
Rwork0.253 7215 -
obs--87.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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