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万見
- PDB-3oqn: Structure of ccpa-hpr-ser46-p-gntr-down cre -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3oqn
タイトルStructure of ccpa-hpr-ser46-p-gntr-down cre
要素
  • 5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3'
  • 5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*T)-3'
  • Catabolite control protein A
  • Phosphocarrier protein HPr
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA / pbp fold for ccpa / transcription / hpr-ser46p- / nucleoid / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of carbohydrate utilization / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system / DNA-binding transcription repressor activity / DNA-binding transcription activator activity / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site ...Catabolite control protein A / Phosphotransferase system, HPr histidine phosphorylation site / PTS HPR domain histidine phosphorylation site signature. / Phosphotransferase system, HPr serine phosphorylation site / PTS HPR domain serine phosphorylation site signature. / HPr-like / Histidine-containing Protein; Chain: A; / Phosphocarrier protein HPr-like / HPr-like superfamily / PTS HPr component phosphorylation site / PTS HPR domain profile. / Transcriptional regulator LacI/GalR-like, sensor domain / LacI-type HTH domain signature. / Periplasmic binding protein-like domain / LacI-type HTH domain / Bacterial regulatory proteins, lacI family / LacI-type HTH domain profile. / helix_turn _helix lactose operon repressor / lambda repressor-like DNA-binding domains / 434 Repressor (Amino-terminal Domain) / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Phosphocarrier protein HPr / Catabolite control protein A
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Sprehe, M. / Bartholomae, M. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Structures of carbon catabolite protein A-(HPr-Ser46-P) bound to diverse catabolite response element sites reveal the basis for high-affinity binding to degenerate DNA operators.
著者: Schumacher, M.A. / Sprehe, M. / Bartholomae, M. / Hillen, W. / Brennan, R.G.
履歴
登録2010年9月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catabolite control protein A
S: Phosphocarrier protein HPr
C: Catabolite control protein A
D: Phosphocarrier protein HPr
E: 5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*T)-3'
B: 5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3'


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,5386
ポリマ－103,5386
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12410 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area37320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.930, 103.510, 175.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Catabolite control protein A / Glucose-resistance amylase regulator


分子量: 37724.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: alsA, amyR, BSU29740, ccpA, graR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25144
#2: タンパク質 Phosphocarrier protein HPr / Histidine-containing protein


分子量: 9147.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: BSU13900, hpr, ptsH / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08877, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; タンパク質-セリン/スレオニンキナーゼ
#3: DNA鎖 5'-D(*TP*TP*GP*AP*AP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*AP*T)-3'


分子量: 4922.216 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)
#4: DNA鎖 5'-D(*AP*TP*GP*GP*TP*AP*CP*CP*GP*CP*TP*TP*TP*CP*AP*A)-3'


分子量: 4873.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Bacillus subtilis (枯草菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: peg 6000, citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月15日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→87.7 Å / Num. all: 20642 / Num. obs: 19982 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 3.3→3.56 Å / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.2精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FEP

2fep


解像度: 3.3→87.7 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 2272253.13 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: BULK SOLVENT MODEL USED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1374 6.9 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.222 20642 --
obs0.222 19969 95.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 63.4853 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 89 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--13.89 Å20 Å20 Å2
2---11.54 Å20 Å2
3---25.43 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.55 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.84 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→87.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6432 650 0 0 7082
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.4
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.93
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.261.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.652
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.782.5
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.51 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.387 244 7.3 %
Rwork0.338 3088 -
obs--97 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep-NEWSEP.param.txtprotein-NEWSEP.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3ion.paramion.top
X-RAY DIFFRACTION4dna-rna_rep.paramdna-rna.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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