PDB-3ot0: Crystal structure of a DNA containing the rigid nitroxide spin-la...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ot0

タイトル

Crystal structure of a DNA containing the rigid nitroxide spin-labeled nucleotide C-spin

要素

Spin-labeled DNA

キーワード

DNA / nitroxide / spin-label / EPR spectroscopy / fluorescence spectroscopy / modified nucleic acid / C-spin / deoxycytosine analog / phenoxazine / spectroscopic probe / PELDOR / 2'-O-methyl U

機能・相同性

DNA/RNA hybrid

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.7004 Å

データ登録者

Edwards, T.E.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Crystal structure of a DNA containing the planar, phenoxazine-derived bi-functional spectroscopic probe C.
著者: Edwards, T.E. / Cekan, P. / Reginsson, G.W. / Shelke, S.A. / Ferre-D'Amare, A.R. / Schiemann, O. / Sigurdsson, S.T.

履歴

登録	2010年9月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年1月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2020年7月22日	Group: Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_assembly ...chem_comp / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / struct_conn Item: _chem_comp.name / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ot0.cif.gz	24.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ot0.ent.gz	15.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ot0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3ot0_validation.pdf.gz	380.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3ot0_full_validation.pdf.gz	383.6 KB	表示
XML形式データ	3ot0_validation.xml.gz	4.3 KB	表示
CIF形式データ	3ot0_validation.cif.gz	5.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ot/3ot0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1kgkS 1dpl S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1r3g-d 4f2y-d 6s7d-d 1i0g-d 3uke-d 1kgk-d 1dnx-d 1mlx-d 382d-1 3oz5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Spin-labeled DNA

B: Spin-labeled DNA

6.53 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	24.710, 44.550, 45.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: DNA/RNAハイブリッド	Spin-labeled DNA 分子量: 3263.234 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical synthesis
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.51 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 1.2 mM DNA in 10% 2-methane-2,4-pentanediol (MPD), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 12 mM spermine-HCl, 80 mM NaCl, 12 mM KCl, 12 mM MgCl2 against a reserviore of 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 1.2 mM DNA in 10% 2-methane-2,4-pentanediol (MPD), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 12 mM spermine-HCl, 80 mM NaCl, 12 mM KCl, 12 mM MgCl2 against a reserviore of 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

結晶

マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.51 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 1.2 mM DNA in 10% 2-methane-2,4-pentanediol (MPD), 40 mM sodium cacodylate pH 6.0, 12 mM spermine-HCl, 80 mM NaCl, 12 mM KCl, 12 mM MgCl2 against a reserviore of 35% MPD, VAPOR DIFFUSION, ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月17日 / 詳細: VariMax

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. all: 5955 / Num. obs: 5613 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.022 / Net I/σ(I): 53.95

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	Diffraction-ID	% possible all
1.7-1.74	6.4	0.07	20.03	427	1	82.9
1.74-1.79		0.066	22.09	415	1	83.9
1.79-1.84		0.062	24.02	408	1	86.8
1.84-1.9		0.059	24.38	397	1	89.4
1.9-1.96		0.051	29.14	383	1	92.7
1.96-2.03		0.044	34.12	374	1	93.6
2.03-2.11		0.041	36.44	363	1	95.6
2.11-2.19		0.042	37.82	351	1	96.9
2.19-2.29		0.034	46.96	332	1	98.2
2.29-2.4		0.03	52.62	315	1	98.1
2.4-2.53		0.031	58.44	311	1	99
2.53-2.69		0.03	64.15	294	1	98.3
2.69-2.87		0.026	71.03	277	1	98.6
2.87-3.1		0.021	83.74	263	1	99.6
3.1-3.4		0.018	102.89	238	1	98.7
3.4-3.8		0.018	111.58	214	1	100
3.8-4.39		0.017	115.45	198	1	100
4.39-5.38		0.019	111.51	170	1	100
5.38-7.6		0.02	108.16	139	1	100
7.6-50		0.02	100.41	86	1	100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
StructureStudio		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.6.1_357)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KGK

1kgk

解像度: 1.7004→16.824 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1975	533	9.54 %
R_work	0.1594	-	-
obs	0.1632	5586	93.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 45.023 Å² / k_sol: 0.406 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.0439 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3863 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.4302 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7004→16.824 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	436	0	83	519

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	490
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.738	762
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.722	208
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	80
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	22

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7004-1.8713	0.2182	116	0.138	1105	X-RAY DIFFRACTION	85
1.8713-2.1416	0.2342	117	0.1584	1253	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1416-2.6964	0.2186	152	0.177	1290	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6964-16.8246	0.1728	148	0.1557	1405	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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