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- PDB-3os6: Crystal structure of putative 2,3-dihydroxybenzoate-specific isoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3os6
タイトルCrystal structure of putative 2,3-dihydroxybenzoate-specific isochorismate synthase, DhbC from Bacillus anthracis.
要素Isochorismate synthase DhbC
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / isochorismate synthase DhbC
機能・相同性
機能・相同性情報


intramolecular transferase activity / isochorismate synthase / isochorismate synthase activity / siderophore biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Isochorismate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isochorismate synthase DhbC / Isochorismate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Domagalski, M.J. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Savchenko, A. / Edwards, A. / Anderson, W. / Minor, W. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2013
タイトル: Structure of isochorismate synthase DhbC from Bacillus anthracis.
著者: Domagalski, M.J. / Tkaczuk, K.L. / Chruszcz, M. / Skarina, T. / Onopriyenko, O. / Cymborowski, M. / Grabowski, M. / Savchenko, A. / Minor, W.
履歴
登録2010年9月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月11日Group: Database references
改定 1.32022年4月13日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isochorismate synthase DhbC
B: Isochorismate synthase DhbC
C: Isochorismate synthase DhbC
D: Isochorismate synthase DhbC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,28140
ポリマ－179,9794
非ポリマー6,30236
水13,745763
1
A: Isochorismate synthase DhbC
B: Isochorismate synthase DhbC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,14420
ポリマ－89,9892
非ポリマー3,15518
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4990 Å2
ΔGint-210 kcal/mol
Surface area30460 Å2
手法PISA
2
C: Isochorismate synthase DhbC
D: Isochorismate synthase DhbC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,13620
ポリマ－89,9892
非ポリマー3,14718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5250 Å2
ΔGint-192 kcal/mol
Surface area29930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)201.389, 201.389, 201.389
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A9 - 392
2114B9 - 392
3114C9 - 392
4114D9 - 392

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要素

#1: タンパク質
Isochorismate synthase DhbC


分子量: 44994.695 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames / 遺伝子: BAS2205, BA_2369, dhbC, GBAA2369, GBAA_2369 / プラスミド: pMCSG19c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL
参照: UniProt: Q81QQ0, UniProt: A0A6H3A7J7*PLUS, isochorismate synthase
#2: 化合物...
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-15P / POLYETHYLENE GLYCOL (N=34) / PEG 1500


分子量: 1529.829 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C69H140O35 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 763 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 2M NH4Sulph, 2% PEG400, Hepes 0.1M pH 7.5, Bis-Tris 50mM pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. all: 105217 / Num. obs: 105217 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 20
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.613 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Rsym value: 0.613 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
HKL-3000SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
RESOLVEモデル構築
ARP/wARPモデル構築
CCP4モデル構築
REFMAC5.6.0070精密化
Cootモデル構築
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
RESOLVE位相決定
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 9.644 / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.229 / ESU R Free: 0.193
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21152 4978 5 %RANDOM
Rwork0.17134 ---
obs0.17334 94245 93.8 %-
all-94245 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 44.406 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11550 0 214 763 12527
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.02212049
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7111.99316347
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.969320071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.56351503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06824.542513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.927152072
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8211573
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.21844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02113146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4703 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.460.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.450.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.440.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.450.5
1AMEDIUM THERMAL8.452
2BMEDIUM THERMAL8.212
3CMEDIUM THERMAL8.072
4DMEDIUM THERMAL7.972
LS精密化 シェル解像度: 2.401→2.463 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.262 225 -
Rwork0.229 4037 -
obs--54.78 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6166-0.22010.12540.17140.05430.1006-0.01990.3601-0.22420.03660.0615-0.0587-0.02970.0515-0.04160.0716-0.02420.00880.2811-0.19820.19412.886242.22978.033
20.96390.26850.1110.580.4290.33110.01610.02120.00850.00260.0297-0.03020.0170.0182-0.04580.1552-0.0416-0.04510.1043-0.01210.0935-41.144632.967177.2041
30.3140.4303-0.11620.6059-0.2580.9592-0.04010.0139-0.0184-0.03090.0251-0.0051-0.0099-0.02370.0150.0972-0.01610.04480.10640.04470.148326.759883.378591.4521
40.10450.0703-0.06950.18450.25531.7046-0.0330.03720.0267-0.06140.0547-0.03930.2294-0.355-0.02170.1939-0.1949-0.00290.27190.02610.075127.847992.624447.4844
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 392
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 392
3X-RAY DIFFRACTION3C10 - 392
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 392

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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