PDB-3org: Crystal Structure of a eukaryotic CLC transporter

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3org

タイトル

Crystal Structure of a eukaryotic CLC transporter

要素

CmCLC

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / CLC / transporter

機能・相同性

Clc chloride channel / Clc chloride channel / CBS-domain / CBS-domain / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

Cyanidioschyzon merolae (真核生物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Feng, L. / MacKinnon, R.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure of a eukaryotic CLC transporter defines an intermediate state in the transport cycle.
著者: Feng, L. / Campbell, E.B. / Hsiung, Y. / MacKinnon, R.

履歴

登録	2010年9月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年10月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3org.cif.gz	824.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3org.ent.gz	695.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3org.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3org ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/or/3org	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	22023 22021 10016 21990 22755 22754 22011 5f7h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CmCLC

B: CmCLC

C: CmCLC

D: CmCLC

ヘテロ分子

277 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CmCLC

D: CmCLC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: CmCLC

C: CmCLC

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	229.629, 178.270, 145.135
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 129.210, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	CmCLC 分子量: 69154.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Cyanidioschyzon merolae (真核生物) 遺伝子: CLC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
配列の詳細	THERE IS NO UNIPROT SEQUENCE DATABASE MATCH AT THE TIME OF PROCESSING. AUTHORS STATE THAT THE ...THERE IS NO UNIPROT SEQUENCE DATABASE MATCH AT THE TIME OF PROCESSING. AUTHORS STATE THAT THE SEQUENCE COULD BE FOUND IN CYANIDIOSCHYZON MEROLAE GENOME DATABASE (CDS# 3264).

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 70.44 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.7 詳細: PEG 400, 200mM ammonium sulfate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	Crystal-ID
1	1
2	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	24-ID-C	1	0.9795
シンクロトロン	NSLS	X29A	2	0.9791

検出器

検出器: CCD / 日付: 2009年8月7日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9795	1
2	0.9791	1

Reflection

冗長度: 13.2 % / Av σ(I) over netI: 15.4 / 数: 207316 / R_merge(I) obs: 0.088 / Χ²: 1.56 / D res high: 3.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 15696 / % possible obs: 97

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
7.32	50	98.4	1	0.046	2.736	12.6
5.81	7.32	100	1	0.083	2.321	13.8
5.08	5.81	100	1	0.103	1.581	14.1
4.61	5.08	100	1	0.101	1.464	14.2
4.28	4.61	100	1	0.137	1.359	14.3
4.03	4.28	100	1	0.219	1.218	14.3
3.83	4.03	100	1	0.345	1.163	13.9
3.66	3.83	99.4	1	0.512	1.179	12.8
3.52	3.66	93.8	1	0.736	1.155	11.2
3.4	3.52	77.9	1	0.915	1.117	10.1

反射

解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 56764 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Χ²: 1.299 / Net I/σ(I): 10.2

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
3.5-3.63	5.1	0.855	5710	0.791	100
3.63-3.77	5.2	0.507	5628	0.904	100
3.77-3.94	5.2	0.362	5709	0.956	100
3.94-4.15	5.2	0.219	5676	1.109	100
4.15-4.41	5.2	0.163	5662	1.239	100
4.41-4.75	5.1	0.117	5645	1.326	100
4.75-5.23	5.1	0.1	5710	1.46	99.9
5.23-5.98	5.1	0.103	5683	1.596	99.9
5.98-7.53	5	0.083	5701	1.99	99.8
7.53-50	4.8	0.054	5640	1.673	97.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0109	精密化
PDB_EXTRACT	3.1	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHELXS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.5→29.66 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.902 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 66.125 / SU ML: 0.459 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2841	2774	5 %	RANDOM
R_work	0.2594	-	-	-
obs	0.2606	52710	97.45 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 241.32 Å² / B_iso mean: 123.4151 Å² / B_iso min: 78.47 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	-0.55 Å²
2-	-	-0.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.66 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	16228	0	8	0	16236

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	16568
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.246	1.986	22504
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.531	5	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.785	21.469	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.452	15	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.141	15	120
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	2708
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	12076
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.149	1.5	10568
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.307	2	16960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.582	3	6000
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.046	4.5	5544

LS精密化シェル

解像度: 3.5→3.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.353	149	-
R_work	0.341	2732	-
all	-	2881	-
obs	-	-	69.12 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.6986	-0.7761	1.1293	3.5209	-0.5678	2.4675	-0.1989	0.1138	0.556	-0.4208	-0.1294	0.5559	-0.4256	-0.1629	0.3283	0.3903	-0.0426	-0.0013	0.298	-0.0753	0.3589	43.9849	13.2	-9.7266
2	2.959	-0.6763	1.2439	3.2622	-0.527	3.1098	0.311	-0.132	-0.5399	0.4242	-0.1124	-0.4919	0.4148	0.1445	-0.1986	0.3456	-0.076	0.0308	0.3043	-0.0318	0.4043	115.6952	-0.9454	-45.0369
3	2.7669	-0.534	0.6007	4.1338	-0.7606	2.2401	-0.2971	0.1751	0.3889	-0.4724	0.0717	0.5517	-0.4602	-0.1555	0.2254	0.3785	-0.0418	-0.0442	0.3998	-0.0719	0.3033	98.6769	22.7614	-61.5795
4	2.6312	-0.9802	0.7972	3.9867	-0.3356	2.4821	0.1714	-0.1483	-0.5384	0.4442	0.05	-0.5414	0.2804	0.1976	-0.2215	0.3051	-0.081	-0.0062	0.3937	-0.0229	0.363	63.5425	-10.4878	3.6447

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)