PDB-3oqu: Crystal structure of native abscisic acid receptor PYL9 with ABA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3oqu

タイトル

Crystal structure of native abscisic acid receptor PYL9 with ABA

要素

Abscisic acid receptor PYL9

キーワード

HORMONE RECEPTOR / pyl9 / rcar1 / ABSCISIC ACID RECEPTOR

機能・相同性

機能・相同性情報

abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Zhang, X. / Zhang, Q. / Chen, Z.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into the Abscisic Acid Stereospecificity by the ABA Receptors PYR/PYL/RCAR
著者: Zhang, X. / Jiang, L. / Wang, G. / Yu, L. / Zhang, Q. / Xin, Q. / Wu, W. / Gong, Z. / Chen, Z.

履歴

登録	2010年9月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年9月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月31日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3oqu.cif.gz	154.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3oqu.ent.gz	122 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3oqu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3oqu_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3oqu_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	3oqu_validation.xml.gz	17.4 KB	表示
CIF形式データ	3oqu_validation.cif.gz	24.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/oq/3oqu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jdaC 4jdlC 3klxS 3kl1 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4e7e-4 4e7e-1 4j31-2 4e7d-1 4e7f-2 1dlg-1 4hyp-6 3kqa-3 1ivn-2 4e7b-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Abscisic acid receptor PYL9

B: Abscisic acid receptor PYL9

ヘテロ分子

46.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.024, 112.024, 40.433
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂

#1: タンパク質	Abscisic acid receptor PYL9 / PYR1-like protein 9 / ABI1-binding protein 4 / Regulatory components of ABA receptor 1 分子量: 23008.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PYL9, RCAR1 / プラスミド: pet28b tev / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2(DE3) / 参照: UniProt: Q84MC7
#2: 化合物	ChemComp-A8S / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / (+)-abscisic acid / (2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxo-2-cyclohexen-1-yl]-3-methyl-2,4-pentadienoic acid / アブシジン酸分子量: 264.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₀O₄ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.18 Å³/Da / 溶媒含有率: 61.36 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 詳細: 30% peg 4000, 0.1M tris, 0.2M li2So4, pH 8.5, EVAPORATION, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 130 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→50 Å / Num. all: 15887 / Num. obs: 15887 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.084 / R_sym value: 0.069 / Net I/σ(I): 16
反射シェル	解像度: 2.68→2.73 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / Num. unique all: 779 / R_sym value: 0.393 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
PHASES		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KLX

3klx

解像度: 2.68→48.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.921 / SU B: 15.945 / SU ML: 0.158 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / σ(I): 3 / ESU R: 0.419 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20416	796	5 %	RANDOM
R_work	0.1775	-	-	-
obs	0.17881	15081	99.51 %	-
all	-	15113	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.194 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0.07 Å²	0 Å²
2-	-	-0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.68→48.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2548	0	38	231	2817

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.021	2643
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.255	1.976	3592
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.681	5	329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.24	24.272	103
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.584	15	450
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.682	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	426
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	1948
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.43	1.5	1651
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.818	2	2683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.028	3	992
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.79	4.5	908
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.68→2.75 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.32	72	-
R_work	0.322	1071	-
obs	-	-	95.89 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-11.0588	-5.8138	13.0223	-4.9432	-6.4837	17.6934	0.0741	0.1063	-0.1736	0.5681	-0.6466	-0.0734	-0.5912	1.2872	0.5725	0.3569	-0.114	-0.0563	0.5545	0.0141	0.3685	14.866	45.697	10.616
2	2.8355	1.8889	-1.7818	3.3475	-0.3887	0.7392	0.0564	-0.0255	0.1301	-0.1516	-0.0902	-0.2683	-0.0434	0.0672	0.0338	0.1865	0.0066	-0.0068	0.2043	0.0254	0.2206	9.203	49.599	-3.729
3	2.9607	-2.5976	-2.0439	6.7802	1.6847	2.4189	-0.0829	0.3009	0.4997	-0.3615	0.0513	0.1135	-0.0918	-0.0291	0.0316	0.195	-0.022	-0.0802	0.1412	0.0322	0.283	-4.212	52.726	-3.697
4	3.5746	2.4302	0.2455	4.1816	0.7885	1.4122	-0.03	-0.1343	0.0716	0.0636	-0.1169	0.0368	-0.1539	0.0092	0.1469	0.1948	0.0208	0.0275	0.1235	-0.0019	0.1395	1.544	51.538	1.853
5	0.5287	2.4468	-1.0846	4.197	-3.4417	1.718	-0.0263	0.0122	-0.9063	0.181	-0.2898	-0.8502	0.2582	0.1247	0.3161	0.3181	0.0203	0.0084	0.2009	-0.083	0.4167	6.589	46.34	1.633
6	2.5719	2.2937	-0.5738	3.5537	-0.634	1.2622	0.0958	-0.089	0.0803	0.2312	-0.0229	-0.1496	0.2282	0.1059	-0.0729	0.2418	0.0122	0.0018	0.1032	-0.0238	0.1562	5.378	38.091	5.377
7	2.2175	0.2744	-0.196	4.4349	-2.0437	4.1435	-0.1459	0.7245	-0.1911	-0.5853	0.2929	-0.2378	0.046	-0.4351	-0.1471	0.344	-0.0291	0.0795	0.2433	-0.0164	0.1464	9.617	45.719	-13.703
8	-6.5672	0.8898	-12.5969	-3.8891	4.5123	2.2577	-0.5055	-0.0975	-0.1761	-0.4075	-0.2261	-0.2499	-0.0061	0.9266	0.7315	0.4033	0.0278	0.0771	0.4908	0.1447	0.5519	14.472	19.347	-11.946
9	1.8117	-1.5278	2.0208	2.317	-0.2811	2.403	-0.0211	0.1466	0.0057	0.2265	-0.0239	-0.2111	0.0577	0.1798	0.045	0.2299	-0.0117	-0.0303	0.1834	0.0175	0.2505	9.606	14.305	3.794
10	3.444	2.1813	0.7203	6.2057	1.0001	2.5016	-0.0524	-0.2655	-0.4873	0.5586	0.0491	0.2682	0.1397	-0.101	0.0033	0.1898	-0.0203	0.0276	0.1019	0.0415	0.2262	-4.235	12.118	2.656
11	3.7479	-1.7031	0.5419	2.842	-0.2295	1.7393	0.0242	0.1872	-0.0225	0.0363	-0.1093	0.0152	0.2388	-0.0042	0.0851	0.1636	-0.0485	-0.0147	0.1301	-0.0078	0.1408	1.71	12.992	-2.77
12	-1.4726	-0.4661	-0.4031	4.0175	-3.6405	1.7123	0.0023	0.1336	0.3917	-0.2195	-0.4225	-0.7345	-0.216	0.046	0.4202	0.2378	0.0089	-0.0057	0.1515	0.0221	0.4315	6.241	18.184	-3.226
13	1.445	-1.042	1.2284	2.5761	-0.624	2.6871	-0.049	-0.0584	0.0063	0.1007	0.0865	-0.2582	-0.2239	-0.0151	-0.0374	0.1994	-0.0028	-0.0441	0.1203	-0.0162	0.1744	6.987	23.696	0.72

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	18 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	32 - 59
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	60 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 135
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	137 - 166
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	167 - 184
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	18 - 32
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	33 - 59
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	60 - 85
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	86 - 111
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	112 - 134
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	137 - 184

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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