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- PDB-3oqy: Semi-synthetic ribonuclease S: para-cyano-phenylalanine at position 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqy
タイトルSemi-synthetic ribonuclease S: para-cyano-phenylalanine at position 8
要素(Ribonuclease pancreatic) x 2
キーワードHYDROLASE / artificial / non-natural / vibrational / probe / nitrile / cyano / cyanophenylalanine
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.494 Å
データ登録者Fafarman, A.T. / Boxer, S.G.
引用ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2010
タイトル: Nitrile bonds as infrared probes of electrostatics in ribonuclease S.
著者: Fafarman, A.T. / Boxer, S.G.
履歴
登録2010年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.name ..._software.classification / _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic
a: Ribonuclease pancreatic
A: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6684
ポリマ－26,6684
非ポリマー00
水6,377354
1
b: Ribonuclease pancreatic
B: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3342
ポリマ－13,3342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1350 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6860 Å2
手法PISA
2
a: Ribonuclease pancreatic
A: Ribonuclease pancreatic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,3342
ポリマ－13,3342
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1330 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area6650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.906, 32.520, 68.932
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.01, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-339-

HOH

21B-349-

HOH

31A-331-

HOH

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 1777.954 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-41 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Made by solid phase peptide synthesis / 由来: (合成) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: タンパク質 Ribonuclease pancreatic / RNase 1 / RNase A


分子量: 11555.981 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 47-150 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Subtilisin treated RNase A / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 354 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 25% PEG 4000, 0.08M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1 Å
検出器日付: 2004年9月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.494→68.921 Å / Num. all: 36529 / Num. obs: 34995 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.083

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
CNS精密化
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1RNV

1rnv


解像度: 1.494→41.052 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 0.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1746 5 %5%, random
Rwork0.2018 ---
obs0.2028 34919 95.09 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 49.284 Å2 / ksol: 0.375 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.4145 Å2-0 Å2-0.0737 Å2
2---11.4407 Å20 Å2
3----12.8282 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.494→41.052 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1823 0 0 354 2177
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051892
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.992549
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.236701
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.016339
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.494-1.53810.26791260.25792454X-RAY DIFFRACTION85
1.5381-1.58770.28741340.23812659X-RAY DIFFRACTION93
1.5877-1.64450.26891450.2272667X-RAY DIFFRACTION92
1.6445-1.71030.22521520.21962723X-RAY DIFFRACTION94
1.7103-1.78820.21421230.21762694X-RAY DIFFRACTION94
1.7882-1.88240.25391570.21072757X-RAY DIFFRACTION96
1.8824-2.00040.19941350.2132816X-RAY DIFFRACTION97
2.0004-2.15480.23641570.2012833X-RAY DIFFRACTION97
2.1548-2.37170.21681600.20562810X-RAY DIFFRACTION98
2.3717-2.71480.23181650.20482863X-RAY DIFFRACTION98
2.7148-3.42010.22381550.18822866X-RAY DIFFRACTION98
3.4201-41.06740.17251370.17443031X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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